מיצוי DNA והשוואה בין דגימות זבוב נקרופילי ישן וטרי

Summary

מאמר זה מתאר פרוטוקול למיצוי DNA של זבוב נקרופילי טרי וישן באמצעות ערכת מיצוי DNA משותפת שונה.

Abstract

בסך הכל נבחרו חמש דגימות של Chrysomya megacephala - שלוש דגימות טריות, דגימה אחת שאוחסנה באלכוהול במשך שנתיים, ודגימה אחת שאוחסנה באחסון אטום יבש במשך שנתיים המוגנת מפני אור בלבד - כדי לחקור אם ערכת מיצוי DNA בדם יכולה להפיק DNA מזבובים נקרופיליים ולקבוע אם אלכוהול יכול להאריך את שימור הדנ"א של זבובים נקרופיליים. ראשית, ערכת מיצוי הדנ"א בדם שימשה להפקת דנ"א מרקמות בית החזה שלהם. לאחר מכן, טוהר הדנ"א וריכוזו נבדקו באמצעות קורא מיקרו-צלחות ופלואורומטר. לבסוף, הגברה PCR ואלקטרופורזה של הדנ"א שחולץ נעשו עם פריימרים ספציפיים לזבוב נקרופילי הממוקם ברצף הגן CO I המיטוכונדריאלי. התוצאות הראו כי טוהר הדנ"א של כל הדגימות היה גדול מ-2.0. ריכוז הדנ"א נצפה בסדר הבא: דגימות טריות > דגימות ישנות שהשתמרו באלכוהול > דגימות ישנות שלא טופלו. לכל הדגימות היו רצועות אלקטרופורטיות ספציפיות לאחר הגברה של PCR. לסיכום, ניתן להשתמש בערכת מיצוי DNA בדם כדי לחלץ דנ"א מזבובים נקרופיליים בהצלחה, וריכוז הדנ"א של דגימות זבובים טריים גדול מזה של דגימות זבובים ישנים. הזבובים יכולים להיות מאוחסנים באלכוהול במשך זמן רב.

Introduction

היקש זמן המוות היה מאז ומתמיד אחד הנושאים המרכזיים והקשים לפתרון בפרקטיקה השיפוטית. בפרקטיקה של מדע פורנזי, עבור תיק פלילי, קביעת מרווח לאחר המוות משחקת תפקיד מכריע בהסקת זמן הפשע, נעילת החשוד וצמצום היקף החקירה. שיטות מסורתיות להסיק את זמן המוות מבוססות בעיקר על תופעות מוקדמות לאחר המוות, אשר בדרך כלל ניתן להשתמש בהן רק כדי להסיק את זמן המוות בתוך 24 שעות. עם זאת, זמן המוות הארוך אינו יכול להיקבע על ידי תופעות שלאחר המוות. כיום מקובל בקהילת המדע הפורנזי כי לאנטומולוגיה משפטית יש פוטנציאל להיות שיטה יעילה להסיק זמן מוות ארוך יותר.

חרקים נקרופגיים נקראים על שם הזחלים שלהם הניזונים מגוויות. ביניהם, בכל פעם שיש גופה, הזבובים הנקרופיליים הבוגרי....

Protocol

הערה: בפרוטוקול זה נעשה שימוש בסך הכל בחמש דגימות של C. megacephala – שלוש דגימות טריות (Fresh 1, Fresh 2 ו-Fresh 3), דגימה אחת שאוחסנה באלכוהול במשך שנתיים (Old 1), ודגימה אחת שאוחסנה באחסון יבש אטום למשך שנתיים כשהיא מוגנת מפני אור בלבד (Old 2). הדגימות חייבות להיות מסומנות בהתאם לדרישות הניסוי.

1. אחסון דגימות כללי והכנות

1. בחירת דוגמאות והכנתן
   הערה: הקפד לעבוד במכסה האדים בעת מריחת אתיל אצטט לביצוע זבובים נקרופגיים. הסר את הנוזל מפני השטח של הזבוב לפני השקילה.
   1. דגימות טריות: הניחו שלוש דגימות זבובים שנאספו בבקבוקוני גז לאחר שהרגו אותן עם אתיל אצטט. שקלו וקראו לדגימות בשם Fresh 1, Fresh 2 ו-Fres....

תוצאות

השתמשנו בקורא מיקרו-צלחות כדי למדוד את הערכים של OD260 ו-OD280 של תמיסת הדנ"א שחולצה, ולאחר מכן קיבלנו את ערכי OD260/OD280 כדי להעריך את טוהר הדנ"א. OD260/OD280 של כל הדגימות הטריות והמדגם הישן 1 היה גדול מ- 2. הערך המרבי של OD260/OD280 של מדגם 2 הישן היה 2.187 למרות שהממוצע היה 1.753, ושלוש המדידות שלו השתנו מאוד בגלל הער.......

Discussion

מיצוי DNA הוא החוליה הקריטית ביותר בזיהוי מולקולרי של זבובים נקרופיליים, ושיטת המיצוי שלו ואיכות הדנ"א המופק משפיעים ישירות על הגילוי לאחר מכן. בניסוי זה חילצנו בהצלחה דנ"א מזבובים נקרופיליים באמצעות ערכת דם נפוצה, ללא צורך ברכישת ערכת מיצוי דנ"א מיוחדת של חרקים, מה שמקל על מיצוי דנ"א של חרקי.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Buffer AE	Qiagen	172026832	DNA elution buffer
Buffer AL	Qiagen	172028374	lysis buffer
Buffer ATL	Qiagen	172028162	tissue lysis buffer
Buffer AW1	Qiagen	172028760	protein removal buffer
Buffer AW2	Qiagen	57203108	desalination buffer
C1-J-2495	Taihe Biotechnology	TW21109216	forword primer
C1-N-2800	Taihe Biotechnology	TW21109217	reverse primer
D2000 DNA ladder	Real-Times(Beijing) Biotechnology	RTM415	Measure the position of electrophoretic bands
DNeasy Mini spin column	Qiagen	166050343	DNA adsorption column
Dry Bath Incubator	Miulab	DKT200-2D	used for heating
MIX-30S Mini Mixer	Miulab	MUC881206	oscillatory action
Proteinase K	Qiagen	172026218	Inactivation of intracellular nucleases and other proteins
Qubit 3.0 Fluorometer	Thermo Fisher Scientific	2321611188
Speed Micro-Centrifuge	Scilogex	9013001121	centrifuge
Standard#1	Thermo Fisher Scientific	2342797
Standard#2	Thermo Fisher Scientific	2342797
Tanon 3500R Gel Imager	Tanon	16T5553R-455	gel imaging
Taq Mix Pro	Monad	00007808-140534	PCR Mix
Taq Mix Pro	Monad	00007808-140534	PCR Mix
Thermo Cycler	Zhuhai Hema	VRB020A	ordinary PCR
Working Solution	Thermo Fisher Scientific	2342797