La sostituzione del tessuto muscolare sano con grasso intramuscolare è una caratteristica importante delle malattie e delle condizioni umane. Questo protocollo delinea come visualizzare, visualizzare e quantificare il grasso intramuscolare, consentendo lo studio rigoroso dei meccanismi alla base della formazione di grasso intramuscolare.
I progenitori fibro-adipogeni (FAP) sono cellule stromali mesenchimali che svolgono un ruolo cruciale durante l'omeostasi e la rigenerazione del muscolo scheletrico. I FAP costruiscono e mantengono la matrice extracellulare che agisce come un'impalcatura di miofibra molecolare. Inoltre, i FAP sono indispensabili per la rigenerazione della miofibra in quanto secernono una moltitudine di fattori benefici percepiti dalle cellule staminali muscolari (MuSC). Negli stati malati, tuttavia, i FAP sono l'origine cellulare del grasso intramuscolare e del tessuto cicatriziale fibrotico. Questa fibrosi grassa è un segno distintivo della sarcopenia e delle malattie neuromuscolari, come la distrofia muscolare di Duchenne. Una barriera significativa nel determinare perché e come i FAP si differenziano in grasso intramuscolare è la conservazione efficace e la successiva visualizzazione degli adipociti, specialmente nelle sezioni di tessuto congelato. I metodi convenzionali di elaborazione del tessuto muscolare scheletrico, come il congelamento a scatto, non preservano adeguatamente la morfologia dei singoli adipociti, impedendo così una visualizzazione e una quantificazione accurate. Per superare questo ostacolo, è stato sviluppato un protocollo rigoroso che preserva la morfologia degli adipociti nelle sezioni del muscolo scheletrico consentendo la visualizzazione, l'imaging e la quantificazione del grasso intramuscolare. Il protocollo delinea anche come elaborare una porzione di tessuto muscolare per RT-qPCR, consentendo agli utenti di confermare i cambiamenti osservati nella formazione di grasso visualizzando le differenze nell'espressione dei geni adipogenici. Inoltre, può essere adattato per visualizzare gli adipociti mediante immunofluorescenza a monte intero di campioni muscolari. Infine, questo protocollo delinea come eseguire il tracciamento genetico del lignaggio dei FAP che esprimono Pdgfrα per studiare la conversione adipogenica dei FAP. Questo protocollo produce costantemente immagini immunofluorescenti ad alta risoluzione e morfologicamente accurate degli adipociti, insieme alla conferma da parte di RT-qPCR, consentendo una visualizzazione e una quantificazione robuste, rigorose e riproducibili del grasso intramuscolare. Insieme, la pipeline di analisi qui descritta è il primo passo per migliorare la nostra comprensione di come i FA si differenziano in grasso intramuscolare e fornisce un quadro per convalidare nuovi interventi per prevenire la formazione di grasso.
L'infiltrazione di tessuto muscolare sano con fibrosi grassa è una caratteristica importante della distrofia muscolare di Duchenne (DMD) e di altre malattie neuromuscolari, nonché sarcopenia, obesità e diabete 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10 . Sebbene l'aumento dell'infiltrazione di grasso in queste condizioni sia fortemente associato a una diminuzione della funzione muscolare, la nostra conoscenza del perché e del come si forma il grasso intramuscolare è ancora limitata. Le FAP sono una popolazione di cellule stromali mesenchimali multipotenti presente nella maggior parte degli organi adulti, compreso il muscolo scheletrico11,12. Con l'età e nelle malattie croniche, tuttavia, i FAP producono tessuto cicatriziale fibrotico e si differenziano in adipociti, che si trovano tra le singole miofibre e formano grasso intramuscolare 13,14,15,16,17,18,19,20.
