用于分子分析的人水和玻璃体液体活检的生物样本库

人眼液体活检的分子分析可以捕获来自高度专业化的眼组织含有数千种不同分子的局部富集液体。它们允许对活人的眼部疾病进行分子表征，并具有进一步确定新型诊断和治疗策略的潜力。在这里，我们开发了用于在眼内手术期间高质量房水和玻璃体液体活检的标准化收集和生物库的方案。

该协议的一部分是基于网络的数据隐私合规数据库，用于在其生命周期内注释每个样品，并使用坐标系来跟踪每个条形码样本在存储中的位置，从而能够为下游实验（如蛋白质、聚糖和代谢物分析）提供高效的样品检索。使用手术显微镜使用连接到 1 ml 注射器的 30 至 32 号针头进行垂直于角膜缘的前房穿刺术。在此过程中，棉签可用于稳定眼睛。

确保针尖保持在中前房的周边虹膜上，以避免损伤眼内结构。在通过显微镜直接观察的情况下，使用一毫升注射器手动吸出约一百微升未稀释的房水。然后小心地将针头从前房中取出。

在有晶眼中，将针保持在虹膜上以避免接触晶状体。眼球上的正压会增加反流。在拔出针头之前松开棉尖有助于减少回流。

拉回水管工，看看空气和收集的液体是如何移动的。将注射器注入冷冻瓶中。额外的空气清除注射器死区。

在这里，您可以看到永久蚀刻在小瓶上的条形码。然后使用条形码将样本扫描到手术室计算机上的REDCap表格。冷冻瓶将立即转移到冷却箱中的干冰上。

玻璃体液体活检可在玻璃体切除术开始时由训练有素的玻璃体视网膜外科医生进行。请注意，玻璃体切除术切割机不会灌注液体。在玻璃体腔中，无需输注即可激活玻璃体切割器以收集未稀释的玻璃体样品。

使用连接到玻璃体挤出套管的注射器手动吸出0.5至1ml玻璃体。然后按照我们演示的准确肱骨标本对样品进行处理。此视频是在调查视图中 REDCap 中完成的示例收集表单的演练。

一旦患者在临床研究协调员的协助下完成电子同意书，就会填充此表格。它可以在患者获得电子同意的同一设备上访问，也可以使用任何其他批准的设备访问。可以在此处访问已完成的电子同意书的副本，以便验证签名。

然后，协调员填写其他相关部分，包括同意类型，并在此蓝色部分中填写有关病例本身的详细信息，例如病例外科医生，手术地点，收集日期以及其他相关信息。在下一个绿色患者部分中，我们有患者人口统计数据，包括样本MRN，患者的名字和姓氏，他们的性别，出生日期以及自动计算年龄，受影响眼睛的偏侧性和诊断类别。此窗体具有分支逻辑，因此当选中复选框时，它会影响其下方复选框的外观。

在这种情况下，这是一个前段和视网膜病例。所以首先，填充诊断视网膜框。协调员已选择这是一个黄斑孔，并且前节诊断框也已填充。

在这种情况下，看起来像是白内障。术前历史记录表单也填充为自由文本框。在这里，可以复制和粘贴来自 EMR 的信息，或者可以输入有关术前历史记录的新信息以供将来参考。

接下来，在这个红色部分中，我们有程序框。在这种情况下，看起来像是扁平玻璃体切除术与phaco IOL一起选择的。此处未填充的任何复选框都可以使用遍布整个表单的其他框以自由文本形式输入。

有关案件本身的相关细节也已完成。最后，在这个黄金部分，我们有一个收集区。此处输入了收集标本的协调员的姓名以及正在使用的标本管数量。

同样，使用分支逻辑，我们能够收集案例所需的任意数量的样本。在这种情况下，收集了两个样本，看起来像玻璃体核心和前房液体样本。这些样品中的每一个的条形码都已在此处扫描并记录到表格中。

最后，还有一个示例收集笔记部分，协调员可以在其中输入相关详细信息，包括抽取流体的体积和质量。在最终文件上传部分，任何相关的照片、视频或文档都可以上传到表单本身并链接。最后，一旦一切都完成，协调员可以单击下一步提交，并保存表格并存储所有相关信息，从而将样本与患者成功连接。

