Le remplacement du tissu musculaire sain par de la graisse intramusculaire est une caractéristique importante des maladies et affections humaines. Ce protocole décrit comment visualiser, imager et quantifier la graisse intramusculaire, permettant l’étude rigoureuse des mécanismes sous-jacents à la formation de graisse intramusculaire.
Les progéniteurs fibro-adipogènes (PAF) sont des cellules stromales mésenchymateuses qui jouent un rôle crucial lors de l’homéostasie et de la régénération des muscles squelettiques. Les PAF construisent et maintiennent la matrice extracellulaire qui agit comme un échafaudage de myofibre moléculaire. De plus, les PAF sont indispensables à la régénération des myofibres car ils sécrètent une multitude de facteurs bénéfiques détectés par les cellules souches musculaires (MuSC). Dans les états malades, cependant, les FAP sont l’origine cellulaire de la graisse intramusculaire et du tissu cicatriciel fibrotique. Cette fibrose graisseuse est une caractéristique de la sarcopénie et des maladies neuromusculaires, telles que la dystrophie musculaire de Duchenne. Une barrière importante pour déterminer pourquoi et comment les PAF se différencient en graisse intramusculaire est la préservation efficace et la visualisation ultérieure des adipocytes, en particulier dans les sections de tissus congelés. Les méthodes conventionnelles de traitement des tissus musculaires squelettiques, telles que la congélation instantanée, ne préservent pas correctement la morphologie des adipocytes individuels, empêchant ainsi une visualisation et une quantification précises. Pour surmonter cet obstacle, un protocole rigoureux a été développé qui préserve la morphologie des adipocytes dans les sections musculaires squelettiques permettant la visualisation, l’imagerie et la quantification de la graisse intramusculaire. Le protocole décrit également comment traiter une partie du tissu musculaire pour la RT-qPCR, permettant aux utilisateurs de confirmer les changements observés dans la formation de graisse en observant les différences dans l’expression des gènes adipogènes. De plus, il peut être adapté pour visualiser les adipocytes par immunofluorescence de montage entier d’échantillons musculaires. Enfin, ce protocole décrit comment effectuer un traçage génétique de la lignée des FAP exprimant Pdgfrα pour étudier la conversion adipogénique des FAP. Ce protocole produit systématiquement des images immunofluorescentes à haute résolution et morphologiquement précises des adipocytes, ainsi qu’une confirmation par RT-qPCR, permettant une visualisation et une quantification robustes, rigoureuses et reproductibles de la graisse intramusculaire. Ensemble, le pipeline d’analyse décrit ici est la première étape pour améliorer notre compréhension de la façon dont les PAF se différencient en graisse intramusculaire et fournit un cadre pour valider de nouvelles interventions visant à prévenir la formation de graisse.
L’infiltration de tissus musculaires sains avec fibrose graisseuse est une caractéristique importante de la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) et d’autres maladies neuromusculaires, ainsi que de la sarcopénie, de l’obésité et du diabète 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10 . Bien que l’augmentation de l’infiltration de graisse dans ces conditions soit fortement associée à une diminution de la fonction musculaire, notre connaissance du pourquoi et de la façon dont la graisse intramusculaire se forme est encore limitée. Les FAP sont une population de cellules stromales mésenchymateuses multipotentes présentes dans la plupart des organes adultes, y compris le muscle squelettique11,12. Avec l’âge et dans les maladies chroniques, cependant, les FAP produisent du tissu cicatriciel fibrotique et se différencient en adipocytes, qui sont situés entre les myofibres individuels et forment de la graisse intramusculaire 13,14,15,16,17,18,19,20.
Pour commencer à lutter contre la formation de graisse intramusculaire, les mécanismes de transformation des PAF en adipocytes doivent être définis. PDGFRα est le marqueur « de référence » dans le domaine pour identifier les FAP dans le muscle de plusieurs espèces 13,16,17,18,20,21,22,23,24,25,26,27. En conséquence, plusieurs lignées Cre murines inductibles au tamoxifène, sous le contrôle du promoteur Pdgfrα, ont été générées, permettant de manipuler génétiquement les PAF in vivo à l’aide du système Cre-LoxP 27,28,29. Par exemple, en combinant cette lignée Cre inductible avec un rapporteur génétique, le traçage de la lignée des PAF peut être effectué, une stratégie que nous avons appliquée avec succès à la carte du destin des PAP dans le tissu adipeux musculaire et blanc20,30. Outre le traçage de la lignée, ces lignes Cre fournissent des outils précieux pour étudier la conversion FAP en graisse.
