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* 这些作者具有相同的贡献
在这里,我们描述了不同的多细胞球体形成方法,以执行后续多参数活细胞显微镜检查。使用荧光寿命成像显微镜 (FLIM)、细胞自发荧光、染色染料和纳米颗粒,展示了分析活三维 (3D) 癌症和干细胞衍生球状体中细胞代谢、缺氧和细胞死亡的方法。
多细胞肿瘤球体是一种流行的 3D 组织微聚集体模型,用于复制肿瘤微环境、测试和优化药物治疗以及在 3D 环境中使用生物和纳米传感器。它们的易于生产、可预测的大小、生长以及观察到的营养和代谢物梯度对于概括 3D 生态位样细胞微环境非常重要。然而,球状体的异质性及其生产方法的可变性会影响整体细胞代谢、活力和药物反应。考虑到大小、可变性、生物制造需求以及在干细胞和癌细胞生物学中用作 体外 3D 组织模型的要求,这使得选择最合适的方法变得困难。特别是,球状体的产生会影响它们与定量活体显微镜的兼容性,例如光学代谢成像、荧光寿命成像显微镜 (FLIM)、使用纳米传感器监测球状体缺氧或活力。这里介绍了许多常规的球状体形成方案,突出了它们与活体宽场、共聚焦和双光子显微镜的兼容性。还介绍了使用多重自荧光 FLIM 以及使用各种类型的癌症和干细胞球体的后续成像到分析管道。
多细胞球状体代表一组 3D 组织模型,由细胞自聚集获得,呈球形。它们广泛用于在体外模拟细胞间和细胞间基质相互作用,并在多种癌症和干细胞衍生构建体中复制 3D 环境。采用多种技术来减少细胞粘附并促进聚集。这些方法包括依赖于表面张力1 的悬滴法;细胞附着排斥方法,如超低附着板、微模具和微孔 2,3;基于声波的方法4;流动诱导聚集方法(旋转瓶、生物反应器和微流体装置)5;磁性粒子辅助形成6 以及使用促进聚集的合成和基于 ECM 的基质和支架 7,8,9。
在癌症研究、开发和新药疗法的验证中,球状体是一种有吸引力的模型,因为它们能够概括营养物质、废物和 O2 的空间扩散限制梯度,通常会导致形成坏死核心,这是实体瘤的典型特征10,11。根据动物研究的 3R 原则(替代、还原和精炼),这些更可靠、更复杂的体外模型挑战了广泛使用动物模型的需求(食品和药物管理局 [FDA] 现代化法案 2.012)。除了癌症,球状体还可用于干细胞研究。例如,多能干细胞具有形成拟胚体 (EB) 的能力,可用于诱导多能干细胞 (iPSC) 分化为难以直接从患者那里获得的特殊细胞类型,例如神经前体细胞13 或卵巢颗粒细胞13,14。此外,EB 的形成通常是开发更复杂的类器官模型的第一步,例如神经15、视网膜16、心脏17、肝脏18、胃19 和肠道类器官20。在为实验选择合适的球状体形成方法时,应考虑包括大小、重现性、通量和下游应用在内的因素。
与 2D 培养相比,3D 培养的复杂性增加会导致更高的变异性。营养成分21、介质蒸发22、粘度23、pH 控制24、球状体形成方法,甚至培养时间25,26 等因素都可能导致获得不同形态、大小、活力和不同化学抗性的球状体27,28.最近的研究表明,球体氧梯度并不总是静态的,并且受形成方法、球体大小和细胞外粘度的影响,从而影响球体异质性29。为了提高微球的可重复性和数据可访问性,我们开发了 MISpheroID 知识库26,将细胞系、培养基、形成方法和微球大小确定为可重现结果的最小信息。因此,对多种高通量(SphericalPlate 5D、实验室制造的微模具和微组织模具)和低附着方法(即 Biofloat 和 Lipidure 涂层的 96 孔板,无支架和基于支架)进行了详细比较(图 1 和表 1),包括孔大小(给定最大球体尺寸的估计)、使用的耗材、准备时间以及在不将球体运输到显微镜培养皿的情况下监测球体的可能性。 后者支持长期研究,而使用高通量方法生产的球体通常会导致终点实验。除 5DspheriPlate 的网格外,所有方法都不会带来不需要的自发荧光,因此可以直接在显微镜中使用。
图 1:球体形成方法解释。 高通量方法,例如 SphericalPlate 5D,它在板中集成了专利微孔,而实验室生产的微模具和 MicroTissue 模具使用印章在琼脂糖(蓝色)中制作多个微孔。Lipidure (Amsbio) 和 Biofloat (Sarstedt) 等低附着板使用非粘附涂层,可抑制细胞表面粘附并促进细胞自聚集。 请单击此处查看此图的较大版本。
5D 球形板 | 自产微模 | 微组织 | 低附着方法 | |
球状体数量/孔 | 750 | 1589 | 81 | 1 |
直径井 | 90 微米 | 400 微米 | 800 微米 | 1 毫米 |
培养体积 | 1 毫升 | 5 毫升 | 1 毫升 | 200 微升 |
其他耗材 | / | 7 mL 3% 琼脂糖 | 500 μL 2% 琼脂糖 | / * |
准备时间 | 10 分钟 | 2 小时 + 3 天培养基适应 | 0.5 小时 + 15 分钟培养基适应 | 10–30 分钟 + 1 小时干燥 |
监测 | 是的 | 不** | 是的 | 是的 |
自发荧光 | 是的 | 不 | 不 | 不 |
可 重用 | 不 | 是的 | 是的 | 不** |
成本 | €€ | € | €€€€ | €€€€€: 涂层和 Matrigel |