将干冰上的样品从手术室运送到实验室。在实验室计算机上登录到 REDCap。取一个收集的样本并将条形码扫描到数据库中。

现在，需要第二个装有干冰的容器和一个用于冷冻瓶的架子。样品架的条形码也将被扫描到数据库中，样品被转移到样品架上。样品瓶在架子中的位置被添加到数据库中，条目被保存和关闭。

然后将装有小瓶的架子在干冰上运输到冰箱，在零下80摄氏度下储存。使用坐标系将架子添加到冰箱中的特定位置。这将允许稍后轻松检索样品以进行下游分析。

此视频是示例存储窗体的演练。在这里，我们看到患者概述记录。此绿色圆圈表示样本收集输入表单已完成。

此空圆圈表示必须填写存储表单。对于在输入表单阶段收集的每个样品，必须填写存储表格。单击此圆圈将带我们进入第一个样品存储表单。

在这里，我们可以看到已经生成了PID，并且MRN已被屏蔽。该信息仍然可以访问，并且可以通过单击输入表单中的绿色圆圈来访问上一页。在此页面完成后，将在此处生成样本快照。

在收集说明下，我们看到信息已从条目表单中自动导入。接下来，在记录存档日期下，我们可以输入完成此表单的日期。在标本管条形码下，我们扫描或重新输入正在存档的管子的条形码。

此标本快照正在实时更新。在本节中，我们可以选择是否正在转移样本。在这里，我们输入该相关信息。

为了这个例子，我们将指出这是一个进入内部生物存储库存储的示例。在验证下，研究协调员可以返回并验证电子同意书或纸质同意书是否已成功完成并在协议范围内完成。输入完成此验证的人员的姓名，并使用此下拉列表，验证器将此处的条形码与刚刚键入的内容进行匹配。

这确保了准确性。接下来，在这个位置阶段，我们看到将要储存样品的冰箱。我们可以指示将存储样品的架子，并记录可以扫描或输入的盒子条形码。

也可以在此处输入盒子标签，标签可以放在盒子上以便进一步匹配。然后记录行和列的两个位置。这可确保每个条形码都与盒子内的一个位置相关联，该位置被记录下来，以便将来检索。

在此用法部分下，我们可以输入我们的项目名称或从下拉框中选择一个。记录标本体积。在这里，日期和时间以及上次访问此表单的用户会自动填充，以确保可以根据需要查看和审核的监管链。

存档表单的人员在此处输入其姓名，并在此处注明可能与他们希望在此输入表单中记录的内容一致的任何相关注释以供存储。最后，还有另一个部分要上传文件，完成所有这些操作后，可以通过单击"保存并退出"来填写并提交此表单，这将我们带回患者概述。对于必须填写的每个附加表格，对于必须存储的每个试管，我们可以单击此加号按钮返回样品存储表格并生成另一条记录。

此概述提供了对该患者记录生成的条目表单以及任何后续存储表单的访问。通过这种方式，在 REDCap 中具有后端访问权限或其他给定权限的任何人都可以轻松检索和访问它。收集的液体活检可以进行各种分子分析，包括蛋白质组学、糖组学和代谢组学。

REDCap数据库可以简单快速地检索样本，例如，通过搜索特定疾病患者的样本。这是一例17岁的女性患者，她免疫功能低下，表现为视网膜和视神经炎症。由于担心感染，进行了房水液体活检并送去进行DNAPCR分析。

结果对CMV呈阳性，对HSV和弓形虫病呈阴性，对于区分感染性和非感染性眼内炎症以及选择合适的治疗方法至关重要。液相色谱质谱法能够对蛋白质组进行无偏和半定量分析。在接受玻璃体切除术的患者玻璃体的液体活检中，该技术能够识别484种独特的蛋白质，包括补体C3，视蛋白和2型胶原蛋白。

使用糖蛋白组学多重分析仪分析了三种玻璃体液体活检。该测定检测了500种人类蛋白质的糖基化谱，捕获了多种生物途径，如代谢、免疫反应、细胞粘附和肌动蛋白组织。我们还使用一种特殊形式的质谱分析了房水液体活检的代谢组学谱。

我们在三种水性人液活检中鉴定了292种不同的代谢物。通路分析确定了多种代谢途径，包括氨基酸代谢、尿周期和肉碱合成。总之，我们的工作流程在手术室和研究实验室之间建立了一个实用的接口，允许标准化和高通量的采集、注释和存储高质量的手术标本。

这些样品可用于分子下游分析，包括蛋白质组学、糖组学和代谢组学研究。我们的实验方案为未来的转化研究提供了宝贵的基础。