Antikorlar için P. Verrijzer, J. Johansen H., Okhura ve sinekler için A. Debec, Bloomington ve Viyana stok merkezlerine teşekkür ederiz. Öneriler ve teşvik edici tartışmalar için C. Jackson'a teşekkürler.

1. Drosophila testis koleksiyonu
NOT: Genç erkekler (eklozyon sonrası 0-15 saat) diploid mikrop hücrelerini (spermatogonia ve spermatositler) incelemek için gereklidir.
<ol><li>Spermatidler geliştirmeden kaynaklanan paraziti en aza indirmek için mümkün olduğunca genç sinekleri seçin.</li>
	<li>Karbondioksite kısa bir süre maruz kalarak sinekleri uyuşturun ve bir sineklik pedine aktarın14,15.</li>
	<li>Bir diseksiyon mikroskobu (10x büyütme) altında, başı çıkarmak için tokmak kullanın.</li>
	<li>Siyah bir arka plan desteği üzerine silikon kaplı cam kaydırakta 5 ila 10 kafa kesilmiş sinekleri 100 μL Ringer tamponu (183 mM KCI, 47 mM NaCl, 10 mM Tris-HCI, 1 mM EDTA, komple protein inhibitörü, pH 6.8) aktarın.</li>
	<li>40x büyütmede mikroskobun parçalanmasıyla, toraks ile karın arasında bir sinek tutmak için bir çift 5 numaralı toparlama kullanın ve diğer toparlamalarla birlikte karnı torakstan çekin. Testisleri ve bitişik dokuları sinek karkası15'ten hızla izole edin ve ringer tamponunun yeni bir damlasına aynı slaytta yerleştirin.</li>
	<li>Tüm testisler hazır olduğunda, testisleri kalan dokulardan (aksesuar bezi ve dış cinsel organ) temizleyin.</li>
	<li>Parçalanmış testisleri içeren damladan fazla tamponu çıkarın. Tipik olarak, 200 μL ucun üzerine monte edilmiş 10 μL uçlu bir p200 pipet kullanın. Bu, sıvı fazlalığının küçük bir diyafram açıklığından çıkarılmasını sağlar. Parçalanmış testisleri içeren damlanın üzerine% 4 paraformaldehit fiksatif bir damla yerleştirin ve ardından testisleri hızlı bir şekilde taze fiksatif çözelti içeren bir tüpe aktarın.</li>
</ol>2. Paraformaldehit fiksasyonu
<ol><li>Kullanımdan hemen önce 2 mL fiksatif çözelti hazırlayın: 2 mL silikonlu mikrosenj tüpte 30 μL NP40% 20 artı 1200 μL hepatik ile fosfat tamponlu salin (PBS) ile seyreltilmiş% 4 paraformaldehitin 600 μL'si. 600 μL aliquots olarak hazırlanan ve -20 °C'de depolanan PBS'de %4 paraformaldehit kullanın. Dikkat: Heptan ve paraformaldehit toksiktir ve duman kaputunda ele alınmalıdır. Ev sahibi enstitünün yönetmeliklerine göre bunları atın.</li>
	<li>Testleri geniş diyafram ucuna sahip bir p200 mikropipette kullanarak PFA/NP40/heptane çözeltisine aktarın. Tüpü elle 30 sn boyunca yukarı ve aşağı sallayın. Testisleri oda sıcaklığında 30 dakika boyunca döner karıştırıcıya sabitleye devam edin.</li>
	<li>Döner karıştırıcıyı durdurun ve faz ayrımına izin vermek ve testislerin tüpün dibine yerleşmesini sağlamak için tüpü bir tüp rafı içine yerleştirin.</li>
	<li>Tüm heptane ve fiksatif çözeltiyi çıkarın ve testisleri 1x PBS ile üç kez hızlı bir şekilde durulayın.</li>
	<li>Temiz bir 200 μL bireysel tüpe aktarın. Kullanılan antikor miktarlarını en aza indirmek için bu küçük tüplerdeki tüm inkübasyonları gerçekleştirin.</li>
	<li>Hem P200 hem de P10 ucu takılı 200 μL mikropipette kullanarak fazla tamponu çıkarın. Testisleri aspire etmemeye dikkat edin.</li>
	<li>Tüm numuneler hazır olana kadar testisleri buz üzerinde 1x PBS'de tutun.</li>
</ol>3. Çözeltide antikor lekesi
<ol><li>PBS'yi atın ve hücre zarlarını permeabilize etmek için oda sıcaklığında 30 dakika boyunca testisleri% 0,3 PBS-T'de bırakın.</li>
	<li>Aynı tamponda önceden inkübasyon artı 1 saat boyunca% 5 normal keçi serumu (NGS).</li>
	<li>%0,3 PBS-T artı %5 NGS(Malzeme Tablosu)ile seyreltilmiş birincil antikorun 200 μL'sini ekleyin.</li>
	<li>Birincil antikoru bir gecede 4 °C'de (veya oda sıcaklığında) bir rocker üzerinde hafif ajitasyonla kuluçkaya yatırın.</li>
	<li>Oda sıcaklığında bir rocker üzerinde 15 dakika boyunca% 0.3 PBS-T'de 3 kez yıkayın. Testislerin yerçekimi ile tüpün dibine yerleşmesine izin verin.</li>
	<li>DyLight konjuge serisinden 1:500 seyreltilmiş 200 μL ikincil antikor ekleyin.</li>
	<li>İkincil antikorun oda sıcaklığında 4 saat boyunca karanlık bir odada kuluçkaya yatırın.</li>
	<li>Oda sıcaklığında bir rocker üzerinde 15 dakika boyunca% 0.3 PBS-T'de yıkayın. Daha sonra her seferinde oda sıcaklığında bir rocker üzerinde 30 dakika boyunca% 0.2 PBS-T ve% 0.1 PBS-T ile tekrarlayın. Deterjanı çıkarmak için 30 dakika boyunca 1x PBS'de son bir yıkama yapın.</li>
	<li>15 dakika boyunca 1x PBS'de 1 μg/mL'de 180 μL DAPI çözeltisi ekleyin. Stok çözeltisi H2O'da 10 mg/mL'dir. PBS'de stok çözeltisi yapmaktan kaçının, bu da daha büyük spermatositlerde dağınık kromatin üzerindeki DAPI boyama sinyalini azaltabilir.</li>
	<li>Her biri 5 dakika boyunca 3x yıkayın.</li>
	<li>Temiz bir slayt üzerinde bir daire çizmek için hidrofobik bir bariyer kalemi kullanın.</li>
	<li>Testisleri aspire edin ve slayda koyun. Geniş diyafram ucunun %0,1 PBS-T ile önceden durulanmasını test etmenin uyrmaya yapışmasını önler. Fazla PBS'yi kaldırın.</li>
	<li>Citifluor AF1'den bir damla (yaklaşık 100 μL) ekleyin.</li>
	<li>Hava kabarcıklarını hapsetmekten kaçınmaya dikkat ederek, dokunun üzerine hafifçe bir cam kapak yerleştirin.</li>
	<li>Kapak kapağını şeffaf oje kullanarak kaydırağa kapatın.</li>
	<li>Slaytları mikroskopta gözlemleyin.</li>
</ol>4. Kolokalizasyon analizleri
<ol><li>Konfokal görüntüler elde edin. Z çözünürlüğünde 0,5 veya 1 μm çözünürlüğünde zeiss LSM 710 konfokal mikroskop (63x Plan Apokromatik yağ) kullandık.</li>
	<li>Bağımsız testislerden farklı hücreler seçin.</li>
	<li>Görüntüleri işleme yazılımına (örneğin, imaris) içe aktarın.</li>
	<li>Komşu çekirdeği dışlamak için çekirdeği manuel segmentasyonla tanımlayın. Coloc yazılımını kullanın; Pearson'ın korelasyon katsayılarını (PCC' ler) 2 florofor arasındaki tüm hacimde toplar.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Cenci, G., Bonaccorsi, S., Pisano, C., Verni, F., Gatti, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+and+microtubule+organization+during+premeiotic,+meiotic+and+early+postmeiotic+stages+of+Drosophila+melanogaster+spermatogenesis.">Chromatin and microtubule organization during premeiotic, meiotic and early postmeiotic stages of Drosophila melanogaster spermatogenesis.</a> Journal of Cell Science. 107, 3521-3534 (1994).</li><li>Bonaccorsi, S., Giansanti, M. G., Gatti, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spindle+assembly+in+Drosophila+neuroblasts+and+ganglion+mother+cells.">Spindle assembly in Drosophila neuroblasts and ganglion mother cells.</a> Nature Cell Biology. 2 (1), 54-56 (2000).</li><li>Fabbretti, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Confocal+Analysis+of+Nuclear+Lamina+Behavior+during+Male+Meiosis+and+Spermatogenesis+in+Drosophila+melanogaster.">Confocal Analysis of Nuclear Lamina Behavior during Male Meiosis and Spermatogenesis in Drosophila melanogaster.</a> PLoS One. 11 (3), 0151231 (2016).</li><li>Fuller, M. T., Bate, M., Martinas-Arias, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Development of Drosophila melanogaster. 1, 71-148 (1993).</li><li>Hiller, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Testis-specific+TAF+homologs+collaborate+to+control+a+tissue-specific+transcription+program.">Testis-specific TAF homologs collaborate to control a tissue-specific transcription program.</a> Development. 131 (21), 5297-5308 (2004).</li><li>Chen, X., Hiller, M., Sancak, Y., Fuller, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-specific+TAFs+counteract+Polycomb+to+turn+on+terminal+differentiation.">Tissue-specific TAFs counteract Polycomb to turn on terminal differentiation.</a> Science. 310 (5749), 869-872 (2005).</li><li>White-Cooper, H., Davidson, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unique+aspects+of+transcription+regulation+in+male+germ+cells.">Unique aspects of transcription regulation in male germ cells.</a> Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 3 (7), (2011).</li><li>Luo, Y., Ahmad, E., Liu, S. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAD1:+Kinetochore+Receptors+and+Catalytic+Mechanisms.">MAD1: Kinetochore Receptors and Catalytic Mechanisms.</a> Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6, 51 (2018).</li><li>Chen, R. H., Shevchenko, A., Mann, M., Murray, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spindle+checkpoint+protein+Xmad1+recruits+Xmad2+to+unattached+kinetochores.">Spindle checkpoint protein Xmad1 recruits Xmad2 to unattached kinetochores.</a> Journal of Cell Biology. 143 (2), 283-295 (1998).</li><li>Campbell, M. S., Chan, G. K., Yen, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitotic+checkpoint+proteins+HsMAD1+and+HsMAD2+are+associated+with+nuclear+pore+complexes+in+interphase.">Mitotic checkpoint proteins HsMAD1 and HsMAD2 are associated with nuclear pore complexes in interphase.</a> Journal of Cell Science. 114, 953-963 (2001).</li><li>Katsani, K. R., Karess, R. E., Dostatni, N., Doye, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+dynamics+of+Drosophila+nuclear+envelope+components.">In vivo dynamics of Drosophila nuclear envelope components.</a> Molecular Biology of the Cell. 19 (9), 3652-3666 (2008).</li><li>Raich, N., Mahmoudi, S., Emre, D., Karess, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mad1+influences+interphase+nucleoplasm+organization+and+chromatin+regulation+in+Drosophila.">Mad1 influences interphase nucleoplasm organization and chromatin regulation in Drosophila.</a> Open Biology. 8 (10), (2018).</li><li>Chang, Y. J., Pi, H., Hsieh, C. C., Fuller, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Smurf-mediated+differential+proteolysis+generates+dynamic+BMP+signaling+in+germline+stem+cells+during+Drosophila+testis+development.">Smurf-mediated differential proteolysis generates dynamic BMP signaling in germline stem cells during Drosophila testis development.</a> Developmental Biology. 383 (1), 106-120 (2013).</li><li>Stocker, H., Gallant, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Getting+started:+an+overview+on+raising+and+handling+Drosophila.">Getting started: an overview on raising and handling Drosophila.</a> Methods in Molecular Biology. 420, 27-44 (2008).</li><li>Zamore, P. D., Ma, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+Drosophila+melanogaster+testes.">Isolation of Drosophila melanogaster testes.</a> Journal of Visualized Experiments. (51), e2641 (2011).</li><li>Gigliotti, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nup154,+a+new+Drosophila+gene+essential+for+male+and+female+gametogenesis+is+related+to+the+nup155+vertebrate+nucleoporin+gene.">Nup154, a new Drosophila gene essential for male and female gametogenesis is related to the nup155 vertebrate nucleoporin gene.</a> Journal of Cell Biology. 142 (5), 1195-1207 (1998).</li><li>Chen, H., Chen, X., Zheng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nuclear+lamina+regulates+germline+stem+cell+niche+organization+via+modulation+of+EGFR+signaling.">The nuclear lamina regulates germline stem cell niche organization via modulation of EGFR signaling.</a> Cell Stem Cell. 13 (1), 73-86 (2013).</li><li>Fawcett, D. W., Chemes, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+in+distribution+of+nuclear+pores+during+differentiation+of+the+male+germ+cells.">Changes in distribution of nuclear pores during differentiation of the male germ cells.</a> Tissue Cell. 11 (1), 147-162 (1979).</li><li>Bolte, S., Cordelieres, F. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guided+tour+into+subcellular+colocalization+analysis+in+light+microscopy.">A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy.</a> Journal of Microscopy. 224, 213-232 (2006).</li><li>White-Cooper, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue,+cell+type+and+stage-specific+ectopic+gene+expression+and+RNAi+induction+in+the+Drosophila+testis.">Tissue, cell type and stage-specific ectopic gene expression and RNAi induction in the Drosophila testis.</a> Spermatogenesis. 2 (1), 11-22 (2012).</li><li>Bonaccorsi, S., Giansanti, M. G., Cenci, G., Gatti, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Immunostaining of Drosophila testes. 2011 (10), 1273-1275 (2011).</li><li>Bonaccorsi, S., Giansanti, M. G., Cenci, G., Gatti, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Paraformaldehyde fixation of Drosophila testes. 2012 (1), 102-104 (2012).</li><li>White-Cooper, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spermatogenesis:+analysis+of+meiosis+and+morphogenesis.">Spermatogenesis: analysis of meiosis and morphogenesis.</a> Methods in Molecular Biology. 247, 45-75 (2004).</li><li>Kibanov, M. V., Kotov, A. A., Olenina, L. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multicolor+fluorescence+imaging+of+whole-mount+Drosophila+testes+for+studying+spermatogenesis.">Multicolor fluorescence imaging of whole-mount Drosophila testes for studying spermatogenesis.</a> Analytical Biochemistry. 436 (1), 55-64 (2013).</li><li>Theofel, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=tBRD-1+and+tBRD-2+regulate+expression+of+genes+necessary+for+spermatid+differentiation.">tBRD-1 and tBRD-2 regulate expression of genes necessary for spermatid differentiation.</a> Biology Open. 6 (4), 439-448 (2017).</li><li>Trost, M., Blattner, A. C., Leo, S., Lehner, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+dany+is+essential+for+transcriptional+control+and+nuclear+architecture+in+spermatocytes.">Drosophila dany is essential for transcriptional control and nuclear architecture in spermatocytes.</a> Development. 143 (14), 2664-2676 (2016).</li></ol>

Yazarların açıklayacak bir şeyi yok.

Bu protokol, tüm mount yetişkin Drosophila testislerinin başarılı bir şekilde immünoblabeling için bir yöntem sağlar. Diğer prosedürlerde bildirildiği gibi, spermatositleri engelleme riski taşıyan spermin varlığını en aza indirmek için genç erkeklerin kullanılması gerekir (hatta eklosyondan sonra yaşı 20 saatten daha az bir süreye kısalttık). Diseksiyon hızlı olmalı ve antikor seyreltmesi sinyal-gürültü oranını optimize etmek için ayarlanmalıdır21,22,23. Diğer protokolleri kullanarak, testislerin derinliği boyunca lekelenme gözlemlemediğimiz için, PFA'yı NP40 ve heptane ile birleştiren bir fiksasyon yöntemi geliştirdik. Artık PBS'de rutin olarak %4 paraformaldehitin 600 μL'sini %20 NP40'ın 30 μL'si artı iki cilt hetan ile kullanıyoruz. Bu, yeterli geçirgenlik sağlamak için kritik öneme sahiptir. NP40 miktarını 10 μL'ye düşürmek etiketlemeyi gözle görülür şekilde azaltır. Sonraki tüm adımlar süspansiyonda gerçekleştirildi ve testislerin yerçekimi ile tüpün dibine hafifçe inmesine izin vererek fazla tampon çıkarıldı. Numuneleri bir slayda aktarmanın son adımı için, testislerin koniye yapışmasını önlemek için ucu% 0,1 PBS-T'de durularız. Gözlemlere göre, immünohistolojik boyama protokolü, burada kullanılan belirteçlerin yanı sıra epigenetik histon modifikasyonları, lamin ve nükleoporinlerin probları da dahil olmak üzere çeşitli nükleer proteinlerle iyi çalışır. Protokolün larva testisleri için de kullanılabileceğini, bu durumda testislerin sağlam bir şekilde iyileşmesini zorlaştıracağı için heptane atlanmalıdır.
Protokol özellikle testislerin verimli ve düzgün bir şekilde etiketlenmesi için spermatositlerin hasarsız yığınlarını birlikte tutmak için tasarlanmıştır. Protokolü, misshapen çekirdekleri onları korunması en zor hücreler arasında yapan büyük geç evre spermatositlerle gösterdik. Ayrıca, bu spermatositlerde nükleer etiketleme genellikle çekirdeklerin büyüklüğü nedeniyle seyreltilir. Örneğin, dapi veya lamin etiketlemenin testis tepelerindeki hücrelerde daha güçlü olduğu ve spermatositler büyüdükçe giderek zayıflayıp dağıldığı gözlenir3,24. Bu aynı zamanda nükleoporinlerin dağılımının sadece daha erken evre hücrelerde (spermatogonia ve erken spermatositler) tanımlanmasının nedenlerinden biri olabilir17.
Drosophila S5 spermatositlerinin immünostainasyonunun mükemmel görüntüleri, özellikle testislere özgü t-BRD ve dany proteinleri25,26 için% 0.3 sodyum deoksikolat protokolü kullanılarak veya dokunun ezildikten sonra 21,22. Elimizde, kabaklar organın derinliklerinde önemli bir homojenlik dışı lekelenmeye ve 3D yapıdan ödün vermeye yol açar. % 0.3 sodyum deoksikolat kullanımı daha iyi sonuçlar verse bile, yine de homojenlik gözlemledik. Bu nedenle, tekrarlanabilirliği ve etiketleme kalitesi için NP40'ı tercih ediyoruz. Konfokal görüntüler, nükleer proteinler için 3D görüntülerin yeniden yapılandırılmasına izin vermez. Örneğin, bu yöntemi, burada intranükleer MINT etki alanı tarafından gösterilen, otozomal kromatin kütleleri ve nükleer gözenek ağı ile yakından ilişkili birçok farklı prob kullanarak başarıyla uyguladık. Bu spermatosit çekirdeklerinin nükleer gözeneklerinin ilgi çekici 3D dağılımı artık daha fazla çalışma için mevcuttur. Görüntüler, aynı testislerden ve farklı testislerden farklı spermatositlerden kolokalizasyonun tekrarlanabilir nicelemesine izin vermektedir. Bilgimize göre, Pearson korelasyon katsayısı ile doğru niceleme ilk kez bu tür örnekler üzerinde ölçüldüğünde. Farklı testislerin doğru immün etiketli protein seviyelerinin karşılaştırılması için gereken güveni verir.

Drosophila testisleri nükleer mimarinin incelenmesi için değerli bir modeldir. Mitotik spermatogonyal hücrelerde, nükleer hacim büyük ölçüde kromatin tarafından işgal edilir. Bu hücreler dört tur bölünmeye uğrar ve 16 birincil spermatosit kisti üretir. Sonraki birkaç gün boyunca, spermatositler 6 gelişim aşamasından (S1-S6) geçer, hacim olarak büyük ölçüde artar, yaklaşık olarak 20 kat1,2. Nükleer morfolojilerini de değiştiriyorlar. Lamin Dm0 tarafından ortaya çıkan çekirdeğin ana hatları düzensiz hale gelir ve derin invaginasyonları gösterir1,3. Buna kromatin organizasyonu 1 , 4 ,5,6,7 'de kapsamlı gen ekspresyasyonu değişiklikleri ve modifikasyonları eşlikeder. Ara evre kromozomları, S4-S5 evresinde iyi tanımlanmıştır ve 2 büyük çift değerli otomoz ve çekirdekle sabitlenmiş X-Y çiftine karşılık gelen üç ayrı kütle oluşturur.
Mad1 başlangıçta mitotik kontrol noktasının önemli bir bileşeni olarak izole edildi(8'degözden geçirildi). Interfazda, öncelikle nükleer zarfta değil, aynı zamanda nükleoplazma9, 10,11'dede bulunur. Drosophila testislerinde, Mad1'in nükleoplazmada belirgin olduğunu, iki büyük otozomal kromatin kütlesi ile yakından ilişkili olduğunu ve XY kromatin ile daha az ölçüde ilişkili olduğunu bildirdik. Kromatinle ilişkili bu yapıyı MINT (Mad1 içeren IntraNükleer Bölge)12olarak tanımladık. Diğer dört protein spermatositlerdeki MINT'lerle ilişkiliydi: nükleoporin Mtor / Tpr, SUMO peptidaz Ulp1, mitotik kontrol noktası proteini Mad2 ve Polikomla benzeri bir kompleksin alt bireyi Raf212.
MINT'lerin tanımını tamamlamak için antikor kullanmamız gerekiyordu ve testislerde genellikle immünostaining ile karşılaşılan teknik sorunlarla karşı karşıya kaldık: testislerin derinliğinde, özellikle de büyük spermatositlerde önemli bir homojenlik ile sonuçlanan zayıf bir geçirgenlik. Squashed preparatları antikor erişimini artırdı, ancak sıkıştırılmış görüntülere yol açtı, 3D analizleri kısıtladı ve kolokalizasyon da dahil olmak üzerenicel floresan ölçümünü önledi. Antikor penetrasyonu sorunu da % 0.3 Na deoksikollat13gibi permeabilizasyon edici ajanlar tarafından ele alınabiliyordu, ancak bu prosedür elimizde tekrarlanabilir sonuçlar vermedi. Birçok ortak etiketleme deneyi yaptığımız için, permeabilizasyon protokolünü geliştirmeye baktık. % 1 NP40 artı heptan kombinasyonu, özellikle büyük spermatositlerin incelenmesinde daha fazla tekrarlanabilirlik ile sonuçlandı.
Bu protokol, süspansiyondaki testislerin sabitlenmesi ve immünostainingini gerçekleştirir, numune kalitesini artırır, tekrarlanabilirliği artırır ve konfokal mikroskopi için uygun hale getirir. Protokolü, bazı nükleer zarf proteinlerinin büyük spermatositlerin nükleoplazmik yapılarıyla olan mekansal ilişkilerini daha iyi tanımlamak için kullandık. Bu yöntem, spermatosit gelişimine eşlik eden değişikliklerin, örneğin kromatin, nükleoplazma ve nükleer gözenekler de dahil olmak üzere çekirdeğin dinamik yapısal değişikliklerinin daha iyi araştırılmasına izin verecektir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:1005px;" width="1005">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Drosophila srains</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td style="width:505px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">ketelGFP y; ketelGFP/y+CyO</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td>Gift from A. Debec (Institut Jacques Monod, UMR 7592, Paris, France)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Mad1-GFP</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td>J Cell Sci. 2011 May 15;124(Pt 10):1664-71.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Mtor RNAi&#160;</td>
			<td style="width:129px;">VDRC</td>
			<td style="width:93px;">ID 110218</td>
			<td>Vienna Drosophila RNAi Center</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Materials</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:277px;">DAPI&#160;</td>
			<td style="width:129px;">Thermo</td>
			<td>D1306</td>
			<td>Stock solution must be prepared in H2O</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Dumont # 5 Fine Forseps&#160;</td>
			<td style="width:129px;">Fine Science Tools</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MBP Wide Bore Pipette Tips</td>
			<td style="width:129px;">Fisherbrand</td>
			<td>11917744</td>
			<td>Wide aperture tip</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Thermo Scientific&#160;0.2 mL Individual Tube</td>
			<td style="width:129px;">Thermo</td>
			<td>AB-0620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2 ml micro centrifuge tubes&#160;</td>
			<td style="width:129px;">Sigma</td>
			<td>T3531-200EA&#160;</td>
			<td>Siliconized 2ml tube</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Citifluor AF1</td>
			<td style="width:129px;">Citifluor</td>
			<td>AF1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dakopen&#160;</td>
			<td style="width:129px;">Sigma</td>
			<td style="width:93px;">Z377821-1EA&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Normal Goat Serum (NGS)</td>
			<td style="width:129px;">Sigma</td>
			<td>NS02L-1ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Paraformaldehyde 4%</td>
			<td style="width:129px;">Sigma</td>
			<td style="width:93px;">P6148-500G&#160;</td>
			<td>Paraformaldehyde (4%) dissolved in PBS 1X&#160;; aliquot by 600 ml&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PBS 1X</td>
			<td style="width:129px;">Thermo</td>
			<td>14190094</td>
			<td>DPBS, no calcium, no magnesium</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.1% (0.2 or 0.3%) PBS-T&#160;</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td></td>
			<td>PBS 1X&#160; containing 0.1% (0.2 % or 0.3%) Triton X-100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Triton X-100, for molecular biology,&#160;</td>
			<td style="width:129px;">Sigma</td>
			<td>T8787</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Antibodies</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GFP booster</td>
			<td style="width:129px;">Chromotek</td>
			<td>gba488</td>
			<td>1/200</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mouse anti-Mtor</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td style="width:505px;">1/40 gift from J. Johansen, Iowa State University</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Rat anti-Nup62</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td style="width:505px;">1/200 gift from H. Ohkura (University of Edinburgh, UK</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Guinea-pig anti-Ulp1</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td>1/200 gift from C. P. Verrijzer, Erasmus University, Rotterdam</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:277px;">Rabbit anti-Raf2</td>
			<td style="width:129px;"></td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td>1/200 gift from C. P. Verrijzer, Erasmus University, Rotterdam</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">DyLight conjugated series&#160;</td>
			<td style="width:129px;">Thermo</td>
			<td style="width:93px;"></td>
			<td>1/500 Donkey anti-(guinea-pig, mouse,&#160; rabbit or rat) as second antibodies</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

immunostaining of whole-mount drosophila testes for 3d confocal analysis of large spermatocytes

Drosophila testisleri kök hücre biyolojisi, nükleer mimari, meiosis ve sperm gelişimi dahil olmak üzere biyolojik süreçleri incelemek için güçlü bir model sistemidir. Bununla birlikte, tüm Drosophila testislerinin immünolabelingi genellikle antikor penetrasyonu nedeniyle lekelemenin önemli ölçüde homojen olmayanlığı ile ilişkilidir. Ezilmiş preparatlar, analizlerin 3D kalitesini azalttığı için sorunun sadece kısmen üstesinden gelmektedir. Burada, sıvı ortamda immünolabeling ile birlikte fiksasyon sırasında NP40 ve heptane kullanan tam montajlı bir protokol açıklıyoruz. Konfokal mikroskopiye uygun hacmi tekrarlanabilir ve güvenilir etiketleme ile birlikte korur. Konfokal bölümlerden spermatosit çekirdeğinin 3D rekonsesinin farklı örneklerini gösteriyoruz. İntra-ve inter-testes tekrarlanabilirliği, farklı genotiplerden tek hücreler arasındaki floresanların 3D nicelleştirilmesine ve karşılaştırılmasını sağlar. Bu protokolü ve testislerin en büyük hücreleri olan S4-S5 spermatositleri üzerindeki uygulamalarını göstermek için intranükleer MINT yapısının (Mad1 içeren Intra Nükleer Bölge) farklı bileşenlerinin yanı sıra nükleer gözenek kompleksi ile ilişkili iki bileşen kullandık.

