Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.
Здесь представлен протокол, в котором объединены несколько биоинформатических инструментов для изучения биологических функций TMEM200A при раке. Кроме того, мы также экспериментально проверяем предсказания биоинформатики.
Известно, что трансмембранный белок, TMEM200A, связан с раком человека и иммунной инфильтрацией. Здесь мы оценили функцию TMEM200A при распространенных раковых опухолях с помощью мультиомного анализа и использовали клеточные культуры клеток желудка in vitro для проверки результатов. Экспрессию TMEM200A при нескольких типах рака человека оценивали с использованием данных РНК-секвенирования из базы данных UCSC Xena. Биоинформатический анализ выявил потенциальную роль TMEM200A как диагностического и прогностического биомаркера.
Культивировались культуры нормальных желудочных и раковых клеточных линий , и TMEM200A сбивали. Уровни экспрессии TMEM200A измеряли с помощью количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени и вестерн-блоттинга. Затем исследования потери функции in vitro были использованы для определения роли TMEM200A в злокачественном поведении и опухолевом образовании клеток рака желудка (ГК). Вестерн-блоттинг использовали для оценки влияния нокдауна на эпителиально-мезенхимальный переход (ЭМП) и сигнальный путь PI3K/AKT при ГК. Биоинформатический анализ показал, что TMEM200A экспрессируется на высоких уровнях в ГХ.
Пролиферация GC-клеток ингибировалась нокдауном TMEM200A, который также снижал количество белков виментина, N-кадгерина и Snai и ингибировал фосфорилирование AKT. Сигнальный путь PI3K/AKT также, по-видимому, участвует в TMEM200A-опосредованной регуляции развития ГК. Представленные здесь результаты свидетельствуют о том, что TMEM200A регулирует микроокружение опухоли, воздействуя на ЭМП. TMEM200A также может влиять на ЭМП через передачу сигналов PI3K/AKT, тем самым влияя на микроокружение опухоли. Таким образом, при панраковых опухолях, особенно при ГК, TMEM200A может быть потенциальным биомаркером и онкогеном.
Рак превратился в постоянную проблему общественного здравоохранения, угрожающую здоровью человека во всеммире1из-за высокого уровня заболеваемости и смертности во всем мире, что создает тяжелое финансовое и медицинское бремядля общества2. Значительные успехи в терапии рака были достигнуты в последние годы благодаря открытию раковыхмаркеров, и исследователи разработали новые методы диагностики и новые лекарства для лечения рака. Тем не менее, некоторые пациенты с раком по-прежнему имеют плохие прогнозы из-за таких факторов, как лекарственная устойчивость, побочные эффекты лекарств и чувствительност....
1. База данных «Атлас генома рака» (TCGA)
ПРИМЕЧАНИЕ: База данных Атласа генома рака (TCGA) содержит данные секвенирования генов в различных опухолевых тканях14. Данные РНК-секвенирования в TCGA для изучения форматов TMEM200A transcripts per part per million (TPM) были извлечены с веб-сайта UCSC Xena 15 (https://xenabrowser. net/datapages/) и преобразованы log2 для сравнения экспрессий между образцами.
Экспрессия TMEM200A при различных видах рака
Как показано на рисунке 1, сначала мы проанализировали дифференциальные уровни экспрессии TMEM200A при различных видах рака с помощью различных баз данных. TMEM200A экспрессия была повышена при холанг?.......
TMEM200A принадлежит к семейству ТМЭМ, которые необходимы для пролиферации раковых клеток38. Вариабельная экспрессия TMEM200A при различных злокачественных новообразованиях привлекла меньше внимания, и отсутствует тщательное панраковое исследование. Тем не менее, прод.......
Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Работа выполнена при поддержке Национального фонда естественных наук Китая (82160550).
....Name | Company | Catalog Number | Comments |
Anti-AKT antibody | Proteintech Group, Inc | 60203-2-Ig | |
Anti-E-cadherin antibody | Proteintech Group, Inc | 20874-1-AP | |
anti-glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) antibody | Proteintech Group, Inc | 10494-1-AP | |
Anti-N-cadherin antibody | Proteintech Group, Inc | 22018-1-AP | |
Anti-P-AKT antibody | Proteintech Group, Inc | 66444-1-Ig | |
Anti-snail antibody | Proteintech Group, Inc | 13099-1-AP | |
Anti-Vimentin antibody | Proteintech Group, Inc | 10366-1-AP | |
AxyPrepMultisourceTotalRNAMini- prep Kit | Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., Ltd | UEL-UE-MN-MS-RNA-50G | |
BCA Protein Assay Kit | Epizyme Biotech | ZJ101L | |
CCK-8 reagent | MedChemExpress | HY-K0301-500T | |
Fetal bovine serum (FBS) | CYAGEN BIOSCIENCES (GUANGZHOU) INC | FBSSR-01021 | |
GAPDH primer | Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | Forward primer (5’-3’): TGACATCAAGAAGGTG GTGAAGCAG; Reverse primer (5’-3’): GTGTCGCTGTTGAAG TCAGAGGAG | |
HighGene plus Transfection reagent | ABclonal | RM09014P | |
HRP-conjugated Affinipure Goat Anti-Mouse lgG (H+L) | Proteintech Group, Inc | SA00001-1 | |
HRP-conjugated Affinipure Goat Anti-Rabbit lgG (H+L) | Proteintech Group, Inc | SA00001-2 | |
Human gastric mucosal epithelial GES-1 cells | Guangzhou Cellcook Biotech Co.,Ltd. | ||
Human STAD HGC-27 cells | Procell Life Science&Technology Co.,Ltd | ||
Human STAD SGC-7901 cells | Procell Life Science&Technology Co.,Ltd | ||
MonAmp SYBR Green qPCR Mix (None ROX) | Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd | MQ10101S | |
MonScript RTIII All-in-One Mix with dsDNase | Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd | MR05101M | |
Omni-ECL Femto Light Chemiluminescence Kit | Epizyme Biotech | SQ201 | |
PAGE Gel Fast Preparationb Kit | Epizyme Biotech | PG111 | |
Penicillin-streptomycin (Pen-Strep) | Beijing Solarbio Science & Technology Co.,Ltd | P1400-100 | |
Polyvinylidene difluoride (PVDF) membrane | Merck KGaA | IPVH00010-1 | |
Protein Free Rapid Blocking Buffer | Epizyme Biotech | PS108P | |
RIPA lysis solution | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | R0010 | |
RPMI 1640 complete medium | Thermo Fisher Scientific | C11875500BT | |
Skimmed milk | Campina: Elk | ||
TBST buffer solution | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | T1082 | |
The protein loading buffer | Epizyme Biotech | LT101S | |
TMEM200A knockdown plasmid | MiaoLing Plasmid | ||
TMEM200A primer | Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | Forward primer (5’-3’): AAGGCGGTGTGGTGGTTCG; Reverse primer (5’-3’): GATTTTGGTCTCTTTGTCACGGTT | |
TMEM200A SiRNA1 | MiaoLing Plasmid | Forward primer (5’-3’): ACAACTGATGATAAGACCAG; Reverse primer (5’-3’): TGTTGACTACTATTCTGGTC | |
TMEM200A SiRNA2 | MiaoLing Plasmid | Forward primer (5’-3’): CGTGTGAATGTCAATGACTG; Reverse primer (5’-3’): GCACACTTACAGTTACTGAC | |
TMEM200A SiRNA3 | MiaoLing Plasmid | Forward primer (5’-3’): ACAACCACAACATCTGCCCG; Reverse primer (5’-3’): TGTTGGTGTTGTAGACGGGC | |
Transmembrane protein 200A Antibody | Proteintech Group, Inc | 48081-1 | |
Equipment | |||
CO2 cell culture incubator | Haier Group | PYXE-80IR | |
Electrophoresis instrument | Bio-RAD | ||
Fluorescence quantitative PCR instrument | Bio-RAD | ||
Gel Imaging System (Tanon 5200) | Tanon Science & Technology Co., Ltd | LAB-0002-0007-SHTN | |
Multifunctional Enzyme Labeler | Berthold |
Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи
Запросить разрешениеThis article has been published
Video Coming Soon
Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены