Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.

В этой статье

  • Резюме
  • Аннотация
  • Введение
  • протокол
  • Результаты
  • Обсуждение
  • Раскрытие информации
  • Благодарности
  • Материалы
  • Ссылки
  • Перепечатки и разрешения

Резюме

Здесь представлен протокол, в котором объединены несколько биоинформатических инструментов для изучения биологических функций TMEM200A при раке. Кроме того, мы также экспериментально проверяем предсказания биоинформатики.

Аннотация

Известно, что трансмембранный белок, TMEM200A, связан с раком человека и иммунной инфильтрацией. Здесь мы оценили функцию TMEM200A при распространенных раковых опухолях с помощью мультиомного анализа и использовали клеточные культуры клеток желудка in vitro для проверки результатов. Экспрессию TMEM200A при нескольких типах рака человека оценивали с использованием данных РНК-секвенирования из базы данных UCSC Xena. Биоинформатический анализ выявил потенциальную роль TMEM200A как диагностического и прогностического биомаркера.

Культивировались культуры нормальных желудочных и раковых клеточных линий , и TMEM200A сбивали. Уровни экспрессии TMEM200A измеряли с помощью количественной полимеразной цепной реакции в реальном времени и вестерн-блоттинга. Затем исследования потери функции in vitro были использованы для определения роли TMEM200A в злокачественном поведении и опухолевом образовании клеток рака желудка (ГК). Вестерн-блоттинг использовали для оценки влияния нокдауна на эпителиально-мезенхимальный переход (ЭМП) и сигнальный путь PI3K/AKT при ГК. Биоинформатический анализ показал, что TMEM200A экспрессируется на высоких уровнях в ГХ.

Пролиферация GC-клеток ингибировалась нокдауном TMEM200A, который также снижал количество белков виментина, N-кадгерина и Snai и ингибировал фосфорилирование AKT. Сигнальный путь PI3K/AKT также, по-видимому, участвует в TMEM200A-опосредованной регуляции развития ГК. Представленные здесь результаты свидетельствуют о том, что TMEM200A регулирует микроокружение опухоли, воздействуя на ЭМП. TMEM200A также может влиять на ЭМП через передачу сигналов PI3K/AKT, тем самым влияя на микроокружение опухоли. Таким образом, при панраковых опухолях, особенно при ГК, TMEM200A может быть потенциальным биомаркером и онкогеном.

Введение

Рак превратился в постоянную проблему общественного здравоохранения, угрожающую здоровью человека во всеммире1из-за высокого уровня заболеваемости и смертности во всем мире, что создает тяжелое финансовое и медицинское бремядля общества2. Значительные успехи в терапии рака были достигнуты в последние годы благодаря открытию раковыхмаркеров, и исследователи разработали новые методы диагностики и новые лекарства для лечения рака. Тем не менее, некоторые пациенты с раком по-прежнему имеют плохие прогнозы из-за таких факторов, как лекарственная устойчивость, побочные эффекты лекарств и чувствительност....

протокол

1. База данных «Атлас генома рака» (TCGA)

ПРИМЕЧАНИЕ: База данных Атласа генома рака (TCGA) содержит данные секвенирования генов в различных опухолевых тканях14. Данные РНК-секвенирования в TCGA для изучения форматов TMEM200A transcripts per part per million (TPM) были извлечены с веб-сайта UCSC Xena 15 (https://xenabrowser. net/datapages/) и преобразованы log2 для сравнения экспрессий между образцами.

  1. Перейдите в интерфейс веб-сайта UCSC Xena .
  2. Перейдите на вкладку «Запустить Xena

Результаты

Экспрессия TMEM200A при различных видах рака
Как показано на рисунке 1, сначала мы проанализировали дифференциальные уровни экспрессии TMEM200A при различных видах рака с помощью различных баз данных. TMEM200A экспрессия была повышена при холанг?.......

Обсуждение

TMEM200A принадлежит к семейству ТМЭМ, которые необходимы для пролиферации раковых клеток38. Вариабельная экспрессия TMEM200A при различных злокачественных новообразованиях привлекла меньше внимания, и отсутствует тщательное панраковое исследование. Тем не менее, прод.......

Раскрытие информации

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Благодарности

Работа выполнена при поддержке Национального фонда естественных наук Китая (82160550).

....