Drosophila testislerinin yeterli lekelenmesine yönelik en büyük engel, ezilmiş preparatlar kullanılarak kısmen çözülmüş olan ancak 3D analizlerin (örneğin 3D temsili veya kolokalizasyon ölçüsü) kısıtlanması pahasına antikorların sınırlı penetrability'dir. Prosedür tek tip etiketlemeye izin veriyor ve testislerin tüm hücrelerinin hacmini koruyor. Burada yöntemin illüstrasyonunu S4-S5 spermatositlerinin 3D temsiline odakladık, çünkü en büyük hücrelerdir ve böylece ezilme deformasyonuna karşı daha hassastırlar. Nükleoporinler ve mitotik protein Mad112tarafından tanımlanan intranükleer MINT etki alanının (Mad1 içeren Intra Nükleer Bölge) etiketlenerek dahil olmak üzere farklı nükleer belirteçler kullandık. MINT'ler birkaç farklı antikor tarafından ortaya çıkarabildiğinden, bunları doğru bir mekansal çözüm gerektiren bir yöntem olan nicel 3D kolokalizasyon için protokolün sağlamlığını test etmek için kullandık.
Yukarıda açıklanan protokol, 3D yeniden yapılanma için tedavi edilecek yeterli kalitede konfokal görüntülerin elde edilmesine izin vermektedir. Bir aşama S5 spermatosit dört bitişik seri bölümleri Şekil 1A,DAPI(siyan) ile birlikte MINT (kırmızı GFP güçlendirici kullanarak Mad1 immünolabeling) temsili immünostaining gösteren tasvir edilir. Kromozomlar karakteristik 3 ana farklı küme halinde düzenlenmiştir ve MINT yapısı DNA etrafında ince ayrıntılarla gösterilmiştir, otozomal kromatin kütleleri ile yakından ilişkilidir- ancak ondan farklıdır. Karar ayrıca Mad1'in nükleer çevrede ve 2 ve 3 kromozomlarının otozomal kütleleri arasında varlığının tespit edilmesine izin verdi. 3D temsil için Imaris yazılımını kullandık. Nükleer yüzey, Mad1'in nükleer zarftaki (gri) düşük seviyeli varlığı ile tanımlanmış ve MINT, DAPI boyama (mavi) ile birlikte çekirdeğin içinde (kırmızı) Mad1'in üst düzey birikmesi ile tanımlanmıştır(Şekil 1A). 3D reconstitution filmi, Mad1'in (nükleer zarfta ve MINT'te) S4-S5 spermatositlerindeki kromozomlarla birlikte hacmini ve ilişkisini iyi göstermektedir.
Nükleoporinlerin dağılımı, muhtemelen bu büyük misshapen çekirdeklerinde tespit etme zorluğu nedeniyle, bu hücrelerde sadece kötü tanımlanmıştır. Nup154'ün dağılımı daha önce sadece bir kezbildirilmiştir 16 ve Nup153 ve Nup98 sadece spermatogonia ve küçük, erken spermatositlerde çalışılmıştır17. Nükleoporin Nup62 ve importin β (ketel geninin ürünü) tarafından lekelenen büyük S5 spermatositlerinin 3D rekonsitleri uygulanabilirdi ve sırasıyla Şekil 1C ve Şekil 1D'detemsil edilir. Bu nükleer gözenekle ilişkili bileşenler, düzensiz boyutta noktalar olarak nükleer jant üzerine eşit olmayan bir şekilde dağılmış olarak görünür. Örneğin, importin β, bir lamin ağının zaten açıklandığı yere benzer şekilde otozomal kromatin etrafında toplanır3. Gözenek bakımından zengin alanlar ve geniş gözeneksiz alanlarla yapılan bu tür dağılım kemirgen spermatositlerinde elektron mikroskopisi ile tanımlanmıştır18. Lamin ve nükleoporin dağılımındaki değişiklikleri anlamak, erkek meiosisinin hemen öncesinde bu G2 hücrelerindeki nükleer zarf yapısının anlaşılmasına yardımcı olacaktır.
Hücrelerin 3D hacmini korurken, bu protokol aynı zamanda antikorların her hücrenin derinliğine eşit şekilde nüfuz etmesine izin verir ve kolokalizasyon gibi nicel analizlere izin verir. Pearson korelasyon katsayısı (PCC) iyi kurulmuş bir metriktir. +1 (mükemmel pozitif korelasyonu gösteren) ile −1 (mükemmel negatif korelasyon)19arasında değişebilir. Spermatositlerde Mad1'e göre MINT partner proteinlerinin lokalizasyonunu değerlendirmek için, daha önce S5 spermatositlerinde ImageJ kullanarak 0,5 μm'lik tek bir bölümde PCC'yi tahmin ettik( Şekil 2A,B). Protokolü sadece bir yüzey yerine tüm çekirdeklerde 3D kolokalizasyon kullanarak daha derinlemesine test ettik. Çekirdeğin hacmi manuel segmentasyon ile tanımlanmış ve PCC Colocation aracı kullanılarak ölçüldü. Aynı testislerden veya farklı testislerden sekiz S5 spermatosit çekirdeğini analiz ettik. Şekil 2B, PCC'yi ölçmeye hizmet eden bir çekirdeğin 3B gösterimini göstermektedir. Şekil 2D, PCC'nin üç farklı testisten sekiz farklı S5 spermatosit çekirdeği üzerindeki ölçümünü göstermektedir. PCC değerleri 0,6 ve 0,75 arasında değişen farklı değildir, bu da kolokalizasyon için yüksek bir değer olduğunu gösterir. Bunlar, tek bir bölümde tanımlanan PCC'den ayırt edilemez. Böylece, prosedür tekrarlanabilir bir tekdüze etiketlemeye izin eder ve testislerin tüm hücrelerinin iyi bir hacmini korur.
Protokol, bağımsız testislerden kolokalizasyonun güvenilir bir şekilde ölçülmesine izin verdiğinden, farklı sinek genotiplerinden lekelenmenin karşılaştırılmasını sağlar. Bu burada Mtor için tükenen WT sinekleri ve sinekleri ile karşılaştırıldığında gösterilmiştir (dsRNA UAS çizgilerinin ifadesi ve geç spermatogonia ve erken spermatositlerde önemli tükenme sağlayan Bam-Gal4 sürücüsü20). Kolokalizasyon deneyleri için açıklandığı gibi, Mtor-RNAi tükenmiş testisler ve vahşi tip testisler parçalara ayrıldığında ve birlikte sabitlenmiş ve konfokal görüntüler sabit ayarlar altında elde edilmiştir. Bu koşullara saygı duyarak, tek tek hücrelerin karşılaştırılması mümkün hale gelir. DARPHANE'nin, temsili Mtor RNAi-tükenmiş (üst) ve wt (alt) hücrelerin gösterdiği gibi Mtor kaybından nükleer zarftan daha fazla etkilendiğini gözlemledik (Şekil 3)12.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61061/61061fig01.jpg"> Şekil 1: Drosophila S4-S5 spermatosit çekirdeklerinin farklı problar kullanılarak immünostainasyonu illüstrasyonu. (A) Mad1-GFP (kırmızı) ile BIRLIKTE DAPI boyama (mavi) ile birlikte MINT yapısını tespit eden α-GFP antikoru (GFP güçlendirici) ile bağışıklık kazanan tek aşamalı 5 spermatosit çekirdeğinin görüntüleri. Mad1 ile iki otozomal kromatin kütlesi (yıldız olarak temsil edilir) arasındaki ilişkiyi hassasiyetle gösterir. Mad1 ayrıca çekirdeğin çevresinde hafifçe tespit edilir. Tüm görüntüler, 3 (0,5 μm) ardışık konfokal dilim yığınının seri Z projeksiyonlarıdır. Konfokal görüntüler konfokal mikroskopta (63x, Plan Apochromatic yağ DIC objektif lens) elde edildi. Ölçek çubukları 5 μm'dir. (B) Aynı spermatosit çekirdeğinin bir film görüntüsünden kare. Nükleer yüzey, nükleer zarftaki Mad1'in düşük ifadesiyle (gri renkte) ve MINT çekirdeğin içindeki Mad1'in yüksek ifadesiyle (kırmızı) tanımlanmıştır. (A, B) Daha önce yayınlanan şekilden izin atılmış olarak yeniden basılmıştır(12'denitibaren). (C) Nup62 (sarı) ve MINT (kırmızı GFP güçlendirici) eşzamanlı immünostaining ile bir evre 5 spermatosit çekirdeğinin 3D görüntüsü. Ölçek çubuğu 4 μm. (D) 3D görüntü bir aşama 5 spermatosit çekirdeği ile aynı anda immünostaining ile importin-β Ketel (sarı) DNA ile birlikte (mavi DAPI). Ölçek çubukları 5 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61061/61061fig01large.jpg" target="_blank">μm'dir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61061/61061fig02.jpg"> Şekil 2: Ulp1 ile birlikte Mad1'in 2D ve 3D Colocalization nicelemesi. (A) Mad1 (yeşil) tespit eden GFP booster antikoru ve 1 μm kalınlığında spermatosit çekirdeği yığını olarak temsil edilen anti-Ulp1 antikoru (kırmızı) ile bağışıklık kazanan 5. Sağda, Coloc-2 ImageJ eklentisi kullanılarak hesaplanan Pearson yoğunluk korelasyon katsayısı belirtilir. PCC'nin 0.73 olduğu tahmin edildi (Raich12'denizin atılmış olarak yeniden basıldı). (B) Mad1 (yeşil) tespit GFP booster antikoru ve 3D projeksiyonda temsil edilen anti-Ulp1 antikoru (kırmızı) ile immünositlenmiş evre 5 spermatosit çekirdeğinin (bitişik tablodaki çekirdek G'ye karşılık gelen) birleştirilmiş görüntüsü. Çekirdeğin hacmi manuel segmentasyon ile tanımlanmıştır. Sağda, tabloda 3 farklı testisten (1 ila 3) 8 farklı spermatosit (A'dan H'ye) hesaplanan Pearson yoğunluk korelasyon katsayıları listeler. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61061/61061fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61061/61061fig03.jpg"> Şekil 3: Mtor RNAi ile tedavi edilen spermatositlerin vahşi tipe göre immünoresans analizi. MtorRNAi (ID 110218) hücreleri (üst paneller) ve vahşi tip hücreler (alt paneller) kullanılarak Mtor'untükenen hücreleri Mad1, Raf2 ve Mtor proteinleri için boyandı. Testisler sabitlendi ve birbirine boyandı, aynı slayta monte edildi ve aynı parametrelerle elde edilen görüntüler. RNAi hücreleri, Sırasıyla Mad1-GFP'nin yokluğu veya varlığı ile WT'den ayırt edilebilir. Şekil, 4 x 0,5 μm yığının maksimum projeksiyonlarını temsil eder. Ölçek çubuğu 5 μm'dir(12'dedaha önce yayınlanan şekilden izin atılmış olarak yeniden basılmıştır). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61061/61061fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Immunostaining of Whole-Mount Drosophila Testes for 3D Confocal Analysis of Large Spermatocytes at JoVE.com

Immunostaining of Whole-Mount Drosophila Testes for 3D Confocal Analysis of Large Spermatocytes

Burada, konfokal mikroskopi için uygun ve aynı zamanda tekrarlanabilir ve güvenilir etiketlemeye izin vermek için Drosophila testislerinin tüm montaj hazırlığı ve immünostainingi için geliştirilmiş bir protokol sunuyoruz. Bu protokolü, büyük S4-S5 spermatositleri üzerindeki kolokalizasyon deneylerinin 3D gösterimi ve niceliği ile göstermektedir.

Büyük Spermatositlerin 3D Konfokal Analizi için Tüm Kazdağları Drosophila Testlerinin İmmünostaining

Drosophila testes are a powerful model system for studying biological processes including stem cell biology, nuclear architecture, meiosis and sperm ...

immunostaining-whole-mount-drosophila-testes-for-3d-confocal-analysis

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Biology

Immunostaining of Whole-Mount Drosophila Testes for 3D Confocal Analysis of Large Spermatocytes

4.1K Görüntüleme.  Université de Paris, F 75006, Paris, France. Burada, konfokal mikroskopi için uygun ve aynı zamanda tekrarlanabilir ve güvenilir etiketlemeye izin vermek için Drosophila testislerinin tüm montaj hazırlığı ve immünostainingi için geliştirilmiş bir protokol sunuyoruz. Bu protokolü, büyük S4-S5 spermatositleri üzerindeki kolokalizasyon deneylerinin 3D gösterimi ve niceliği ile göstermektedir.

Video: Immunostaining of Whole-Mount Drosophila Testes for 3D Confocal Analysis of Large Spermatocytes

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying  gene expression in brain, neural tube, somite and heart primordia formation. This video demonstrates the different steps in 2-color whole mount in situ hybridization; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, the embryo is processed for prehybridization. The embryo is then hybridized with two different probes, one coupled to DIG, and one coupled to FITC.  Following overnight hybridization, the embryo is incubated with DIG coupled antibody. Color reaction for DIG substrate is performed, and the region of interest appears blue. The embryo is then incubated with FITC coupled antibody. The embryo is processed for color reaction with FITC, and the region of interest appears red. Finally, the embryo is fixed and processed for phtograph and sectioning. A troubleshooting guide is also presented.

This video demonstrates 2-color whole mount in situ hybridization, a method by which the spatial and temporal expression pattern of 2 different genes can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by David Wilkinson, Domingos Henrique, Phil Ingham and David Ish -Horowicz.

Erken Civciv Embriyolar in situ Hibridizasyon Çift Tüm Dağı

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Biyoloji

Method for Whole Mount Antibody Staining in Chick

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying antibody expression in developing brain, neural tube and somite. This video demonstrates the different steps in whole-mount antibody staining using HRP conjugated secondary antibodies; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, endogenous peroxidase is inactivated; The embryo is then exposed to primary antibody. After several washes, the embryo is incubated with secondary antibody conjugated to HRP. Peroxidase activity is revealed using reaction with diaminobenzidine substrate. Finally, the embryo is fixed and processed for photography and sectioning. The advantage of this method over the use of fluorescent antibodies is that embryos can be processed for wax sectioning, thus enabling the study of antigen sites in cross section. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell 1.

This video demonstrates whole mount immunohistochemistry, a method by which the spatial and temporal expression pattern of an antigen can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell.

Chick Tüm Dağı Antikor Boyama Yöntemi

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. The protocol is a modified version of the standard in situ hybridization using alkaline phosphatase and substrates such as NBT/BCIP and Fast Red 1,2. This protocol utilizes standard digoxygenin and fluorescein labeled probes along with tyramide signal amplification (TSA) 3. The commercially available TSA kits allow flexible experimental design as fluorescence emission from green to far-red can be used in combination with various nuclear stains, such as propidium iodide, or fluorescence immunohistochemistry for proteins. TSA produces a reactive fluorescent substrate that quickly covalently binds to moieties, typically tyrosine residues, in the immediate vicinity of the labeled antisense riboprobe. The resulting staining patterns are high resolution in that subcellular localization of the mRNA can be observed using laser scanning confocal microscopy 3,4. One can observe nascent transcripts at the chromosomal loci, distinguish nuclear and cytoplasmic staining and visualize other patterns such as cortical localization of mRNA. Studies in Drosophila indicate that roughly 70% of mRNAs exhibit specific patterns of subcellular localization that frequently correlate with the function of the encoded protein 5. When combined with computer-aided reconstruction of 3D confocal datasets, our protocol allows the detailed analysis of mRNA distribution with sub-cellular resolution in whole vertebrate embryos.

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology. Here, we present a high-resolution double fluorescent in situ hybridization protocol for analyzing the precise expression pattern of a single gene and for determining the overlap of the expression domains of two genes. We include a propidium iodide nuclear counter-stain to highlight tissue organization.

Zebra balığı Tüm Dağı Yüksek Çözünürlüklü Çift Floresan Yerinde Hibridizasyon

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Batch Immunostaining for Large-Scale Protein Detection in the Whole Monkey Brain

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the expression pattern of a target protein across the entire brain are relatively easy to answer when using IHC in small brains, such as those of rodents. However, answering the same questions in large and convoluted brains, such as those of primates presents a number of challenges. Here we present a systematic approach for immunodetection of target proteins in an adult monkey brain. This approach relies on the tissue embedding and sectioning methodology of NeuroScience Associates (NSA) as well as tools developed specifically for batch-staining of free-floating sections. It results in uniform staining of a set of sections which, at a particular interval, represents the entire brain. The resulting stained sections can be subjected to a wide variety of analytical procedures in order to measure protein levels, the population of neurons expressing a certain protein.

Large-scale immunodetection of target proteins across the entire primate brain is possible by employing novel tissue embedding and sectioning methods combined with the use of creative apparatus for batch staining of multiple free-floating sections at a given time.

Tüm Maymun Beyin Büyük Ölçekli Protein Algılama için Toplu immün

Immunohistochemistry (IHC) is one of the most widely used laboratory techniques for the detection of target proteins in situ. Questions concerning the ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Assessing the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization properties of its transcribed RNA, are key features for understanding its biological function during development. RNA in situ hybridization (RNA-ISH) is a powerful method used for visualizing RNA distribution properties, be it at the organismal, cellular or subcellular levels 1. RNA-ISH is based on the hybridization of a labeled nucleic acid probe (e.g. antisense RNA, oligonucleotides) complementary to the sequence of an mRNA or a non-coding RNA target of interest 2. As the procedure requires primary sequence information alone to generate sequence-specific probes, it can be universally applied to a broad range of organisms and tissue specimens 3. Indeed, a number of large-scale ISH studies have been implemented to document gene expression and RNA localization dynamics in various model organisms, which has led to the establishment of important community resources 4-11. While a variety of probe labeling and detection strategies have been developed over the years, the combined usage of fluorescently-labeled detection reagents and enzymatic signal amplification steps offer significant enhancements in the sensitivity and resolution of the procedure 12. Here, we describe an optimized fluorescent in situ hybridization method (FISH) employing tyramide signal amplification (TSA) to visualize RNA expression and localization dynamics in staged Drosophila embryos. The procedure is carried out in 96-well PCR plate format, which greatly facilitates the simultaneous processing of large numbers of samples.

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Here we describe a whole-mount fluorescent in situ hybridization (FISH) protocol for determining the expression and localization properties of RNAs expressed during embryogenesis in the fruit fly, Drosophila melanogaster.

Tüm Dağı RNA Floresan<em&gt; In situ</emVe&gt; Hibridizasyon<em&gt; Drosophila</em&gt; Embriyolar

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Cytological Analysis of Spermatogenesis: Live and Fixed Preparations of Drosophila Testes

Drosophila melanogaster is a powerful model system that has been widely used to elucidate a variety of biological processes. For example, studies of both the female and male germ lines of Drosophila have contributed greatly to the current understanding of meiosis as well as stem cell biology. Excellent protocols are available in the literature for the isolation and imaging of Drosophila ovaries&#160;and testes3-12. Herein, methods for the dissection and preparation of Drosophila testes for microscopic analysis are described with an accompanying video demonstration. A protocol for isolating testes from the abdomen of adult males and preparing slides of live tissue for analysis by phase-contrast microscopy as well as a protocol for fixing and immunostaining testes for analysis by fluorescence microscopy are presented. These techniques can be applied in the characterization of Drosophila mutants that exhibit defects in spermatogenesis as well as in the visualization of subcellular localizations of proteins.

Cytological Analysis of Spermatogenesis: Live and Fixed Preparations of Drosophila Testes

Methods for isolating and preparing Drosophila testes samples (live and fixed) for imaging by phase-contrast and fluorescence microscopy are described herein.&#160;

Spermatogenez sitolojik analizi: Canlı ve Sabit Hazırlıklar<em&gt; Drosophila</em&gt; Testisler

Drosophila melanogaster is a powerful model system that has been widely used to elucidate a variety of biological processes. For example, studies of both ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis in zebrafish embryos. The whole-mount analysis provides spatial information in regard to tissue specificity of apoptosing cells, although sectioning and/or colabeling is ultimately required to pinpoint the exact cell types undergoing apoptosis. The whole-mount Casp3 assay is optimized for analysis of fixed embryos between the 4-cell stage and 32 hr-post-fertilization and is useful for a number of applications, including analysis of zebrafish mutants and morphants, overexpression of mutant and wild-type mRNAs, and exposure to chemicals. Compared to acridine orange staining, which can identify apoptotic cells in live embryos in a matter of hours, Casp3 and TUNEL assays take considerably longer to complete (2-4 days). However, because of the dynamic nature of apoptotic cell formation and clearance, analysis of fixed embryos ensures accurate comparison of apoptotic cells across multiple samples at specific time points. We have also found the Casp3 assay to be superior to analysis of apoptotic cells by the whole-mount TUNEL assay in regard to cost and reliability. Overall, the Casp3 assay represents a robust, highly reproducible assay in which to analyze apoptotic cells in early zebrafish embryos.

Certain genetic perturbations or exposure to toxins can disrupt normal developmental processes leading to death of specific cell types. The analysis of activated Caspase 3 by whole-mount immunofluorescence in zebrafish embryos reveals stage- and tissue-specific localization of cells specifically undergoing apoptosis.

Aktif Kaspaz 3 Algılama Tüm montaj immünofloresans tarafından Zebra balığı Embriyolar Apaptozun Analizi

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...

An Efficient Method for Quantitative, Single-cell Analysis of Chromatin Modification and Nuclear Architecture in Whole-mount Ovules in Arabidopsis

In flowering plants, the somatic-to-reproductive cell fate transition is marked by the specification of spore mother cells (SMCs) in floral organs of the adult plant. The female SMC (megaspore mother cell, MMC) differentiates in the ovule primordium and undergoes meiosis. The selected haploid megaspore then undergoes mitosis to form the multicellular female gametophyte, which will give rise to the gametes, the egg cell and central cell, together with accessory cells. The limited accessibility of the MMC, meiocyte and female gametophyte inside the ovule is technically challenging for cytological and cytogenetic analyses at single cell level. Particularly, direct or indirect immunodetection of cellular or nuclear epitopes is impaired by poor penetration of the reagents inside the plant cell and single-cell imaging is demised by the lack of optical clarity in whole-mount tissues.
Thus, we developed an efficient method to analyze the nuclear organization and chromatin modification at high resolution of single cell in whole-mount embedded Arabidopsis ovules. It is based on dissection and embedding of fixed ovules in a thin layer of acrylamide gel on a microscopic slide. The embedded ovules are subjected to chemical and enzymatic treatments aiming at improving tissue clarity and permeability to the immunostaining reagents. Those treatments preserve cellular and chromatin organization, DNA and protein epitopes. The samples can be used for different downstream cytological analyses, including chromatin immunostaining, fluorescence in situ hybridization (FISH), and DNA staining for heterochromatin analysis. Confocal laser scanning microscopy (CLSM) imaging, with high resolution, followed by 3D reconstruction allows for quantitative measurements at single-cell resolution.

An Efficient Method for Quantitative, Single-cell Analysis of Chromatin Modification and Nuclear Architecture in Whole-mount Ovules in Arabidopsis

We provide here an efficient and reliable protocol for immunostaining, Fluorescence in&#160;situ Hybridization, DNA staining followed by quantitative, high-resolution imaging in whole-mount Arabidopsis thaliana ovules. This method was successfully used to analyze chromatin modifications and nuclear architecture.

Tüm montaj ovüllerindeki in Kromatin Modifikasyonu ve Nükleer Mimarlık Kantitatif, Tek hücreli Analizi için Etkin Bir Yöntem<em&gt; Arabidopsis</em

In flowering plants, the somatic-to-reproductive cell fate transition is marked by the specification of spore mother cells (SMCs) in floral organs of the ...

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

The zebrafish embryo is now commonly used for basic and biomedical research to investigate the genetic control of developmental processes and to model congenital abnormalities. During the first day of life, the zebrafish embryo progresses through many developmental stages including fertilization, cleavage, gastrulation, segmentation, and the organogenesis of structures such as the kidney, heart, and central nervous system. The anatomy of a young zebrafish embryo presents several challenges for the visualization and analysis of the tissues involved in many of these events because the embryo develops in association with a round yolk mass. Thus, for accurate analysis and imaging of experimental phenotypes in fixed embryonic specimens between the tailbud and 20 somite stage (10 and 19 hours post fertilization (hpf), respectively), such as those stained using whole mount in situ hybridization (WISH), it is often desirable to remove the embryo from the yolk ball and to position it flat on a glass slide. However, performing a flat mount procedure can be tedious. Therefore, successful and efficient flat mount preparation is greatly facilitated through the visual demonstration of the dissection technique, and also helped by using reagents that assist in optimal tissue handling. Here, we provide our WISH protocol for one or two-color detection of gene expression in the zebrafish embryo, and demonstrate how the flat mounting procedure can be performed on this example of a stained fixed specimen. This flat mounting protocol is broadly applicable to the study of many embryonic structures that emerge during early zebrafish development, and can be implemented in conjunction with other staining methods performed on fixed embryo samples.

Flat Mount Preparation for Observation and Analysis of Zebrafish Embryo Specimens Stained by Whole Mount In situ Hybridization

The zebrafish embryo is an excellent model for developmental biology research. During embryogenesis, zebrafish develop with a yolk mass, which presents three-dimensional challenges for sample observation and analysis. This protocol describes how to create two-dimensional flat mount preparations of whole mount in situ (WISH) stained zebrafish embryo specimens.

Tüm Dağı ile Zebra balığı Embriyo örnekler Vitray gözlenmesi ve Analiz Daire Dağı Hazırlık<em&gt; In situ</em&gt; Melezleme

The zebrafish embryo is now commonly used for basic and biomedical research to investigate the genetic control of developmental processes and to model ...

Dissection and Immunostaining of Imaginal Discs from Drosophila melanogaster

A significant portion of post-embryonic development in the fruit fly, Drosophila melanogaster, takes place within a set of sac-like structures called imaginal discs. These discs give rise to a high percentage of adult structures that are found within the adult fly. Here we describe a protocol that has been optimized to recover these discs and prepare them for analysis with antibodies, transcriptional reporters and protein traps. This procedure is best suited for thin tissues like imaginal discs, but can be easily modified for use with thicker tissues such as the larval brain and adult ovary. The written protocol and accompanying video will guide the reader/viewer through the dissection of third instar larvae, fixation of tissue, and treatment of imaginal discs with antibodies. The protocol can be used to dissect imaginal discs from younger first and second instar larvae as well. The advantage of this protocol is that it is relatively short and it has been optimized for the high quality preservation of the dissected tissue. Another advantage is that the fixation procedure that is employed works well with the overwhelming number of antibodies that recognize Drosophila proteins. In our experience, there is a very small number of sensitive antibodies that do not work well with this procedure. In these situations, the remedy appears to be to use an alternate fixation cocktail while continuing to follow the guidelines that we have set forth for the dissection steps and antibody incubations.

Dissection and Immunostaining of Imaginal Discs from Drosophila melanogaster

The adult structures of Drosophila are derived from sac-like structures called imaginal discs. Analysis of these discs provides insight into many developmental processes including tissue determination, compartment boundary establishment, cell proliferation, cell fate specification, and planar cell polarity. This protocol is used to prepare imaginal discs for light/fluorescent microscopy.

Diseksiyon ve hayali Disklerin immün itibaren<em&gt; Drosophila melanogaster</em

A significant portion of post-embryonic development in the fruit fly, Drosophila melanogaster, takes place within a set of sac-like structures called ...