€€:商用 96 孔板 | ||||
*一些细胞系需要添加 ECM(即 2%–5% Matrigel)以形成紧凑的球状体。 | ||||
**涂层可重复使用,直到用完。但是,每个板会消耗少量介质,并且灰尘会随着时间的推移而积累。经常需要过滤器消毒。 |
表 1:多种球体形成方法的比较29."监测":无需转移到显微镜培养皿中即可监测球体的能力。€: 0-50€, €€: 50-150€ , €€€: 150-500€ , €€€€: >500€
荧光显微镜能够直接监测球状体内的关键生物学方面,包括细胞死亡、活力、增殖、代谢、粘度,甚至机械特性30。荧光寿命成像显微镜 (FLIM) 为研究荧光探针在其(微)环境中的相互作用 31,32,33,34 提供了额外的定量维度,从而可以根据不同的发射寿命35,36 分辨重叠的发射光谱以及基于内在细胞自发荧光探测细胞代谢。因此,烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸 (NAD(P)H)、黄素单核苷酸 (FMN)、黄素腺嘌呤二核苷酸 (FAD)、原卟啉 IX 等广泛使用的细胞自发荧光化合物可以用单光子和双光子 FLIM 测量,并作为葡萄糖分解代谢、氧化磷酸化 (OxPhos) 的内在"传感器",并提供细胞氧化还原状态的一般概述。NAD(P)H 存在于游离细胞质中,或以蛋白质结合的线粒体形式存在37,38。同样,FAD 的氧化态是荧光的,游离形式的寿命更长。NAD(P)H 和 FAD 显微成像通常涉及双光子激发的 FLIM,旨在防止样品光损伤39。通常,"光学代谢成像"FLIM 可以与基于染料的探针、基因编码的生物传感器、磷光寿命成像显微镜 (PLIM) 和基于比率强度的测量结合使用,以提供球状体或类器官代谢、氧合、增殖和细胞活力的更完整图像 29,30,31.此外,FLIM 还可以与 Förster 共振能量转移 (FRET) 方法结合使用,以测量与受体紧密接触时供体荧光团的寿命变化,以研究药物与其靶结构域的结合 33,40,41。
通常对采集的 FLIM 图像进行分析,以逐个像素计算寿命。目前,至少有 3 种常用策略用于获得荧光寿命:半定量"快速 FLIM"42(有时称为"tau 感"43,44)、衰变曲线拟合,使用一、二或三指数拟合,以及具有相量变换和相量图分析的"无拟合"方法。根据供应商的不同,可以使用提供的(LAS X、Symphotime、SPCImage 等)或开源软件(例如 FLIMfit45、FLIMJ46 或其他47)来处理测量的 FLIM 数据。通常,供应商提供的软件可用于初步数据分析,而开源解决方案可以使用相量图和 3D 可视化等工具提供更准确的研究。
尽管 FLIM 作为研究球体的方法有用且有吸引力,但可用的实验方案很少,并且在选择最合适的形成方法以成功进行涉及 FLIM 的活体多参数显微镜实验方面普遍缺乏知识。在这里,根据它们的形态、活力和氧合,与最近验证和表征的远红外和近红外 (NIR) 氧传感纳米传感器 (MMIR1) 详细比较了常用的球状体形成方案。阳离子纳米颗粒浸渍了两种报告染料,即参比 O2 不敏感的氮杂-BODIPY(激发波长 650 nm,发射波长 675 nm)和 NIR O2 敏感的金属卟啉 PtTPTBPF(激发波长 620 nm,发射波长 760 nm)。MMIR1 能够在传统荧光显微镜(使用比率分析)或磷光寿命显微镜 (PLIM) 上实时分析氧梯度,而不会引入细胞毒性,并允许稳定的信号、长期监测和多路复用25,29。根据使用染料或纳米传感器染色的需要、球状体通量或细胞类型,可以选择最合适的形成方案。由于球体活力和氧合的研究与癌症和干细胞衍生的球体的研究相关,因此提出的方案还包括 NAD(P)H-FLIM 和 FAD-FLIM 与这些模型的示例和预期典型结果。所提出的成像和分析管道针对最流行的基于时间相关单光子计数的 FLIM 显微镜平台。
1. 多细胞球体的产生
2. 球状体的实时显微镜检查
选择合适的球体形成方法
所选的球状体形成方法可以极大地影响球状体的大小、形状、细胞密度、活力和药物敏感性(图 2)。以前,比较了多种高通量(SphericalPlate 5D、实验室制造的微模具和微组织模具)和"中等通量"低附着(Biofloat 和 Lipidure 涂层的 96 孔板)方法对球体活力和氧合的影响29。
在这里,不同的形成方法?...
多细胞球状体正在成为肿瘤和干细胞生态位微环境研究、药物发现和生物制造"组织构建块"开发的首选方法。球状体的异质性内部结构、营养物质梯度和氧合可以在相对简化和可访问的环境中模拟体内组织和肿瘤的梯度。由于需要更高的方法透明度26,28 和标准化71,这些协议有望帮助研究人员为实时定量荧光寿命成像显微镜实验?...
没什么可透露的。
这项工作得到了根特大学特别研究基金 (BOF) 资助 (BOF/STA/202009/003;BOF/IOP/2022/058)、佛兰德斯研究基金会(FWO,I001922N)和欧盟,fliMAGIN3D-DN Horizon Europe-MSCA-DN No. 101073507。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
