새 셀에 명령을 입력하여 Python 유틸리티 함수를 사용하여 정렬하기 전에 새벽 곡선을 플로팅합니다. 다음으로, 정렬 후 싹트는 곡선을 플로팅합니다. Python 유틸리티 함수 사용.
Python 유틸리티 바이알에 제공된 플롯 선 그래프 비교를 사용하여 원본, 정렬 또는 정렬 및 보간된 데이터 프레임에 대해 선 그래프 비교를 수행합니다. 새 셀에 명령을 입력하여 새 셀의 명령을 사용하여 CSV 또는 TSV 유전자 목록 파일을 노트북으로 가져옵니다. 다음으로, Python 유틸리티 파일에 제공된 함수 plot heat map comparison을 사용하여 새 셀에 명령을 입력하여 정렬된 보간 및 위상 정렬된 데이터 프레임에 대한 히트 맵 비교를 수행합니다.
정렬된 전사 데이터와 정렬되지 않은 전사 데이터를 비교한 결과, 정렬 전에 마이크로어레이 실험의 첫 번째 피크 발현이 RNA-seq 실험의 두 번째 피크와 정렬된 것으로 나타났습니다. 그러나 정렬 후 각 데이터 세트의 첫 번째 세포 주기 피크가 적절하게 정렬됩니다. 다양한 기간의 실험에 걸친 세포 주기 단계 데이터의 비교는 정렬되지 않은 출아 곡선에서 눈에 띄는 기간 차이를 나타냈습니다.
시계 정렬로 인해 세 곡선이 현저하게 유사하게 보여 실험 데이터를 비교할 수 있었지만 비교 가능한 각 라이프라인 지점에 대한 세포주기 단계 데이터는 두 조건 간에 동일하지 않았습니다. 다양한 기간의 실험에서 전사체 데이터를 비교한 결과 정렬 전에 CDC20의 전사체 역학이 겹치지 않는 것으로 나타났습니다. 그러나 정렬 후 피크는 동일한 세포주기 단계에서 발생했지만 곡선의 모양은 달랐습니다.
유전자는 정렬되지 않은 것과 정렬된 것 모두에 대한 세 가지 조건 모두에 대해 동일한 순서로 히트 맵으로 플롯되었습니다.