Per iniziare a combattere la formazione di grasso intramuscolare, è necessario definire i meccanismi di come i FAP si trasformano in adipociti. PDGFRα è il marcatore "gold standard" sul campo per identificare i FAP all'interno del muscolo di più specie 13,16,17,18,20,21,22,23,24,25,26,27. Di conseguenza, sono state generate diverse linee Cre murine inducibili dal tamoxifene, sotto il controllo del promotore Pdgfrα, consentendo di manipolare geneticamente i FAP in vivo utilizzando il sistema Cre-LoxP 27,28,29. Ad esempio, combinando questa linea Cre inducibile con un reporter genetico, è possibile eseguire il tracciamento del lignaggio dei FAP, una strategia che abbiamo applicato con successo ai FAP della mappa del destino nei muscoli e nel tessuto adiposo bianco20,30. Oltre al tracciamento del lignaggio, queste linee Cre forniscono strumenti preziosi per studiare la conversione FAP-grasso.
Uno dei principali ostacoli nella definizione del meccanismo di conversione adipogenica dei FAP in grasso intramuscolare è la capacità di quantificare in modo rigoroso e riproducibile la quantità di grasso intramuscolare che si è formata in condizioni diverse. La chiave è bilanciare la conservazione del tessuto muscolare e adiposo e abbinarlo ai metodi di colorazione disponibili per visualizzare gli adipociti. Ad esempio, il muscolo scheletrico è spesso congelato senza fissazione preventiva, preservando le miofibre ma interrompendo la morfologia degli adipociti (Figura 1). Al contrario, la fissazione seguita dall'incorporamento di paraffina, mentre mostra la migliore istologia tissutale, compresi gli adipociti, rimuove tutti i lipidi, rendendo così inutilizzabili la maggior parte dei coloranti lipofili, come il colorante comunemente usato Oil Red O.
Figura 1: Immagini rappresentative del grasso intramuscolare nei tessuti muscolari congelati rispetto a quelli fissi. (A) Panoramica schematica della configurazione sperimentale. Immagini immunofluorescenti che mostrano adipociti (gialli), miofibre (grigio) e nuclei (ciano) all'interno di entrambi (B) snap-frozen e (C) fissi TA a 21 giorni dopo la lesione del glicerolo. Barre di scala: 50 μm. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Il protocollo qui descritto preserva la morfologia della miofibra e degli adipociti e consente la visualizzazione e l'analisi di più tipi di cellule. Questo approccio si basa sulla colorazione immunofluorescenza degli adipociti nel tessuto muscolare fissato alla paraformaldeide (PFA), che consente la co-colorazione con anticorpi multipli. Può anche essere facilmente adattato per visualizzare spazialmente il grasso intramuscolare nel tessuto intatto utilizzando l'imaging a montaggio intero, fornendo così informazioni sul microambiente cellulare del grasso all'interno del muscolo. Inoltre, questo protocollo può essere combinato con il nostro approccio recentemente pubblicato per determinare l'area della sezione trasversale delle miofibre nei tessuti muscolari fissi31, una misura importante per valutare la salute muscolare. La combinazione di questo approccio con il tracciamento del lignaggio genetico per mappare il destino, la differenziazione dei FAP in adipociti è anche delineata qui. Pertanto, il protocollo versatile qui descritto consente una valutazione rigorosa e riproducibile dei FAP e della loro differenziazione in grasso intramuscolare in sezioni tissutali e tessuti intatti.
Figura 2: Cenni preliminari sul protocollo schematico. Panoramica schematica dell'elaborazione tissutale in cui un terzo del TA viene rimosso, congelato a scatto e omogeneizzato per il successivo isolamento dell'RNA e l'analisi della trascrizione tramite RT-qPCR. Gli altri due terzi del TA sono fissati con PFA ed elaborati per l'immunocolorazione su sezioni congelate o fibre a montaggio intero. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Tutti i protocolli sugli animali sono stati approvati dall'Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) dell'Università della Florida.
1. Tracciamento del lignaggio genetico dei FAP
NOTA: se il tracciamento del lignaggio genetico dei FAP non è desiderato, il passaggio 1 può essere saltato.
2. Lesione del muscolo tibiale anteriore (TA)
NOTA: Per studiare il grasso intramuscolare, si consiglia di utilizzare un modello di lesione a base di glicerolo (50% di glicerolo in soluzione salina sterile), che si traduce in una massiccia formazione di grasso intramuscolare 34,35,36,37.
3. Raccolta dei tessuti
Figura 3: Riepilogo della raccolta dei tessuti. (A) La pelle viene tagliata alla base della gamba e (B) i muscoli degli arti posteriori sono esposti. (C) Una volta che l'epimisio viene rimosso dall'AT, (D) le pinze vengono utilizzate per separare parzialmente il muscolo e garantire che l'epimisio sia stato rimosso completamente. (E) L'AT viene tagliato dalla gamba con un bisturi e rimosso dopo aver tagliato il tendine. (G) Dopo aver tagliato l'AT in un terzo e due terzi, (H) un terzo viene congelato a scatto in azoto liquido per l'analisi RT-qPCR e (I) l'altro due terzi è fissato al 4% di PFA per l'istologia. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
4. Incorporamento
5. Sezionamento
6. Colorazione immunofluorescente (IF) di sezioni tissutali
NOTA: poiché le concentrazioni di anticorpi possono variare tra lotti e produttori, si consiglia l'ottimizzazione valutando diverse concentrazioni di anticorpi sui vetrini di prova prima di colorare i vetrini di interesse.
7. Colorazione immunofluorescente a tutto monte
8. Imaging del grasso intramuscolare
9. Quantificazione degli adipociti
10. Analisi dell'espressione genica adipogena mediante RT-qPCR
Visualizzazione immunofluorescente del grasso intramuscolare
Seguendo i passaggi precedenti e visualizzando la Figura 1A, le sezioni di tessuto TA sono state raccolte da una lesione post-glicerolo di 21 giorni che sono state congelate immediatamente dopo la raccolta in isoptano raffreddato con LN2 o sono state fissate in PFA al 4% per 2,5 ore. Dopo aver criosezionato e macchiato entrambi i campioni, le immagini sono state scattate a metà pancia, la più grande area del TA. Gli adipociti perilipina+ dei TA non fissi (Figura 1B) hanno alterato significativamente la morfologia rispetto alle sezioni fisse (Figura 1C), rendendo la loro identificazione, visualizzazione e successiva quantificazione molto più difficile e potenzialmente imprecisa. Da notare, le prime goccioline lipidiche di PERILIPIN+ sono state rilevate circa 5 giorni dopo l'infortunio, con la maggior parte degli adipociti che si sono formati entro il giorno 7. Entro 21 giorni dopo l'infortunio, gli adipociti erano completamente maturi.
Poiché la quantità di grasso per TA è fortemente correlata alla gravità della lesione indotta, i TA devono essere danneggiati in modo significativo per osservare e studiare efficacemente la formazione di grasso intramuscolare. Praticare iniezioni usando l'inchiostro nei TA cadavere è un ottimo modo per migliorare la gravità delle lesioni. Le lesioni di successo tendono ad essere superiori al 50% del muscolo. Da notare, le aree ferite del muscolo rappresentano aree prive di fibre muscolari o aree popolate da fibre muscolari che contengono almeno un nucleo situato in posizione centrale, un noto segno distintivo di una fibra muscolare rigenerante.