0.05% Trypsin-EDTA | Gibco | 25300-054 | Also available from Sigma |
10 mL serological pipets | VWR | 612-3700 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
12 well cell-culture plates, sterile | Greiner bio-one | 665-180 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning and other companies. |
12 Well Chamber slide, removable | Ibidi | 81201 | Also available from Grace Bio-Labs, ThermoFisher Scientific and others |
15 mL centrifuge tubes | Nerbe plus | 02-502-3001 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
3D Petri Dish micromolds | Microtissue | Z764000-6EA | |
6 well cell-culture plates, sterile | Greiner bio-one | 657160 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
70% ethanol | ChemLab | CL02.0537.5000 | |
Biofloat | Sarstedt | 83.3925.400 | Commercial available coated 96-well plate for spheroid formation |
Calcein Green-AM | Tebubio | AS-89201 | Apply in dilution 1:1000 |
CellSens Dimension software | Olympus | version 3 | |
Collagen from human placenta, type IV | Sigma | C5533 | For the preparation of 0.07 mg/mL Collagen and 0.03 mg/mL Poly-D-lysine coated microscopy dishes |
Confocal FLIM Microscope | Leica Microsystems | N/A | Stellaris 8 Falcon inverted microscope with white-light laser, HyD X detectors, climate / T control chamber (OkoLab), 25x/0.95 W objective |
D(+)-Glucose | Merck | 8342 | Prepare 1 M stock solution, 1:100 for preparation of imaging medium (final concentration 10 mM) |
Dulbecco's modified Eagle's medium (DMEM), phenol red-, glucose-, pyruvate- and glutamine-free | Sigma-Aldrich | D5030-10X1L | For preparation of imaging medium |
Fetal Bovine Serum (FBS) | Gibco | 10270-098 | Also available from Sigma. Needs to be heat-inactivated before use. |
HEPES (1M) | Gibco | 15630-080 | Dilution 1/100 for preparation of imaging medium (final concentration 10 mM) |
Human colon cancer cells HCT116 | ATCC | ||
ImageJ | NIH | version 1.54f | |
Leica Application Suite X (LAS X) | Leica Microsystems | version 4.6.1.27508 | |
L-glutamine | Gibco | 25030 | Also available from Sigma. Apply in dilution 1:100. |
Lipidure-CM5206 | Amsbio | AMS.52000034GB1G | |
McCoy's 5A, need addition of 1 mM Sodium Pyruvate and 10 mM HEPES | VWR | 392-0420 | Standard growth medium for HCT116 cells |
micro-patterned 3D-printed PDMS stamps | N/A | N/A | Provided by the Centre for Microsystems Technology, Professor Dr. Jan Vanfleteren, Ghent University |
NaCl | Chemlab | CL00.1429.100 | |
Neubauer couting chamber | Fisher Scientific | 15980396 | |
O2 probes: MMIR1 | N/A | N/A | Full characterization, validation and some applications can be found at: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.12.11.571110 v1 |
PBS | Fisher scientific | Gibco18912014 | Dissolve PBS tablet in 500 mL of distilled water. |
Pen Strep :Penicillin (10,000 U/mL) / streptomycin (10,000 μg/mL) 100x solution | Gibco | 15140-122 | Also available from Sigma. Apply in dilution 1:100. |
Poly-D-lysine | Sigma | P6407-5mg | For the preparation of 0.07 mg/mL Collagen and 0.03 mg/mL Poly-D-lysine coated microscopy dishes |
Propidium Iodide | Sigma-Aldrich | 25535-16-4 | Cell death staining, use 1 µg/mL at 1h incubation |
PVDF syringe filter 0.22 µm | Novolab | A35149 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
Sodium pyruvate (100 mM) | Gibco | 11360-070 | Dilution 1/100 for preparation of imaging medium (final concentration 1mM) |
SphericalPlate 5D 24-well | Kugelmeiers | SP5D-24W | |
sterile petridish | Greiner bio-one | 633181 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
Tissue culture flask (25 cm² ) | VWR | 734-2311 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
Tissue culture flask (75 cm²) | VWR | 734-2313 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
U-bottom 96-well plate | VWR | 10062-900 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, Greiner Bio-one and other companies |
Ultrapure Agarose | Invitrogen (Life Technologies) | 16500-500 | Other types of Agarose such as Agarose low melting point (A-9414, Sigma), Agarose for routine use (A-9539, Sigma) |
Widefield fluorescence inverted microscope | Olympus | N/A | Inverted fluorescence microscope IX81, with motorised Z-axis control, CoolLED pE4000 (16 channels, 365-770 nm), ORCA-Flash4.0LT (Hamamatsu) cMOS camera, glass warming plate Okolab, CellSens Dimension v.3 software and air objectives 4x/0.13 UPlanFLN and 40x/0.6 LUCPlanFLN. (Optional, for high-resolution imaging) 60x/1.0 LUMPLFLN water |
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