Материалы

NameCompanyCatalog NumberComments
Anti-AKT antibodyProteintech Group, Inc60203-2-Ig
Anti-E-cadherin antibodyProteintech Group, Inc20874-1-AP
anti-glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) antibodyProteintech Group, Inc10494-1-AP
Anti-N-cadherin antibodyProteintech Group, Inc22018-1-AP
Anti-P-AKT antibodyProteintech Group, Inc66444-1-Ig
Anti-snail antibodyProteintech Group, Inc13099-1-AP
Anti-Vimentin antibodyProteintech Group, Inc10366-1-AP
AxyPrepMultisourceTotalRNAMini-
prep Kit
Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., LtdUEL-UE-MN-MS-RNA-50G
BCA Protein Assay KitEpizyme BiotechZJ101L
CCK-8 reagentMedChemExpressHY-K0301-500T
Fetal bovine serum (FBS)CYAGEN BIOSCIENCES (GUANGZHOU) INCFBSSR-01021
GAPDH primerSangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.Forward primer (5’-3’): TGACATCAAGAAGGTG
GTGAAGCAG; Reverse primer (5’-3’): GTGTCGCTGTTGAAG
TCAGAGGAG
HighGene plus Transfection reagentABclonalRM09014P
HRP-conjugated Affinipure Goat Anti-Mouse lgG (H+L)Proteintech Group, IncSA00001-1
HRP-conjugated Affinipure Goat Anti-Rabbit lgG (H+L)Proteintech Group, IncSA00001-2
Human gastric mucosal epithelial GES-1 cellsGuangzhou Cellcook Biotech Co.,Ltd.
Human STAD HGC-27 cellsProcell Life Science&Technology Co.,Ltd
Human STAD SGC-7901 cellsProcell Life Science&Technology Co.,Ltd
MonAmp SYBR Green qPCR Mix (None ROX)Mona (Suzhou) Biotechnology Co., LtdMQ10101S
MonScript RTIII All-in-One Mix with dsDNase  Mona (Suzhou) Biotechnology Co., LtdMR05101M
Omni-ECL Femto Light Chemiluminescence KitEpizyme BiotechSQ201
PAGE Gel Fast Preparationb Kit Epizyme BiotechPG111
Penicillin-streptomycin (Pen-Strep)Beijing Solarbio Science & Technology Co.,LtdP1400-100
Polyvinylidene difluoride (PVDF) membraneMerck KGaAIPVH00010-1
Protein Free Rapid Blocking BufferEpizyme BiotechPS108P
RIPA lysis solutionBeijing Solarbio Science & Technology Co., LtdR0010
RPMI 1640 complete mediumThermo Fisher ScientificC11875500BT
Skimmed milkCampina: Elk
TBST buffer solutionBeijing Solarbio Science & Technology Co., LtdT1082
The protein loading bufferEpizyme BiotechLT101S
TMEM200A knockdown plasmidMiaoLing Plasmid
TMEM200A primerSangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.Forward primer (5’-3’): AAGGCGGTGTGGTGGTTCG; Reverse primer (5’-3’): GATTTTGGTCTCTTTGTCACGGTT
TMEM200A SiRNA1MiaoLing PlasmidForward primer (5’-3’): ACAACTGATGATAAGACCAG; Reverse primer (5’-3’): TGTTGACTACTATTCTGGTC
TMEM200A SiRNA2MiaoLing PlasmidForward primer (5’-3’): CGTGTGAATGTCAATGACTG; Reverse primer (5’-3’): GCACACTTACAGTTACTGAC
TMEM200A SiRNA3MiaoLing PlasmidForward primer (5’-3’): ACAACCACAACATCTGCCCG; Reverse primer (5’-3’): TGTTGGTGTTGTAGACGGGC
Transmembrane protein 200A AntibodyProteintech Group, Inc48081-1
Equipment
CO2 cell culture incubatorHaier GroupPYXE-80IR
Electrophoresis instrumentBio-RAD
Fluorescence quantitative PCR instrumentBio-RAD
Gel Imaging System (Tanon 5200)Tanon Science & Technology Co., LtdLAB-0002-0007-SHTN
Multifunctional Enzyme LabelerBerthold

Ссылки

  1. Torre, L. A., Siegel, R. L., Ward, E. M., Jemal, A. Global cancer incidence and mortality rates and trends--an update. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 25 (1), 16-27 (2016).
  2. Long, X., et al. Economic burden....

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи

Запросить разрешение

Смотреть дополнительные статьи

TMEM200Ain vitroEMTPI3K AKT

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Исследования

Образование

О JoVE

Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены