用土壤微生物感染植物根系的接种策略

摘要

该协议详细介绍了用土壤微生物接种植物根部的策略。以真菌黄霉菌和大丽黄萎病为例，描述了三种不同的根部感染系统。重点介绍潜在应用和可能的下游分析，并讨论每个系统的优缺点。

摘要

根际拥有高度复杂的微生物群落，其中植物根系不断受到挑战。根系与各种各样的微生物密切接触，但对土壤相互作用的研究仍然落后于对地上器官进行的研究。虽然文献中描述了一些用模型根病原体感染模型植物的接种策略，但仍然难以获得全面的方法学概述。为了解决这个问题，精确描述了三种不同的根接种系统，可以应用于深入了解根 - 微生物相互作用的生物学。为了说明， 黄萎病 菌种（即 长孢子虫 和 大丽弧菌）被用作根入侵模型病原体。然而，这些方法可以很容易地适应其他根定植微生物 - 包括致病性和有益性。通过在植物木质部定殖，维管束土生真菌（如 黄萎病 属）表现出独特的生活方式。根系侵袭后，它们 通过 木质部血管向肢扩散，到达芽部，并引起疾病症状。选择三种代表性植物物种作为模型宿主: 拟南芥，经济上重要的油菜（Brassica napus）和番茄（Solanum lycopersicum）。给出了分步实验方案。显示了致病性测定的代表性结果，标记基因的转录分析以及报告基因构建的独立确认。此外，还彻底讨论了每种接种系统的优缺点。这些经过验证的协议可以帮助为根 - 微生物相互作用的研究问题提供方法。了解植物如何应对土壤中的微生物对于制定改善农业的新策略至关重要。

引言

天然土壤中栖息着数量惊人的微生物，这些微生物可能是中性的，有害的或对植物有益的¹。许多植物病原体是土壤传播的，围绕着根部，并攻击地下器官。这些微生物属于各种各样的分支:真菌，卵菌，细菌，线虫，昆虫和一些病毒^1，2。一旦环境条件有利于感染，易感植物就会患病，作物产量就会下降。气候变化的影响，如全球变暖和极端天气，将增加土壤传播植物病原体的比例³.因此，研究这些破坏性微生物及其对粮食和饲料生产的影响，以及对自然生态系统的影响将变得越来越重要。此外，土壤中存在与根系紧密相互作用并促进植物生长，发育和免疫力的微生物互助剂。当面对病原体时，植物可以积极地在根际中招募特定的对手，这些对手可以通过抑制病原体来支持宿主的生存^{4，5，6，7}。然而，参与有益根 - 微生物相互作用的机制细节和途径通常仍然是未知的⁶。

因此，必须扩大对根 - 微生物相互作用的一般理解。用土壤微生物接种根系的可靠方法对于进行模型研究并将研究结果转移到农业应用中是必要的。例如，研究了土壤中的有益相互作用，例如，与Serendipita indica（以前称为Piriformospora indica），固氮根茎属或菌根真菌，而已知的土生植物病原体包括Ralstonia solanacearum，Phytophthora spp.，Fusarium spp.和Verticillium spp.1。后两者是真菌属，分布全球，可引起血管疾病²。黄萎病属（子囊菌）可以感染数百种植物物种 - 主要是双子叶植物，包括草本一年生植物，木本多年生植物和许多作物植物^2，8。黄萎病菌丝进入根部，并在细胞间和细胞内向中央圆柱体生长以定植木质部血管^2，9。在这些容器中，真菌在其大部分生命周期中保持存在。由于木质部汁液营养贫乏，并且携带植物防御化合物，真菌必须适应这种独特的环境。这是通过分泌与定植相关的蛋白质来实现的，这些蛋白质使病原体能够在其宿主^10，11中存活。到达根脉管系统后，真菌可以在木质部血管内向半向扩散到叶子，这导致宿主^9，12的全身定植。在这一点上，植物在生长中受到负面影响^9，10，13。例如，发育迟缓和黄叶以及过早衰老^{13，14，15，16}。

该属的一个成员是Verticillium longisporum，它高度适应芸苔属宿主，例如农学上重要的油菜，花椰菜和模型植物拟南芥¹²。几项研究结合了V. longisporum和A. thaliana，以获得对土壤传播的血管疾病和由此产生的根系防御反应^{13，15，16，17}的广泛见解。通过使用长孢弧菌/拟南芥杆菌模型系统可以实现直接的药敏性测试，并且两种生物体都可以获得完善的遗传资源。与长孢子虫密切相关的是病原体大丽黄萎病菌。虽然两种真菌在血管生活方式和侵袭过程中表现相似，但它们从根到叶的繁殖效率和拟南芥引发的疾病症状是不同的:虽然长孢子虫通常诱导早期衰老，但大丽弧菌感染导致枯萎¹⁸。最近，一个方法学摘要提出了用长孢子虫或大丽弧菌感染拟南芥的不同根接种策略，有助于规划实验设置¹⁹。在田间，长孢子虫偶尔会对油菜生产¹²造成重大损害，而大丽弧菌的宿主范围非常广泛，包括几种栽培物种，如葡萄藤、马铃薯和番茄⁸。这使得这两种病原体在经济上都很有趣。

因此，以下方案使用 长孢子虫 和 大丽弧菌 作为根部病原体的模型，以举例说明根部接种的可能方法。拟南芥（拟南芥），油菜（Brassica napus）和番茄（Solanum lycopersicum）被选为模型宿主。有关这些方法的详细说明，请参阅下面的文本和随附的视频。讨论了每种接种系统的优缺点。总而言之，该协议收集可以帮助确定根 - 微生物相互作用背景下特定研究问题的合适方法。

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研究方案

1. 真菌培养基和植物接种系统

1. 液体马铃薯葡萄糖肉汤（PDB）:在热稳定的烧瓶中用超纯水制备21克/ L PDB。
2. 液体恰佩克葡萄糖肉汤（CDB）:在热稳定的烧瓶中用超纯水制备42克/ L CDB。
3. 培养皿接种系统的培养基:在超纯水中制备具有1.5 g / L Murashige和Skoog培养基（MS）以及8 g / L琼脂的热稳定烧瓶。
   注意:避免在这种培养基中含糖，因为它会导致接种后真菌过度生长。
4. 用于基于塑料杯的接种系统的培养基:在超纯水中制备具有4.4 g / L MS，0.2 g / L MgSO₄，1 g / L KNO₃，0.5 g / L 2-（N-吗啉基）乙烷磺酸（MES）和6.0 g / L琼脂的热稳定烧瓶，并用5 M KOH调节pH值至5.7。
   注意:避免在这种培养基中含糖，因为它会导致接种后真菌过度生长。
5. 1/4 MS 培养基:在超纯水中制备 1.2 g/L MS。
6. 使用高压灭菌器对上述所有溶液进行灭菌。将玻璃烧瓶放入篮中，关闭盖子并在121°C和98.9 kPa下灭菌15分钟。

2.对植物种子表面进行杀菌

注意:在播种前，始终使用以下方案对拟南芥，油菜和番茄的种子表面进行灭菌。

1. 将种子转移到2 mL反应管中。将管子放在内部容量为5.8 L的激化器中。
2. 通过将6 mL 33%盐酸（HCl）加入100 mL的12%次氯酸钠（NaClO）水溶液中，在清除器中产生氯气。
3. 立即关闭执行器的盖子，并将种子在气体中孵育3小时。

3.用黄 萎孢 子（无性分生孢子）制备接种物

注意:以与长孢菌（菌株Vl43）^17，18，19相同的方式培养大丽弧菌（菌株JR2）。确保所有设备和培养基无菌，并且所有步骤都在层流罩中执行，以保持接种物的轴性。

1. 在500 mL烧瓶中填充150 mL液体PDB（步骤1.1），并用500mg / L头孢噻肟补充培养基。
2. 将甘油储备中的黄萎 病菌 添加到PDB培养基中。用无菌泡沫塞关闭烧瓶。
3. 在室温（RT）下，在连续水平振荡（旋转振荡器;60rpm）下在暗箱中孵育培养物7-10天。这导致小的白色菌丝体球体。
4. 小心地取出并丢弃PDB上清液。大多数菌丝体应保留在烧瓶中。
5. 在菌瓶中的菌丝体上加入100mL液体CDB（步骤1.2），并用500mg / L头孢噻肟补充培养基。
6. 在室温下在暗箱中孵育4-5天，在连续的水平振荡（旋转振荡器，60rpm）下诱导孢子形成。随着分生孢子的释放，上清液会变成黄灰色。
7. 通过滤纸（颗粒保留水平为8-12μm）过滤一部分（5-10mL）含分生孢子的液体，进入无菌的50mL收集管中。这将孢子与菌丝体分开。
8. 通过使用细胞计数室和显微镜确定孢子浓度。用无菌1/4 MS培养基在超纯水中稀释，直到获得下面给出的孢子浓度。
   注意:在显微镜下， 来自V. longisporum 的分生孢子大多是长绘的，大小为7.1-8.8μm，而 V. dahliae 分生孢子较短（3.5-5.5μm），相当球形²⁰。
9. 使用这些新鲜收获的分生孢子作为接种物。确保始终使用新鲜收获的分生孢子而不是冷冻库存进行实验，因为冷冻可显着减少活孢子的数量¹⁹。
10. 对于长期储存，将孢子作为高浓度孢子溶液（约1 x 10⁸ 孢子/ mL）在-80°C下在25%甘油中冷冻（可储存长达1年）。对于下一步的实验，使用这些甘油储备在步骤3.2中接种PDB培养基。

4. 基于培养皿的无菌 体外 接种系统

注意:对于培养皿系统¹⁷，确保所有设备和培养基均无菌，并且所有步骤都在层流罩中执行。

1. 高压灭菌后，将培养基（见步骤1.3）倒入培养皿中。
2. 培养基硬化后，将培养皿重新包装在无菌塑料袋中，并将其倒置存放在冰箱（4-10°C）中过夜。冷却的介质有助于防止介质在后续步骤中滑动。
3. 用手术刀切除感染通道和凝固培养基的上三分之一（图1A）。切割时避免将液体或空气吸入琼脂介质下方;否则，培养基会滑落并关闭感染通道。
4. 在切割的上表面上分配50-100个表面灭菌的拟南芥种子，用无菌移液器尖端。将种子放在切好的琼脂表面接触培养皿壁的角度，以便根部可以在培养基和培养皿壁之间生长。这将有助于以后的接种。
5. 关闭培养皿并用透气胶带密封，以便进行气体交换。
6. 在4°C的黑暗中分层2天后，将板垂直放置在合适的架子中，并在生长室中以22°C±1°C在长日照条件下（16小时光照/ 8小时黑暗）生长植物。
7. 当大部分根部到达感染通道（约9-11天大的幼苗）时，水平放置板，打开它们并加入500μL新鲜收获的分生 孢子 ，浓度为4×10⁵ 孢子/ mL直接进入感染通道，确保液体均匀地分布在通道中。
8. 同样，通过加入500μL模拟溶液而不是孢子（无菌1/4 MS培养基）来制备对照板。
9. 将板水平孵育几分钟，直到液体浸入并且再次垂直设置板时不会泄漏出来。然后，合上盖子并用透气胶带密封板。
10. 在生长室中垂直孵育板。或者，用黑色纸盒覆盖根部，使根部和土生真菌变暗（见¹⁹）。
11. 根据研究问题，在接种后的首选时间点执行分析（请参阅此处使用的确切时间点的图例）。以下是一些建议。
    1. 从根部切下叶子，分别收获。从培养皿中取出琼脂条，以便轻松取出根部，并用镊子小心地将它们从琼脂中拉出。立即将所有植物材料在液氮中冷冻。
       1. 在液氮中研磨样品。从100mg叶材料中提取总DNA， 通过 定量PCR（qPCR）测定相对于植物DNA的真菌DNA量（见¹⁹）。
       2. 在液氮中研磨样品。取100毫克植物材料，提取总RNA。进行定量逆转录PCR（qRT-PCR）以确定侵扰期间植物基因（或真菌基因）的表达（见¹⁹）。
    2. 小心地从琼脂上取下根部，避免受伤，并在荧光显微镜下检查它们。
       1. 确定植物报告基因系中标记基因的诱导（例如，荧光素酶，β-葡萄糖醛酸酶或荧光报告基因^17，19，21）。
       2. 通过使用真菌报告线（例如，组成性表达增强的绿色荧光蛋白 Vl-sGFP⁹）或染色技术（例如，通过 5-溴-4-氯-3-吲哚基-N-乙酰基-β-d-氨基葡萄糖苷 （X-β-D-Glc-Nac）¹⁸）可视化真菌在根部的繁殖。

5. 用塑料杯组织的无菌 体外 接种系统

注:如该技术的第一描述¹⁹所述，确保所有设备和介质均无菌，并且所有步骤均在层流罩中执行。

1. 使用总体积为500 mL的透明塑料杯，并在70%-75%乙醇浴中对其进行灭菌至少20分钟。在层流罩中干燥杯子。
2. 将高压灭菌的培养基（见步骤1.4）倒入塑料杯中。任选地，将头孢噻肟（终浓度为50mg / L）加入高压灭菌培养基中以防止细菌污染。每杯使用150 mL培养基进行拟南芥实验，或使用更多培养基（每杯250-300 mL）进行较大植物物种（油菜，番茄）的实验。
3. 在固化之前，将塑料层（通过在70%-75%乙醇中孵育20分钟之前在培养基中灭菌）放在培养基上（图1B）。
   注意:该塑料层在角落处包含四个预制孔，用于放置表面灭菌的种子。这允许种子进入培养基。之后，该分离层可防止叶子接触含真菌的培养基，因此微生物不能直接攻击叶子，必须采取根途径。另一个孔位于中心，可以切断感染通道。
4. 当培养基凝固后，用手术刀将琼脂穿过预制的中心孔切至约1.5厘米的深度。取出切好的琼脂以形成一个感染通道，以后可以将真菌孢子添加到其中。
5. 用移液器尖端在四个较小的孔中稍微划伤琼脂培养基，以中断凝固的皮肤（这允许种子从含水的琼脂培养基中吸收水分）。使用移液器吸头将种子放入较小的孔中。
6. 用第二个倒置塑料杯关闭塑料杯，并用透气胶带密封。胶带必须允许气体交换。
7. 在4°C的黑暗中分层3天后，在12小时光照/ 12小时黑暗（拟南芥，油菜）或16小时光照/ 8小时黑暗条件（番茄）下在生长室中在22°C的恒定温度和60%湿度下孵育杯系统。
8. 遵循植物接种的建议年龄:拟南芥21天;油菜5-7天;番茄12天。
9. 通过在感染通道中加入1mL分生孢子溶液（推荐浓度:4 x 10⁵孢子/ mL）来接种黄萎病菌。为了制备对照样品，将1mL无孢子的模拟溶液（无菌1/4 MS培养基）加入通道中。
10. 根据研究问题，在接种后的首选时间点执行分析（请参阅此处使用的确切时间点的图例）。以下是一些建议。
    1. 用数码相机从上面拍摄植物的照片，保持每张照片的距离相同。量化叶面积（例如，使用 ImageJ²² 或 BlattFlaeche^17，19;使用杯子的长度来设置规模）并比较感染组和对照组。对疾病症状的发展进行分类（例如，更小、更淡或坏死的叶子）。
       注意:如果拟南芥上有任何茎，请将其删除以获得更好的玫瑰花照片。
    2. 从受感染的芽中去除根部并确定其生物量（鲜重），并通过称重来控制样品。确定相对鲜重¹⁹。
    3. 收集样品进行分子分析，如下所示。
    4. 拟南芥:如果有的话，请去除茎。从根部切开基部的玫瑰花。确保从样品中排除所有根材料并收获整个玫瑰花序。将来自不同植物的4-5个玫瑰花串混合成一个样品，并将叶材料在液氮中冷冻。
    5. 用镊子小心地将根部从培养基中拉出，用纸巾按压并轻拍它们以去除琼脂残渣，并将来自不同植物的4-5根根合并成一个样品。立即在液氮中冷冻。
    6. 油菜/番茄:从下胚轴切下茎段（例如，1厘米长;始终采用相同的茎区域）。将来自4-5个植物的材料混合到每个样品中，并在液氮中冷冻。
    7. 在液氮中研磨样品。从100mg的叶子或茎材料中提取总DNA， 通过 qPCR确定真菌DNA相对于植物DNA的量（见¹⁹）。
    8. 在液氮中研磨样品，取100mg植物材料并提取总RNA。进行qRT-PCR以确定侵扰时植物基因（或真菌基因）的表达（见¹⁹）。

6. 基于土壤的盆栽接种系统

1. 以3:1（土壤:沙子）的体积比彻底混合土壤和沙子，以方便将基质从根部洗掉。将混合物倒入高压灭菌袋中。如果混合物太干，加入适量的水并将其混合到基材中。在高压灭菌器中以80°C蒸汽20分钟，以尽量减少微生物污染。
   注意:避免加热到80°C以上，因为这可能会影响有机土壤养分。
2. 用土沙混合物填充花盆，然后将其转移到托盘中。将水加入约锅高1/3的托盘中，使土沙混合物用水彻底浸泡。此外，用喷雾瓶对基材进行喷水，以确保湿启动条件。
3. 在每个花盆中播种3-4粒种子（图1C），确保种子彼此之间有足够的距离。将它们在4°C的黑暗中保持3天，以进行分层以同步发芽。
   注意:预先培养过量的植物，这样就可以选择相似大小的植物进行接种实验，并减少由于个体差异引起的偏差。
4. 让幼苗在长日照条件下生长（16小时光照/ 8小时黑暗;恒温22°C;60%湿度），并定期浇水。
5. 遵循植物接种的建议年龄:拟南芥21天，油菜7天，番茄10天。选择大小相似的植物进行"根浸接种"^{15，17，23，24}。将土壤从花盆中取出，仔细挖掘根部。
6. 在水容器中轻轻洗涤根部，并将玫瑰花花放在水外。将洗涤的根在含有 黄萎病 孢子溶液的培养皿中孵育60分钟（推荐浓度:2×10⁶ 孢子/ mL）。对于未感染的对照组，将根在没有孢子的模拟溶液中孵育60分钟（无菌1/4 MS培养基）。
7. 用潮湿的蒸汽灭菌土壤（80°C，20分钟）准备新花盆，不要打沙。使用移液器吸头在每个花盆的土壤中心打一个洞。
8. 直接将根放入孔中（每个盆仅转移一株植物）。插入根部后，确保用土壤仔细填充孔。避免压紧土壤，否则重新盆栽会导致压力症状，如紫色叶子。
9. 在长日照条件下（16小时光明/ 8小时黑暗;恒温22°C;60%湿度）培养感染组和对照组，并定期浇水。
10. 根据研究问题，在接种后的首选时间点执行分析（请参阅此处使用的确切时间点的图例）。以下是一些建议。
    1. 从上面用数码相机拍摄植物的照片，保持每张照片的距离相同。量化叶面积（例如，使用 ImageJ²² 或 BlattFlaeche^17，19;使用花盆的直径来设置规模）并比较感染组和对照组。对疾病症状的发展进行分类（例如，更小、更淡黄色或坏死的叶子）¹³。
       注意:去除拟南芥的茎有助于拍摄玫瑰花的照片。
    2. 从受感染的芽中去除根部并确定其生物量（鲜重），并通过称重来控制样品。确定相对鲜重¹⁹。
    3. 或者，测量植物高度或对茎段的真菌生长进行分类，以评估疾病的严重程度¹³。
    4. 收集样品进行分子分析，如下所示。
    5. 拟南芥:去除茎。切开根冠上的玫瑰花。将来自不同植物的4-5个玫瑰花串组合成一个样品。将叶材料在液氮中冷冻。
       注意:在根系的情况下，如果不通过洗涤重新编程基因表达，很难从土壤中充分清洁它们。
    6. 油菜/番茄:从下胚轴切下茎段（例如，1厘米长;始终采用相同的茎区域）。将来自4-5个植物的材料混合到一个样品中，并将其冷冻在液氮中。
    7. 在液氮中研磨样品。从100mg叶或茎材料中提取总DNA， 通过 qPCR确定真菌DNA相对于植物DNA的量（见¹⁹）。
    8. 在液氮中研磨样品，取100mg植物材料并提取总RNA。进行qRT-PCR以确定侵扰时植物基因（或真菌基因）的表达（见¹⁹）。

7. 分析数据

1. 根据生物重复计算平均值和标准偏差（± SD）。
2. 通过将受感染组的所有结果除以对照的结果来计算相对值。例如，将平均值显示为"相对于模拟"或"相对于野生类型"。
3. 确定组之间的统计显著性。

图1:三种接种系统和方案中各个步骤的汇编。 这些数字说明了模型植物 拟南芥的系统。对于其他植物物种，必须调整时间。橙色框突出显示，对于这些框，最建议使用相应系统进行后续分析。（A）对于培养皿¹⁷中的接种系统，倒入培养基并使其凝固。将盘子放在冰箱中过夜。然后，用手术刀切割并去除上三分之一以及感染通道（IC）（从琼脂中去除插图中的白色区域，而蓝色区域代表琼脂）。将种子放在切好的表面上，并关闭培养皿。分层后，垂直放置板，让植物生长。一旦大多数根部到达感染通道，用移液管将孢子溶液直接加入通道中。确保解决方案均匀分布。关闭培养皿并将其垂直孵育在生长室中。可能遵循的方法是使用定量逆转录PCR（qRT-PCR）进行表达分析，使用报告线进行显微镜检查以及微生物DNA的定量。（B）对于塑料杯¹⁹中的接种系统，倒入培养基并用预制孔转移分离塑料层（角落中的四个小孔用于放置种子，中心有一个大孔用于感染通道）。让介质固化。用手术刀切除中心孔中的琼脂培养基，以获得感染通道（IC）。在较小的孔中划伤培养基并转移种子。用倒置的杯子关闭杯子，并用透气胶带（以黄色符号）密封。让植物生长。对于接种，用移液管将孢子溶液直接加入感染通道。关闭系统，在生长室中继续栽培。可能遵循的方法包括使用qRT-PCR进行表达分析，定量微生物DNA，以及测定鲜重，叶面积或其他疾病特征。（C） "根浸接种"^{15、17、23、24}:对于基于土壤的接种系统，用土壤:沙子混合物填充花盆。转移种子，让幼苗生长。挖掘类似大小的植物，并在水中清洗根部。将洗过的根放入培养皿中，将溶液与孢子一起放置。孵育后，将单株植物插入有土壤的花盆中。可能遵循的方法包括使用qRT-PCR对叶片进行表达分析，定量微生物DNA，以及测定鲜重，叶面积或其他疾病特征。 请点击此处查看此图的大图。

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结果

按照方案，种植植物并接种 长孢菌 （菌株 Vl43²⁵）或 大丽弧菌 （分离株JR2¹⁸）。设计了各种方案来证明有效性并突出显示给定协议的某些功能。显示代表性结局。

参与抗菌吲哚-硫代葡萄糖苷（IG）生物合成的基因的表达诱导是评估黄萎病感染的可靠指标^17，19，

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讨论

由于土壤传播的植物病原体¹造成的巨大产量损失，需要改进耕作策略或作物品种。对土壤传播疾病的发病机制的有限了解阻碍了更具抗性的植物的发育。需要探索潜在的病理机制，为此需要一个强大的方法学平台。报道的接种程序已经表明，根 - 微生物相互作用中的多因素事件可以通过组合不同的系统很好地解剖¹⁹。上述协议旨在为该领域的专家和研究人员提?...

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材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
Agar (Gelrite)	Carl Roth	Nr. 0039	all systems described require Gelrite
Arabidopsis thaliana wild-type	NASC stock	Col-0 (N1092)
Autoclave	Systec	VE-100
BlattFlaeche	Datinf GmbH	BlattFlaeche	software to determine leaf areas
Brassica napus wild-type	see Floerl et al., 2008	rapid-cycling rape	genome ACaacc
Cefotaxime sodium	Duchefa	C0111
Chicanery flask 500 mL	Duran Group / neoLab	E-1090	Erlenmeyer flask with four baffles
Collection tubes 50 mL	Sarstedt	62.547.254	114 x 28 mm
Czapek Dextrose Broth medium	Duchefa	C1714
Digital camera	Nikon	D3100 18-55 VR
Exsiccator (Desiccator )	Duran Group	200 DN, 5.8 L	Seal with lid to hold chlorine gas
Fluorescence Microscope	Leica	Leica TCS SP5 II
HCl	Carl Roth	P074.3
KNO3	Carl Roth	P021.1	≥ 99 %
KOH	Carl Roth	6751
Leukopor	BSN medical GmbH	2454-00 AP	non-woven tape 2.5 cm x 9.2 m
MES (2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid)	Carl Roth	4256.2	Pufferan ≥ 99 %
MgSO4	Carl Roth	T888.1	Magnesiumsulfate-Heptahydrate
Murashige & Skoog medium (MS)	Duchefa	M0222	MS including vitamins
NaClO	Carl Roth	9062.1
Percival growth chambers	CLF Plant Climatics GmbH	AR-66L2
Petri-dishes	Sarstedt	82.1473.001	size ØxH: 92 × 16 mm
Plastic cups (500 mL, transparent)	Pro-pac, salad boxx	5070	size: 108 × 81 × 102 mm
Pleated cellulose filter	Hartenstein	FF12	particle retention level 8–12 μm
poly klima growth chamber	poly klima GmbH	PK 520 WLED
Potato Dextrose Broth medium	SIGMA Aldrich	P6685	for microbiology
Pots	Pöppelmann GmbH	TO 7 D or TO 9,5 D	Ø 7 cm resp. Ø 9.5 cm
PromMYB51::YFP	see Poncini et al., 2017	MYB51 reporter line	YFP (i.e. 3xmVenus with NLS)
Reaction tubes 2 mL	Sarstedt	72.695.400	PCR Performance tested
Rotary (orbital) shaker	Edmund Bühler	SM 30 C control
Sand (bird sand)	Pet Bistro, Müller Holding	786157
Soil	Einheitserde spezial	SP Pikier (SP ED 63 P)
Solanum lycopersicum wild-type	see Chavarro-Carrero et al., 2021	Type: Moneymaker
Thoma cell counting chamber	Marienfeld	642710	depth 0.020 mm; 0.0025 mm2
Ultrapure water (Milli-Q purified water)	MERK	IQ 7003/7005	water obtained after purification
Verticillium dahliae	see Reusche et al., 2014	isolate JR2
Verticillium longisporum	Zeise and von Tiedemann, 2002	strain Vl43