In vitro Chemische Kartierung von G-Quadruplex-DNA-Strukturen durch Bis-3-Chlorpiperidine

G-Quadruplex sind Nukleinsäure-Sekundärstrukturen, die typischerweise in Guanin-reichen DNA-Sequenzen gebildet werden. Die chemische Kartierung von G4 durch B-CePs zielt auf die in vitro Charakterisierung von G4 ab und ermöglicht die Identifizierung der spezifischen Guanine, die die G-Tetrade bilden. Die Identifizierung und experimentelle Validierung von G4 in potentiellen G-Quadruplex-bildenden Sequenzen ist ein biologisch relevantes Thema, das derzeit primär mit computergestützten Werkzeugen bearbeitet wird.

Um solche Vorhersagen zu unterstützen und das unvorhergesehene G4 nachzuweisen, stellt die chemische Kartierung durch B-CePs eine zugängliche Methode zur Identifizierung von G4 in DNA-Sequenzen dar. Die chemische Kartierung durch B-CePs ist eine bequeme Alternative zum weit verbreiteten Dimethylsulfat-Footprinting-Protokoll für die Charakterisierung von G-Quadruplex. Der Hauptvorteil von B-CePs besteht darin, dass es die Anzahl der Schritte im Protokoll und die anfängliche Menge des DNA-Substrats reduziert.

Die chemische Kartierung durch B-CePs wird hier mit der TBA-Sequenz als Proof of Concept beschrieben. Das Protokoll wird zu neuen Experimenten führen, die auf jede andere potenzielle G-Quadruplex-bildende Sequenz anwendbar sind, die sowohl DNA- als auch RNA-Konstrukte untersucht.