Un obstacle majeur dans la définition du mécanisme de conversion adipogénique des FAP en graisse intramusculaire est la capacité de quantifier rigoureusement et de manière reproductible la quantité de graisse intramusculaire qui s’est formée dans différentes conditions. La clé est d’équilibrer la préservation des tissus musculaires et adipeux et de l’associer aux méthodes de coloration disponibles pour visualiser les adipocytes. Par exemple, le muscle squelettique est souvent congelé sans fixation préalable, préservant les myofibres mais perturbant la morphologie des adipocytes (Figure 1). En revanche, la fixation suivie de l’incorporation de paraffine, tout en affichant la meilleure histologie tissulaire, y compris les adipocytes, élimine tous les lipides, rendant ainsi la plupart des colorants lipophiles, tels que le colorant couramment utilisé Oil Red O, inutilisables.
Figure 1 : Images représentatives de la graisse intramusculaire dans les tissus musculaires congelés par rapport aux tissus musculaires fixes. (A) Aperçu schématique de la configuration expérimentale. Images immunofluorescentes montrant des adipocytes (jaunes), des myofibres (gris) et des noyaux (cyan) dans les AT (B) congelés et (C) fixes 21 jours après une lésion au glycérol. Barres d’échelle : 50 μm. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Le protocole décrit ici préserve la morphologie des myofibres et des adipocytaires et permet la visualisation et l’analyse de plusieurs types de cellules. Cette approche est basée sur la coloration par immunofluorescence des adipocytes dans le tissu musculaire fixé au paraformaldéhyde (PFA), ce qui permet une co-coloration avec plusieurs anticorps. Il peut également être facilement adapté pour afficher spatialement la graisse intramusculaire dans les tissus intacts en utilisant l’imagerie à montage entier, fournissant ainsi des informations sur le microenvironnement cellulaire de la graisse dans le muscle. De plus, ce protocole peut être combiné avec notre approche récemment publiée pour déterminer la section transversale des myofibres dans les tissus musculaires fixes31, une mesure importante pour évaluer la santé musculaire. La combinaison de cette approche avec le traçage de la lignée génétique pour cartographier le destin de la différenciation des FAP en adipocytes est également décrite ici. Ainsi, le protocole polyvalent décrit ici permet une évaluation rigoureuse et reproductible des PAF et de leur différenciation en graisse intramusculaire dans les coupes de tissus et les tissus intacts.
Figure 2 : Vue d’ensemble du protocole schématique. Vue d’ensemble schématique du traitement tissulaire dans lequel un tiers de l’AT est retiré, congelé et homogénéisé pour l’isolement ultérieur de l’ARN et l’analyse de transcription via RT-qPCR. Les deux autres tiers de l’AT sont fixés par PFA et traités pour l’immunocoloration sur des sections congelées ou des fibres à montage entier. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Tous les protocoles pour animaux ont été approuvés par l’Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) de l’Université de Floride.
1. Traçage génétique de la lignée des PAF
REMARQUE: Si le traçage de la lignée génétique des PAF n’est pas souhaité, l’étape 1 peut être ignorée.
2. Lésion du muscle tibialis antérieur (TA)
REMARQUE: Pour étudier la graisse intramusculaire, il est recommandé d’utiliser un modèle de blessure à base de glycérol (50% de glycérol dans une solution saline stérile), ce qui entraîne une formation massive de graisse intramusculaire 34,35,36,37.
3. Prélèvement de tissus
Figure 3: Résumé de la récolte de tissus. (A) La peau est coupée à la base de la jambe et (B) les muscles des membres postérieurs sont exposés. (C) Une fois que l’épimysium est retiré de l’AT, des pinces (D) sont utilisées pour séparer partiellement le muscle et s’assurer que l’épimysium a été complètement retiré. (E) L’AT est coupé de la jambe avec un scalpel et retiré après avoir coupé le tendon. (G) Après avoir coupé l’AT en un tiers et deux tiers, (H) un tiers est congelé dans de l’azote liquide pour l’analyse RT-qPCR et (I) l’autre tiers est fixé dans 4% de PFA pour l’histologie. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
4. Intégration
5. Sectionnement
6. Coloration immunofluorescente (FI) des coupes tissulaires
REMARQUE: Comme les concentrations d’anticorps peuvent varier entre les lots et les fabricants, l’optimisation est recommandée en évaluant plusieurs concentrations différentes des anticorps sur les lames d’essai avant de colorer les lames d’intérêt.
7. Coloration immunofluorescente de montage entier
8. Imagerie de la graisse intramusculaire
9. Quantifier les adipocytes
10. Analyse de l’expression génique adipogène à l’aide de la RT-qPCR
Visualisation immunofluorescente de la graisse intramusculaire
En suivant les étapes ci-dessus et en regardant la figure 1A, des coupes de tissu TA ont été prélevées à partir d’une blessure au glycérol de 21 jours après avoir été congelées immédiatement après la récolte dans de l’isopentane refroidi par LN2 ou ont été fixées dans du PFA à 4 % pendant 2,5 h. Après cryosection et coloration des deux échantillons, des images ont été prises à mi-ventre, la plus grande zone de l’AT. Les adipocytes PERILIPIN+ des AT non fixés (Figure 1B) ont une morphologie significativement modifiée par rapport aux sections fixes (Figure 1C), ce qui rend leur identification, leur visualisation et leur quantification ultérieure beaucoup plus difficiles et potentiellement inexactes. À noter, les premières gouttelettes lipidiques PERILIPIN+ ont été détectées environ 5 jours après la blessure, la plupart des adipocytes s’étant formés au jour 7. 21 jours après la blessure, les adipocytes avaient complètement mûri.
Comme la quantité de graisse par AT est fortement corrélée à la gravité de la blessure induite, les AT doivent être blessés de manière significative pour observer et étudier efficacement la formation de graisse intramusculaire. Pratiquer des injections d’encre dans des TAs de cadavre est un excellent moyen d’améliorer la gravité des blessures. Les blessures réussies ont tendance à être supérieures à 50% du muscle. À noter, les zones blessées du muscle représentent des zones dépourvues de fibres musculaires ou des zones peuplées de fibres musculaires contenant au moins un noyau situé au centre, une caractéristique connue d’une fibre musculaire régénérante.
Ce protocole peut être facilement adapté à la coloration des FAP et des graisses en 3D. Pour cela, plusieurs myofibres de la post-fixation de l’AT ont été soigneusement séparés, suivis d’une immunofluorescence de montage entier. La clé est de fixer correctement les fibres à la lame de verre et, en même temps, d’éviter la surcompression du tissu. En utilisant des pieds en argile moulables, l’utilisateur peut ajuster l’épaisseur requise et fixer le couvercle à la glissière, permettant même l’utilisation d’un microscope inversé (Figure 4A). Cette méthode a été utilisée avec succès pour étiqueter les PAP PDGFRα+ , les myofibers phalloïdine+ et les adipocytes exprimant la PERILIPINE (Figure 4B, Vidéo supplémentaire 1 et Vidéo supplémentaire 2). Après avoir obtenu des images à plusieurs plans Z s’étendant jusqu’à 150 μm d’épaisseur, le module de rendu 3D du logiciel de microscope a été utilisé pour créer une reconstruction 3D.
Figure 4 : Coloration immunofluorescente à montage entier. (A) Vue de dessus et de côté de la façon de monter l’échantillon et d’ajouter une lèvre de couverture pour la coloration à montage entier. (B) Reconstructions 3D représentatives des FAP (vert; à gauche) et des adipocytes (rouge; à droite) ainsi que des myofibres (gris) et des noyaux (bleu). Barres d’échelle : 50 μm. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Quantification de la graisse intramusculaire
Une fois que des images ont été prises de graisse intramusculaire, la fonction Compteur cellulaire dans ImageJ/FIJI a été utilisée pour compter manuellement le nombre d’adipocytes PERLIPIN+ (Figure 5A). Ensuite, la surface totale de la section musculaire ainsi que la zone blessée, définie par des noyaux situés au centre dans les myofibres, ont été déterminées. Pour contrôler la gravité de la blessure, le nombre total d’adipocytes a été divisé par la zone blessée, ce qui a entraîné le nombre de cellules graisseuses pour 1 mm2 de muscle blessé. Habituellement, les AT qui présentent <30 % de blessures sont exclus des quantifications. À noter, bien que les adipocytes soient rares sans blessure, allant de zéro à huit par section transversale, le nombre total d’adipocytes est toujours normalisé par zone totale. Comme le montre la figure 5B, une blessure au glycérol provoque des quantités massives de graisse intramusculaire par rapport à un muscle TA non blessé. Alternativement, comme la coloration à la perilipine est très propre avec un rapport signal/bruit élevé, il est également possible d’utiliser la fonction Analyser les particules pour déterminer la surface totale occupée par la perilipine. Cependant, cette méthode ne sera pas en mesure de faire la distinction entre les adipocytes plus petits et moins nombreux. Jusqu’à trois sections d’un minimum de quatre animaux individuels ont été imagées et quantifiées, et le nombre moyen de cellules graisseuses présentes par souris a été rapporté.
