Détection rapide d’agents pathogènes bactériens à l’origine d’infections des voies respiratoires inférieures grâce à une amplification isotherme médiée par boucle à base de puce microfluidique

Résumé

Divers agents pathogènes bactériens peuvent provoquer des infections des voies respiratoires et entraîner de graves problèmes de santé s’ils ne sont pas détectés avec précision et traités rapidement. La détection rapide et précise de ces agents pathogènes par amplification isotherme médiée par boucle permet une gestion et un contrôle efficaces des infections des voies respiratoires en milieu clinique.

Résumé

Les infections des voies respiratoires (IVR) sont parmi les problèmes les plus courants en milieu clinique. L’identification rapide et précise des agents pathogènes bactériens fournira des lignes directrices pratiques pour la gestion et le traitement des infections des voies respiratoires. Cette étude décrit une méthode permettant de détecter rapidement les agents pathogènes bactériens qui causent des infections des voies respiratoires par amplification isotherme médiée par boucle multicanal (LAMP). LAMP est un outil de diagnostic sensible et spécifique qui détecte rapidement les acides nucléiques bactériens avec une précision et une fiabilité élevées. La méthode proposée offre un avantage significatif par rapport aux méthodes traditionnelles de culture bactérienne, qui prennent du temps et nécessitent souvent une plus grande sensibilité pour détecter de faibles niveaux d’acides nucléiques bactériens. Cet article présente des résultats représentatifs de l’infection à K. pneumoniae et de ses multiples co-infections à l’aide de la LAMP pour détecter des échantillons (expectorations, liquide de lavage bronchique et liquide de lavage alvéolaire) des voies respiratoires inférieures. En résumé, la méthode LAMP multicanaux fournit un moyen rapide et efficace d’identifier un ou plusieurs agents pathogènes bactériens dans les échantillons cliniques, ce qui peut aider à prévenir la propagation des agents pathogènes bactériens et à faciliter le traitement approprié des infections des voies respiratoires.

Introduction

Les infections des voies respiratoires (IVR) causées par des agents pathogènes bactériens contribuent principalement à la morbidité et à la mortalité dans le monde¹. Il est défini comme tout symptôme des voies respiratoires supérieures ou inférieures accompagné d’une fièvre d’une durée de 2 à 3 jours. Bien que les infections des voies respiratoires supérieures soient plus fréquentes que les infections des voies respiratoires inférieures, les infections chroniques et récurrentes des voies respiratoires sont également des affections cliniques courantes, posant de grands risques pour les individus et imposant un fardeau important aux systèmes de s....

Protocole

Tous les échantillons de cette étude ont été évalués et approuvés par le comité d’examen de l’éthique de l’hôpital populaire provincial du Guangdong (numéro d’approbation : KY2023-1114-01). Tous les participants ont signé un consentement éclairé écrit avant les expériences. Les réactifs et l’équipement utilisés pour l’étude sont énumérés dans la table des matériaux. Les abréviations utilisées dans le protocole sont énumérées dans le tableau supplémentaire 1.

1. Prélèvement d’échantillons cliniques dans les voies respiratoires inférieures

1. Collecte d’expectorations
   1. Nettoyez l....

Discussion

Les infections des voies respiratoires sont des infections nosocomiales répandues, qui ont de graves conséquences sur les patients et font grimper les taux de mortalité¹⁶. L’identification rapide et précise des agents pathogènes potentiels, suivie d’antibiotiques efficaces, est la clé du succès du traitement et de l’amélioration du pronostic, en particulier compte tenu des limites inhérentes aux méthodes de culture traditionnelles¹⁷. Dans cette étude, nous .......

matériels

Name	Company	Catalog Number	Comments
Bath Incubator(MK2000-2)	ALLSHENG		Provide a constant temperature environment
Bronchial lavage fluid collector head	TIANPINGHUACHANG	SEDA 20172081375	Collecting bronchoalveolar lavage fluid
Fiberoptic bronchoscope	OLYMPUS	SEDA 20153062703	A flexible bronchoscope equipped with a fiberoptic light source and camera, to visually examine the airways and structures within the lungs. Assist in collecting bronchoalveolar lavage
HR1500-B2	Haier	SEDA 20183541642	Biosafety cabinet
NAOH	MACKLIN	S817977	Liquefy viscous lower respiratory tract sample
Nucleic acid detection kit for respiratory tract pathogens	Capitalbio Technology	SEDA 20173401346	Testing for bacteria infection
Nucleic acid extraction reagent	Capitalbio Technology	SEDA 20160034	For DNA extraction
RTisochip-W	Capitalbio Technology	SEDA 20193220539	Loop-mediated Isothermal Amplification
THERMO ST16R	Thermo Fisher Scientific	SEDA 20180585	Centrifuge the residual liquid off the wall of the tube.
Vortex mixer VM-5005	JOANLAB		For mixing reagent