비편평 비소세포폐암의 초고속 앰플리콘 기반 차세대 염기서열분석

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September 8th, 2023

DOI :

10.3791/65190-v

September 8th, 2023

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Christophe Bontoux¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Virginie Lespinet-Fabre¹^,²^,³^,⁴, Olivier Bordone¹^,²^,³^,⁴, Virginie Tanga¹^,²^,³^,⁴, Maryline Allegra¹^,²^,³^,⁴, Myriam Salah¹^,²^,³^,⁴, Salomé Lalvée¹^,²^,³^,⁴, Samantha Goffinet¹^,²^,³^,⁴, Jonathan Benzaquen³^,⁴^,⁵^,⁶, Charles-Hugo Marquette³^,⁴^,⁵^,⁶, Marius Ilié¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Véronique Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Paul Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025), Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA, Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge, Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne, Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d'Azur

필기록

오늘날 비소세포폐암에 대한 표적 치료는 여러 게놈 변이를 신속하게 검출해야 합니다. 따라서 흉부 생검은 크기가 작고 종양 세포가 거의 없는 경우가 많기 때문에 최적의 치료를 위해 매우 중요합니다. 따라서 우리는 병리학 실험실에서 일상적인 비소세포폐암 진단을 위해 구현되는 초고속 차세대 염기서열분석 워크플로우를 제시합니다.

현재 다양한 패널 크기를 사용하는 표적 NGS, RT-PCR을 사용한 하나의 유전자 염기서열 분석, 디지털 PCR, 형광 in situ hybridization 및 면역조직화학은 분자 변형을 검출하는 데 사용되는 다양한 방법입니다. 그러나 이러한 방법의 대부분은 시간과 조직 재료를 소모하여 진단이 지연되고 조직 활동의 위험이 있을 수 있습니다. 문제는 여러 분자 변형을 효율적으로 검출하는 동시에 재료를 절약하고 빠른 진단에 답하는 것입니다.

이 워크플로우는 흉부 종양 전문의에게 조직학적 진단, PD-L1 상태 및 표적 유전체 이상을 포함한 포괄적인 종양 정보를 제공합니다. 최적의 치료법 선택을 위한 신속한 치료 의사 결정이 가능합니다. 당사의 프로토콜은 ESMO, NCCN 및 ASCO 권장 사항을 기반으로 흉부 종양학의 모든 주요 분자 표적을 식별하고, 작은 샘플 크기와 제한된 DNA/RNA에서도 적시에 결과를 제공합니다.

따라서 자동화 시스템은 단 3시간의 습식 실험실 조작으로 기술자의 작업량을 줄였습니다. 우리는 향후 조직 및 혈장 샘플에 대한 대형 NGS 패널을 개발하여 종양의 신속하고 포괄적인 게놈 프로파일링 특성 분석에 집중하는 것을 목표로 합니다. 그러나 큰 패널을 사용하여 작은 샘플 크기와 세포학적 샘플에서 수많은 분자 변화를 검출하기 위한 전략 강화가 시급히 필요합니다.

요약

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Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using Automated Purification Instrument (API)

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Amplicon‐Based Next‐Generation Sequencing of Non‐Squamous Non‐Small Cell Lung Cancer

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