Figure 5: Quantifications de la graisse intramusculaire. (A) Image représentative de la façon de compter les adipocytes PERILIPIN+ (blanc) à l’aide de la fonction Compteur de cellules dans ImageJ. Barre d’échelle: 50 μm. (B) Quantifications des adipocytes TA entiers 21 jours après l’injection de glycérol normalisée à 1 mm2 de la zone lésée. Chaque point représente la moyenne d’une souris. Barres d’erreur affichées comme SEM. **** = p < 0,0001. (C) La couche d’ARN après homogénéisation et séparation de phase subséquente par chloroforme est utilisée pour l’analyse RT-qPCR. (D) Replier les changements dans les niveaux d’expression de Pparg et Cepbα, gènes adipogéniques précoces, et Plin1 et Adipoq, deux marqueurs adipocytaires matures, à différents moments après une lésion du glycérol. Chaque point représente la moyenne d’une souris. Barres d’erreur affichées sous la forme SEM. Veuillez cliquer ici pour afficher une version agrandie de cette figure.
Pour confirmer indépendamment la quantité de graisse intramusculaire présente, les niveaux d’expression génique de divers marqueurs adipogéniques peuvent être déterminés. Pour cela, l’ARN peut être isolé d’une partie du même muscle TA utilisé pour l’immunofluorescence (voir les étapes ci-dessus) à différents points après la blessure. Un batteur de billes a été utilisé en combinaison avec le thiocyanate de guanidium pour homogénéiser le tissu. Après l’ajout de chloroforme suivi d’une centrifugation, la couche supérieure contenant de l’ARN a été soigneusement extraite et des mini-colonnes de spin ont été utilisées pour le nettoyage de l’ARN (figure 5C). Cette méthode produit régulièrement une qualité et une quantité élevées d’ARN adaptées à toutes les analyses en aval telles que la RT-qPCR et l’ARNiq. Pour la RT-qPCR, les niveaux d’expression relatifs des gènes adipogéniques à l’entretien ménager ont été déterminés, et tout changement relatif a été évalué selon la méthode ΔΔCT38. Comme décrit à la figure 5D, par rapport au muscle TA non blessé, la lésion au glycérol induit l’expression de marqueurs adipogènes précoces tels que Pparg et Cebpα dès 3 jours après la blessure. Les marqueurs matures, tels que l’adiponectine (Adipoq) et la perilipine (Plin1), peuvent être détectés dès 5 jours après une lésion au glycérol.
Traçage génétique de la lignée des adipocytes
Le protocole de coloration des adipocytes présenté ici peut être facilement adapté pour inclure le traçage génétique de la lignée des FAP afin de cartographier et de suivre leur destin en adipocytes. Nous avons, par exemple, déjà démontré que la recombinaison pouvait être induite par l’administration de tamoxifène dans PdgfrαCreERT2; Rosa26souris EYFP 2 semaines avant la blessure, éliminant efficacement le codage d’arrêt floxé et activant de manière indélébile l’expression de l’EYFP dans les FAPs (Figure 6A). Nous avons atteint des rendements de recombinaison élevés avec le régime de tamoxifène présenté ici, avec environ 75% des PAP PDGFRα+ exprimant EYFP20, similaire à ce que d’autres laboratoires ont rapporté 27,39,40. Démontrant que les PAF sont bien l’origine cellulaire de la graisse intramusculaire, la majorité des PAP se sont transformées en adipocytes exprimant l’EYFP+ PERILIPINE 7 jours après une lésion du glycérol (Figure 6B).