Questo protocollo può essere facilmente adattato per macchiare PER FAP e grasso in 3D. Per questo, le miofibre multiple della post-fissazione TA sono state accuratamente separate, seguite da immunofluorescenza a montaggio intero. La chiave è fissare correttamente le fibre al vetrino e, allo stesso tempo, evitare una sovracompressione del tessuto. Utilizzando piedini in argilla modellabili, l'utente può regolare lo spessore richiesto e fissare il coperchio al vetrino, consentendo anche l'uso di un microscopio invertito (Figura 4A). Questo metodo è stato utilizzato con successo per etichettare i FAP PDGFRα+ , le miofibre di falloidina+ e gli adipociti che esprimono PERILIPINa (Figura 4B, Video supplementare 1 e Video supplementare 2). Dopo aver ottenuto immagini su più piani z che si estendono fino a 150 μm di spessore, il modulo di rendering 3D all'interno del software del microscopio è stato utilizzato per creare una ricostruzione 3D.
Figura 4: Colorazione immunofluorescente a montaggio intero. (A) Vista superiore e laterale su come montare il campione e aggiungere coverslip per la colorazione a montaggio intero. (B) Ricostruzioni 3D rappresentative di FAP (verde; sinistra) e adipociti (rosso; destra) insieme a miofibre (grigio) e nuclei (blu). Barre di scala: 50 μm. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Quantificazione del grasso intramuscolare
Una volta che sono state prese immagini di grasso intramuscolare, la funzione Cell Counter in ImageJ/FIJI è stata utilizzata per contare manualmente il numero di adipociti PERLIPIN+ (Figura 5A). Successivamente, è stata determinata l'area totale della sezione muscolare e l'area lesa, definita da nuclei situati centralmente all'interno delle miofibre. Per controllare la gravità della lesione, il numero totale di adipociti è stato diviso per l'area lesa con conseguente numero di cellule adipose per 1 mm2 di muscolo ferito. Di solito, i TA che mostrano <30% di danno sono esclusi dalle quantificazioni. Da notare, sebbene gli adipociti siano rari senza lesioni, che vanno da zero a otto per area della sezione trasversale, il numero totale di adipociti è ancora normalizzato dall'area totale. Come evidenziato nella Figura 5B, una lesione del glicerolo provoca enormi quantità di grasso intramuscolare rispetto a un muscolo TA non ferito. In alternativa, poiché la colorazione della perilipina è molto pulita con un elevato rapporto segnale-rumore, è anche possibile utilizzare la funzione Analizza particella per determinare l'area totale occupata dalla perilipina. Tuttavia, questo metodo non sarà in grado di distinguere tra adipociti più piccoli e meno adipociti. Sono state fotografate e quantificate fino a tre sezioni di un minimo di quattro singoli animali ed è stato riportato il numero medio di cellule adipose presenti per topo.
Figura 5: Quantificazioni del grasso intramuscolare. (A) Immagine rappresentativa di come contare gli adipociti PERILIPIN+ (bianco) utilizzando la funzione Cell Counter in ImageJ. Barra di scala: 50 μm. (B) Quantificazioni di adipociti TA interi 21 giorni dopo l'iniezione di glicerolo normalizzate a 1 mm2 dell'area lesa. Ogni punto rappresenta la media di un mouse. Barre di errore visualizzate come SEM. **** = p < 0,0001. (C) Lo strato di RNA dopo l'omogeneizzazione e la successiva separazione di fase mediante cloroformio viene utilizzato per l'analisi RT-qPCR. (D) Cambiamenti di piega nei livelli di espressione di Pparg e Cepbα, geni adipogenici precoci, e Plin1 e Adipoq, due marcatori adipocitari maturi, in diversi punti temporali dopo la lesione del glicerolo. Ogni punto rappresenta la media di un mouse. Barre di errore visualizzate come SEM. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Per confermare in modo indipendente la quantità di grasso intramuscolare presente, è possibile determinare i livelli di espressione genica di vari marcatori adipogenici. Per questo, l'RNA può essere isolato da una porzione dello stesso muscolo TA utilizzato per l'immunofluorescenza (vedi passaggi sopra) in diversi punti post-lesione. Un battitore di perline è stato usato in combinazione con guanidio tiocianato per omogeneizzare il tessuto. Dopo aver aggiunto il cloroformio seguito dalla centrifugazione, lo strato superiore contenente RNA è stato accuratamente estratto e le mini colonne di spin sono state utilizzate per la pulizia dell'RNA (Figura 5C). Questo metodo produce abitualmente alta qualità e quantità di RNA adatto a tutte le analisi a valle come RT-qPCR e RNAseq. Per RT-qPCR, sono stati determinati i livelli di espressione relativa dei geni adipogenici rispetto a quelli di housekeeping e qualsiasi cambiamento relativo è stato valutato seguendo il metodo ΔΔCT38. Come descritto nella Figura 5D, rispetto al muscolo TA non ferito, la lesione del glicerolo induce l'espressione di marcatori adipogenici precoci come Pparg e Cebpα non appena 3 giorni dopo l'infortunio. I marcatori maturi, come l'adiponectina (Adipoq) e la perilipina (Plin1), possono essere rilevati già 5 giorni dopo la lesione del glicerolo.
Tracciatura genetica del lignaggio degli adipociti
Il protocollo di colorazione degli adipociti qui presentato può essere facilmente adattato per includere il tracciamento genetico del lignaggio dei FAP per mappare e seguire il loro destino negli adipociti. Ad esempio, abbiamo precedentemente dimostrato che la ricombinazione potrebbe essere indotta tramite la somministrazione di tamoxifene in PdgfrαCreERT2; I topi Rosa26EYFP 2 settimane prima della lesione, rimuovendo efficacemente la codifica di arresto floxed e attivando in modo indelebile l'espressione di EYFP nei FAP (Figura 6A). Abbiamo raggiunto elevate efficienze di ricombinazione con il regime di tamoxifene qui presentato, con ~ 75% di PDGFRα + FAP che esprimono EYFP20, simile a quello che altri laboratori hanno riportato 27,39,40. Dimostrando che i FAP sono effettivamente l'origine cellulare del grasso intramuscolare, la maggior parte dei FAP si è trasformata in adipociti che esprimono EYFP + PERILIPIN 7 giorni dopo il danno al glicerolo (Figura 6B).
Figura 6: Tracciamento del lignaggio dei FAP. (A) Panoramica schematica della configurazione sperimentale. (B) Immagini immunofluorescenti rappresentative che mostrano il successo della ricombinazione e dell'attivazione di EYFP (giallo) all'interno di PDGFRα+ FAPs (rosso, punte di freccia) e adipociti PERILIPIN+ (rosso, asterischi). Barre di scala: 25 μm. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Rilevamento di più tipi di cellule
Questo protocollo può anche essere utilizzato per visualizzare il compartimento miogenico. Utilizzando anticorpi contro PAX7 e MYOD1, le cellule staminali muscolari (MuSC) e i mioblasti, rispettivamente, possono essere prontamente rilevati 5 giorni dopo la lesione del glicerolo anche nella sezione del tessuto muscolare fissato con PFA (Figura 7). Pertanto, il protocollo presentato è versatile e adattabile non solo agli adipociti e ai FAP di etichetta e immagine, ma anche ad altri tipi di cellule del lignaggio miogenico.
Figura 7: Colorazione immunofluorescente delle cellule staminali muscolari e dei mioblasti. (A) Panoramica schematica dell'impostazione sperimentale. (B) Immagini immunofluorescenti rappresentative che mostrano una colorazione riuscita delle cellule staminali muscolari (MuSC) (giallo, a sinistra) con PAX7 e mioblasti (giallo, a destra) con MYOD1. LAMININ delinea le miofibre (bianche) e i nuclei sono in ciano. Barre di scala: 50 μm. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Video supplementare 1: rendering 3D dei FAP. Ricostruzione tridimensionale di miofibre, FAP e nuclei colorati per PHALLOIDIN (grigio), PDGFRα (verde) e DAPI (blu), rispettivamente, 21 giorni dopo la lesione. Clicca qui per scaricare questo video.
Video supplementare 2: rendering 3D del grasso intramuscolare. Rendering volumetrico di fasci di miofibre (grigio, PHALLOIDIN) e grasso intramuscolare (rosso, PERILIPIN), che ha sostituito una miofibra 21 giorni dopo la lesione del glicerolo. Clicca qui per scaricare questo video.
Questo protocollo delinea un protocollo esteso e dettagliato che consente una visualizzazione efficiente e una quantificazione rigorosa del grasso intramuscolare. Dividendo lo stesso muscolo in due parti, una utilizzata per l'immunofluorescenza e l'altra per l'analisi RT-qPCR, questo protocollo è anche molto versatile. Può anche essere combinato con il tracciamento genetico del lignaggio dei FAP per studiare la loro conversione in adipociti in determinate condizioni ed è altamente adattabile per etichettare e visualizzare più tipi di cellule aggiuntive.
I modi più comunemente usati per visualizzare il grasso intramuscolare sono sezioni di paraffina seguite da colorazione di ematossilina ed eosina o sezioni congelate colorate per coloranti lipofili come Oil Red O (ORO). Tuttavia, mentre i tessuti trattati con paraffina mantengono la migliore istologia, lo stesso processo estrae anche tutti i lipidi impedendo l'uso di coloranti lipofili. Sebbene i metodi di colorazione lipofila funzionino sia su sezioni di tessuto fisse che non fisse di PFA, le goccioline lipidiche sono facilmente spostabili applicando pressione al coverslip, distorcendo così la distribuzione spaziale del grasso intramuscolare. Per aggirare questo problema, un recente studio ha stabilito un protocollo rigoroso per visualizzare gli adipociti ORO + utilizzando un approccio a montaggio intero. Per questo, gli autori hanno decellularizzato il TA per visualizzare la distribuzione spaziale del grasso intramuscolare in tutto il TA41. Per quanto potente sia questa tecnica, impedisce anche l'uso di altre co-macchie per contrassegnare ulteriori strutture cellulari. L'intero approccio di immunofluorescenza del monte qui presentato può essere utilizzato per co-macchiare gli adipociti con una varietà di marcatori che consentono una mappatura fine dell'ambiente cellulare. Una delle principali sfide, tuttavia, è la penetrazione tissutale degli anticorpi. Più fibre sono tenute insieme, più difficile sarà per gli anticorpi penetrare e legare equamente tutti gli antigeni disponibili. Pertanto, questo metodo è più efficace quando si guardano piccoli gruppi di fibre. Allo stesso tempo, questa è anche una limitazione in quanto la posizione anatomica complessiva del grasso intramuscolare viene persa quando ci si concentra solo su piccoli fasci di fibre staccati. Tuttavia, con l'attuale sviluppo di nuovi metodi di compensazione dei tessuti e nuove tecnologie di imaging, in futuro sarà possibile una maggiore penetrazione e visualizzazione dei tessuti 42,43,44.
Mentre la fissazione preventiva del tessuto muscolare preserva la morfologia degli adipociti, crea anche una sfida per valutare le dimensioni delle miofibre, un'importante misura della salute muscolare. La dimensione della miofibra viene determinata misurando l'area della sezione trasversale delle miofibre. Abbiamo precedentemente riferito che la precedente fissazione del tessuto muscolare farà sì che la maggior parte dei marcatori disponibili per delineare le miofibre fallisca31. Per superare questo ostacolo, abbiamo sviluppato una nuova pipeline di segmentazione delle immagini, che consente la misurazione delle dimensioni della miofibra anche nelle sezioni muscolari fisse31. Pertanto, abbiamo stabilito una pipeline di lavorazione dei tessuti robusta ed efficiente che, combinata con questo protocollo, supera la maggior parte degli svantaggi causati dalla precedente fissazione del tessuto muscolare.
Un altro grande vantaggio di questo approccio è la versatilità. Dividendo il TA in due parti, la quantità di informazioni che possono essere ottenute da un muscolo viene massimizzata. Questo non solo riduce il numero di animali, ma aggiunge anche un ulteriore livello di controllo confermando l'istologia attraverso l'espressione genica e viceversa. Inoltre, molti geni diversi possono essere esaminati oltre i geni adipogenici. L'RNA isolato può anche essere utilizzato per un esperimento di RNAseq a muscolo intero. Infine, il pezzo muscolare congelato a scatto può essere utilizzato anche per il lavoro proteico. Una limitazione di questo protocollo è la possibilità che la lesione non sia coerente per l'intera lunghezza dell'AT. Ciò potrebbe portare a uno scenario in cui le due parti muscolari divergono nella quantità di grasso intramuscolare che contengono e può giustificare l'esclusione di tale campione da qualsiasi analisi a valle. Si raccomanda, pertanto, di non fare semplicemente affidamento sulla RT-qPCR per trarre conclusioni importanti sulla quantità di grasso intramuscolare, ma piuttosto come dati di supporto alle quantificazioni istologiche.
Insieme, questo protocollo delinea una pipeline di elaborazione dei tessuti robusta, efficiente e rigorosa che consentirà la visualizzazione e la quantificazione del grasso intramuscolare, il primo passo nello sviluppo di nuove opzioni di trattamento per combattere la fibrosi grassa. Allo stesso tempo, è versatile e può essere adattato a molti diversi tipi di cellule all'interno del muscolo e agli adipociti in altri tessuti.
Gli autori non dichiarano interessi concorrenti.
Ringraziamo i membri del laboratorio Kopinke per aver aiutato con la raccolta dei dati e la lettura critica del manoscritto. Ringraziamo anche i membri dell'Istituto di Teologia dell'Università della Florida per il loro prezioso contributo al manoscritto. Il lavoro è stato supportato dalla sovvenzione NIH 1R01AR079449. La Figura 2 è stata creata con Biorender.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
16% PFA (Pack of 12, 10 mL bottles) | Electron Miscroscopy Sciences | 15710 | |
2.0 mL Microcentrifuge Tubes | Fisher Scientific | 05-408-138 | microcentrifuge tubes for snapfreezing/bead beating |
2-Methylbutane (4 L) | Fisher Chemical | O3551-4 | isopentane |
Absolute Ethanol (200 proof) | ThermoFisher Scientific | BP2818100 | |
AffiniPure Fab fragment donkey anti-mouse | Jackson ImmunoResearch | 715-007-003 | mouse-on-mouse blocking |
Alexa Fluor 488 donkey anti-chicken secondary antibody | Jackson ImmunoResearch | 703-545-155 | |
Alexa Fluor 488 donkey anti-mouse secondary antibody | Invitrogen | A21202 | |
Alexa Fluor 488 donkey anti-rabbit secondary antibody | Invitrogen | A21206 | |
Alexa Fluor 568 donkey anti-goat secondary antibody | Invitrogen | A11057 | |
Alexa Fluor 568 donkey anti-rabbit secondary antibody | Invitrogen | A11037 | |
Alexa Fluor 568 Phalloidin antibody | Invitrogen | A12380 | Dissolved in 1.5 mL methanol (~66 µM working solution) |
BioLite 24-well Multidishes | ThermoFisher Scientific | 930186 | 24 well plate for PFA tissue incubation |
Biometra TOne | analytikjena | 8462070301 | Thermal cycler |
Chicken anti-GFP antibody | Aves Labs | GFP-1020 | |
Chloroform/isoamyl alcohol 24:1(v/v) for molecular biology, DNAse, RNAse, and Protease free | ThermoFisher Scientific | AC327155000 | |
Corn oil | Sigma Aldrich | C8267 | |
DAPI stain | Invitrogen | D1306 | 150 µM working solution in dH2O |
Donkey Serum (100 mL) | Millipore Sigma | 5058837 | for blocking solution |
Dumont #5 Forceps | Fine Science Tools | 11251-20 | sharp-tipped tweezers |
Fine Scissors Straight 9 cm | Fine Science Tools | 14060-09 | |
Fluoromount-G | SouthernBiotech | 0100-01 | mounting medium |
Glycerol, 99.5%, for molecular biology (500 mL) | Acros Organics | 327255000 | |
Goat anti-PDGFRα antibody | R&D | AF1062 | |
Hybridization Oven | VWR | 230301V | for Tamoxifen incubation |
ImmEdge Hydrophobic Barrier PAP Pen | Vector Laboratories | H-4000 | hydrophobic pen |
Insulin Syringe with Micro-Fine IV needle (28 G) | BD | 329461 | |
Insulin Syringe with Slip Tip, 1 mL | BD | 329654 | Insulin syringe without needle, for oral gavaging |
iScript cDNA Synthesis Kit | Bio-Rad | 1708890 | |
Isoflurane | Patterson Veterinary | 78938441 | |
Leica DMi8 inverted microscope | Leica | micrscope used for widefield IF and confocal imaging | |
Micro Slides | VWR | 48311-703 | positively charged microscope slides |
mouse anti-MYOD antibody | Invitrogen | MA1-41017 | |
mouse anti-PAX7 antibody (supernatant) | DSHB | AB 428528 | |
MX35 Premier+ Microtome blades | ThermoFisher Scientific | 3052835 | microtome blades |
NanoDrop 2000 Spectrophotometer | ThermoFisher Scientific | ND2000 | spectrophotometer for RNA yield |
Play-Doh | Hasbro | modeling compound | |
PowerUp SYBR Green Master Mix | ThermoFisher Scientific | A25742 | green dye PCR master mix |
Puralube Vet Ointment | Puralube | 17033-211-38 | vet ophthalmic ointment |
QuantStudi 6 Flex Real-Time 384-well PCR System | Applied Biosystems | 4485694 | qPCR machine |
Rabbit anti-perilipin antibody | Cell Signaling Technology | 9349S | |
Red-Rotor Shaker | Hoefer Scientific | PR70-115V | shaker for IF staining |
Richard-Allan Scientific Slip-Rite Cover Glass | ThermoFisher Scientific | 152460 | coverslips |
RNeasy Mini Kit | QIAGEN | 74106 | contains mini spin columns |
Safe-Lock Tubes 1.5 ml, natural | Eppendorf | 22363204 | |
Sample Tubes RB (2 mL) | QIAGEN | 990381 | |
Sodium azide | Alfa Aesar | 14314 | |
Stainless Steel Beads, 2.8 mm | Precellys | KT03961-1-101.BK | small beads |
Stainless Steel Beads, 5 mm | QIAGEN | 69989 | medium beads |
Stainless Steel Beads, 7 mm | QIAGEN | 69990 | large beads |
Stainless Steel Disposable Scalpels | Miltex | 327-4102 | scalpel |
Stainless steel feeding tube, 20 G x 38 mm, straight | Instech Laboratories | FTSS-20S-3 | gavage needle |
Tamoxifen | Toronto Research Chemicals | T006000 | |
Tissue Plus O.C.T. Compound | Fisher HealthCare | 4585 | embedding medium |
TissueLyser LT | QIAGEN | 85600 | bead beater |
TissueLyser LT Adapter, 12-Tube | QIAGEN | 69980 | |
Tissue-Tek Cryomold | Sakura | 4566 | specimen molds |
Triton X-100 | Alfa Aesar | A16046 | |
TRIzol Reagent | ThermoFisher Scientific | 15596026 | guanidium thiocyanate |
Tween20 (500 mL) | Fisher BioReagents | BP337-500 | |
VWR Micro Slides - Superfrost Plus | VWR | 48311703 | |
Wheaton Coplin staining jars | Millipore Sigma | S6016 | Coplin jar |
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