Figure 6 : Traçage de la lignée des PAF. (A) Vue d’ensemble schématique de la configuration expérimentale. (B) Images immunofluorescentes représentatives montrant une recombinaison et une activation réussies de l’EYFP (jaune) dans les FAP PDGFRα+ (rouges, pointes de flèche) et les adipocytes PERILIPIN+ (rouges, astérisques). Barres d’échelle : 25 μm. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Détection de plusieurs types de cellules
Ce protocole peut également être utilisé pour visualiser le compartiment myogénique. En utilisant des anticorps contre PAX7 et MYOD1, les cellules souches musculaires (MuSC) et les myoblastes, respectivement, peuvent être facilement détectés 5 jours après une lésion au glycérol, même dans une section de tissu musculaire fixée par PFA (Figure 7). Ainsi, le protocole présenté est polyvalent et adaptable non seulement pour étiqueter et imager les adipocytes et les PAF, mais aussi pour d’autres types de cellules de la lignée myogénique.
Figure 7 : Coloration immunofluorescente des cellules souches musculaires et des myoblastes. (A) Aperçu schématique de la configuration expérimentale. (B) Images immunofluorescentes représentatives montrant une coloration réussie des cellules souches musculaires (MuSC) (jaune, à gauche) avec PAX7 et des myoblastes (jaune, à droite) avec MYOD1. LAMININ décrit les myofibres (blancs) et les noyaux sont en cyan. Barres d’échelle : 50 μm. Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.
Vidéo supplémentaire 1: rendu 3D des FAP. Reconstruction tridimensionnelle des myofibres, des PAP et des noyaux colorés pour la PHALLOIDIN (grise), la PDGFRα (verte) et la DAPI (bleue), respectivement, 21 jours après la blessure. Veuillez cliquer ici pour télécharger cette vidéo.
Vidéo supplémentaire 2: Rendu 3D de la graisse intramusculaire. Rendu volumétrique des faisceaux de myofibères (gris, PHALLOIDIN) et de la graisse intramusculaire (rouge, PERILIPIN), qui a remplacé un myofiber 21 jours après une lésion au glycérol. Veuillez cliquer ici pour télécharger cette vidéo.
Ce protocole décrit un protocole complet et détaillé qui permet une visualisation efficace et une quantification rigoureuse de la graisse intramusculaire. En divisant le même muscle en deux parties, l’une utilisée pour l’immunofluorescence et l’autre pour l’analyse RT-qPCR, ce protocole est également très polyvalent. Il peut également être combiné avec le traçage génétique de la lignée des FAP pour étudier leur conversion en adipocytes dans certaines conditions et est très adaptable pour étiqueter et imager plusieurs types de cellules supplémentaires.
Les moyens les plus couramment utilisés pour visualiser la graisse intramusculaire sont les sections de paraffine suivies de la coloration à l’hématoxyline et à l’éosine ou des sections congelées colorées pour les colorants lipophiles tels que l’huile rouge O (ORO). Cependant, alors que les tissus traités à la paraffine conservent la meilleure histologie, le même processus extrait également tous les lipides empêchant l’utilisation de colorants lipophiles. Bien que les méthodes de coloration lipophile fonctionnent à la fois sur les sections de tissus fixes et non fixées par PFA, les gouttelettes lipidiques sont facilement déplacées en appliquant une pression sur le couvercle, déformant ainsi la distribution spatiale de la graisse intramusculaire. Pour contourner ce problème, une étude récente a établi un protocole rigoureux pour visualiser les adipocytes ORO+ en utilisant une approche globale. Pour cela, les auteurs ont décellularisé l’AT pour visualiser la distribution spatiale de la graisse intramusculaire dans l’ensemble du TA41. Aussi puissante que soit cette technique, elle empêche également l’utilisation d’autres co-taches pour marquer des structures cellulaires supplémentaires. L’approche d’immunofluorescence globale présentée ici peut être utilisée pour co-colorer les adipocytes avec une variété de marqueurs permettant une cartographie fine de l’environnement cellulaire. Un défi majeur, cependant, est la pénétration tissulaire des anticorps. Plus les fibres sont maintenues ensemble, plus il sera difficile pour les anticorps de pénétrer et de lier également tous les antigènes disponibles. Ainsi, cette méthode est plus efficace lorsque l’on regarde de petits groupes de fibres. Dans le même temps, il s’agit également d’une limitation car l’emplacement anatomique global de la graisse intramusculaire est perdu en se concentrant uniquement sur de petits faisceaux de fibres décollées. Cependant, avec le développement actuel de nouvelles méthodes de nettoyage des tissus et de nouvelles technologies d’imagerie, une plus grande pénétration et visualisation des tissus sera possible à l’avenir 42,43,44.
Bien que la fixation préalable du tissu musculaire préserve la morphologie des adipocytes, il est également difficile d’évaluer la taille des myofibres, une mesure importante de la santé musculaire. La taille des myofibers est déterminée en mesurant la section transversale des myofibres. Nous avons déjà signalé qu’une fixation antérieure du tissu musculaire entraînera l’échec de la plupart des marqueurs disponibles pour décrire les myofibres31. Pour surmonter cet obstacle, nous avons développé un nouveau pipeline de segmentation d’image, qui permet de mesurer la taille du myofibre même dans les sections musculaires fixes31. Ainsi, nous avons établi un pipeline de traitement des tissus robuste et efficace qui, combiné à ce protocole, surmonte la plupart des inconvénients causés par la fixation préalable du tissu musculaire.
Un autre avantage majeur de cette approche est la polyvalence. En divisant l’AT en deux parties, la quantité d’informations pouvant être obtenues à partir d’un muscle est maximisée. Cela réduit non seulement le nombre d’animaux, mais ajoute également une couche supplémentaire de contrôle en confirmant l’histologie par l’expression des gènes et vice versa. En outre, de nombreux gènes différents peuvent être examinés au-delà des gènes adipogéniques. L’ARN isolé peut également être utilisé pour une expérience RNAseq musculaire entière. Enfin, le morceau musculaire surgelé peut également être utilisé pour le travail des protéines. L’une des limites de ce protocole est la possibilité que la blessure ne soit pas uniforme sur toute la longueur de l’AT. Cela pourrait conduire à un scénario où les deux parties musculaires divergent dans la quantité de graisse intramusculaire qu’elles contiennent et peut justifier l’exclusion d’un tel échantillon de toute analyse en aval. Il est donc recommandé de ne pas simplement s’appuyer sur la RT-qPCR pour tirer des conclusions majeures sur la quantité de graisse intramusculaire, mais plutôt comme données de soutien aux quantifications histologiques.
Ensemble, ce protocole décrit un pipeline de traitement tissulaire robuste, efficace et rigoureux qui permettra la visualisation et la quantification de la graisse intramusculaire, la première étape dans le développement de nouvelles options de traitement pour lutter contre la fibrose graisseuse. En même temps, il est polyvalent et peut être adapté à de nombreux types de cellules différentes dans le muscle ainsi que les adipocytes dans d’autres tissus.
Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.
Nous remercions les membres du laboratoire Kopinke d’avoir aidé à la collecte de données et à la lecture critique du manuscrit. Nous remercions également les membres de l’Institut de myologie de l’Université de Floride pour leur précieuse contribution au manuscrit. Le travail a été soutenu par la subvention NIH 1R01AR079449. La figure 2 a été créée avec Biorender.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
16% PFA (Pack of 12, 10 mL bottles) | Electron Miscroscopy Sciences | 15710 | |
2.0 mL Microcentrifuge Tubes | Fisher Scientific | 05-408-138 | microcentrifuge tubes for snapfreezing/bead beating |
2-Methylbutane (4 L) | Fisher Chemical | O3551-4 | isopentane |
Absolute Ethanol (200 proof) | ThermoFisher Scientific | BP2818100 | |
AffiniPure Fab fragment donkey anti-mouse | Jackson ImmunoResearch | 715-007-003 | mouse-on-mouse blocking |
Alexa Fluor 488 donkey anti-chicken secondary antibody | Jackson ImmunoResearch | 703-545-155 | |
Alexa Fluor 488 donkey anti-mouse secondary antibody | Invitrogen | A21202 | |
Alexa Fluor 488 donkey anti-rabbit secondary antibody | Invitrogen | A21206 | |
Alexa Fluor 568 donkey anti-goat secondary antibody | Invitrogen | A11057 | |
Alexa Fluor 568 donkey anti-rabbit secondary antibody | Invitrogen | A11037 | |
Alexa Fluor 568 Phalloidin antibody | Invitrogen | A12380 | Dissolved in 1.5 mL methanol (~66 µM working solution) |
BioLite 24-well Multidishes | ThermoFisher Scientific | 930186 | 24 well plate for PFA tissue incubation |
Biometra TOne | analytikjena | 8462070301 | Thermal cycler |
Chicken anti-GFP antibody | Aves Labs | GFP-1020 | |
Chloroform/isoamyl alcohol 24:1(v/v) for molecular biology, DNAse, RNAse, and Protease free | ThermoFisher Scientific | AC327155000 | |
Corn oil | Sigma Aldrich | C8267 | |
DAPI stain | Invitrogen | D1306 | 150 µM working solution in dH2O |
Donkey Serum (100 mL) | Millipore Sigma | 5058837 | for blocking solution |
Dumont #5 Forceps | Fine Science Tools | 11251-20 | sharp-tipped tweezers |
Fine Scissors Straight 9 cm | Fine Science Tools | 14060-09 | |
Fluoromount-G | SouthernBiotech | 0100-01 | mounting medium |
Glycerol, 99.5%, for molecular biology (500 mL) | Acros Organics | 327255000 | |
Goat anti-PDGFRα antibody | R&D | AF1062 | |
Hybridization Oven | VWR | 230301V | for Tamoxifen incubation |
ImmEdge Hydrophobic Barrier PAP Pen | Vector Laboratories | H-4000 | hydrophobic pen |
Insulin Syringe with Micro-Fine IV needle (28 G) | BD | 329461 | |
Insulin Syringe with Slip Tip, 1 mL | BD | 329654 | Insulin syringe without needle, for oral gavaging |
iScript cDNA Synthesis Kit | Bio-Rad | 1708890 | |
Isoflurane | Patterson Veterinary | 78938441 | |
Leica DMi8 inverted microscope | Leica | micrscope used for widefield IF and confocal imaging | |
Micro Slides | VWR | 48311-703 | positively charged microscope slides |
mouse anti-MYOD antibody | Invitrogen | MA1-41017 | |
mouse anti-PAX7 antibody (supernatant) | DSHB | AB 428528 | |
MX35 Premier+ Microtome blades | ThermoFisher Scientific | 3052835 | microtome blades |
NanoDrop 2000 Spectrophotometer | ThermoFisher Scientific | ND2000 | spectrophotometer for RNA yield |
Play-Doh | Hasbro | modeling compound | |
PowerUp SYBR Green Master Mix | ThermoFisher Scientific | A25742 | green dye PCR master mix |
Puralube Vet Ointment | Puralube | 17033-211-38 | vet ophthalmic ointment |
QuantStudi 6 Flex Real-Time 384-well PCR System | Applied Biosystems | 4485694 | qPCR machine |
Rabbit anti-perilipin antibody | Cell Signaling Technology | 9349S | |
Red-Rotor Shaker | Hoefer Scientific | PR70-115V | shaker for IF staining |
Richard-Allan Scientific Slip-Rite Cover Glass | ThermoFisher Scientific | 152460 | coverslips |
RNeasy Mini Kit | QIAGEN | 74106 | contains mini spin columns |
Safe-Lock Tubes 1.5 ml, natural | Eppendorf | 22363204 | |
Sample Tubes RB (2 mL) | QIAGEN | 990381 | |
Sodium azide | Alfa Aesar | 14314 | |
Stainless Steel Beads, 2.8 mm | Precellys | KT03961-1-101.BK | small beads |
Stainless Steel Beads, 5 mm | QIAGEN | 69989 | medium beads |
Stainless Steel Beads, 7 mm | QIAGEN | 69990 | large beads |
Stainless Steel Disposable Scalpels | Miltex | 327-4102 | scalpel |
Stainless steel feeding tube, 20 G x 38 mm, straight | Instech Laboratories | FTSS-20S-3 | gavage needle |
Tamoxifen | Toronto Research Chemicals | T006000 | |
Tissue Plus O.C.T. Compound | Fisher HealthCare | 4585 | embedding medium |
TissueLyser LT | QIAGEN | 85600 | bead beater |
TissueLyser LT Adapter, 12-Tube | QIAGEN | 69980 | |
Tissue-Tek Cryomold | Sakura | 4566 | specimen molds |
Triton X-100 | Alfa Aesar | A16046 | |
TRIzol Reagent | ThermoFisher Scientific | 15596026 | guanidium thiocyanate |
Tween20 (500 mL) | Fisher BioReagents | BP337-500 | |
VWR Micro Slides - Superfrost Plus | VWR | 48311703 | |
Wheaton Coplin staining jars | Millipore Sigma | S6016 | Coplin jar |
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