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要約

EUCASTは、自動血液培養のための直接抗菌剤感受性試験(AST)プロトコルを開発しました。しかし、質量分析に基づく微生物同定への依存は、自動微生物同定システムにおける直接接種調製プロトコルを使用することで回避することができます。このアプローチでは、サンプル収集から24時間以内にASTレポートを提供できます。

要約

グラム陰性(GN)敗血症は、リソースが限られている環境での管理が従来の微生物学的培養技術に依存している医療緊急事態であり、3〜4日で結果が得られます。このターンアラウンドタイム(TAT)の遅延を認識して、EUCASTとCLSIは、陽性フラグが立てられた自動血液培養ボトル(+aBC)から直接AST結果を決定するためのプロトコルを開発しました。EUCAST rapid AST (RAST) プロトコルは 2018 年に初めて導入され、GN 敗血症の 4 つの一般的な病因、すなわち大 腸菌、肺炎桿菌、緑膿菌、および アシネトバクター バウマニー 複合体のゾーン直径ブレークポイントを報告できます。しかし、この方法を日常的なワークフローに導入している臨床検査室は、質量分析法に基づく微生物同定に依存しており、これは容易に入手できないため、リソースが限られている環境でのこの分析法の導入は困難です。これを回避するために、市販の自動微生物同定および抗菌剤感受性試験システム(aMIAST)を使用して直接接種プロトコル(DIP)を評価し、aBCの陽性フラグから8時間以内の早期微生物同定を可能にしました。2023年1月から10月にかけてこのプロトコルを評価し、陽性フラグが立てられたaBCの4つのRAST報告可能GN(RR-GN)を特定しました。DIPにおける微生物同定結果を、aMIASTの標準的な接種物調製プロトコル(SIP)と比較した。単型GN(+naBC)を持つ204の+aBCのうち、4つのRR-GNのうちの1つがSIPによって105の+naBCで同定されました(大腸菌: 50、 K.pneumoniae: 20、 P.aeruginosa: 9 、A.baumannii 複合体:26)。これらのうち、94%(98/105)がDIPによって正しく識別されましたが、メジャーエラー率と非常にメジャーエラー率はそれぞれ6%(7/105)と1.7%(4/240)でした。EUCAST RAST法を使用して微生物同定のためのDIPを行うと、サンプルを受け取ってから24時間以内に暫定的な臨床レポートを提供できます。このアプローチは、TATを大幅に減少させる可能性を秘めており、適切な抗菌療法を早期に開始することを可能にします。

概要

敗血症は、重要な世界的な健康問題であり、感染に対する宿主の反応の調節不全による生命を脅かす臓器機能障害と定義されています。「Global Burden of Diseases Study」によると、2017年の世界の敗血症症例数は4,890万人、敗血症関連死者数は1,100万人で、これは全世界の死亡者数の約20%を占めています1。死亡を引き起こす血流感染症(BSI)の約2/ 3は、グラム陰性細菌性病原体によるものです2。グラム陰性菌(GN)の死亡原因としては、 大腸菌、 肺炎桿菌、 緑膿菌、ア シネトバクター・バウマニーが主な原因で、33種類の細菌性病原体のうち約40%を占めています2。

血液培養は依然としてBSIの診断のゴールドスタンダードであり、抗菌薬感受性試験(AST)の結果とともに微生物を迅速に同定することが管理の鍵となります。敗血症3では、適切な抗菌薬の投与が1時間遅れるごとに、死亡率が9%増加すると推定されています。AST結果を含む微生物学的に陽性の血液培養報告のターンアラウンドタイム(TAT)は、自動化されたシステムであっても、リソースが限られている環境で利用可能な微生物学的ツールを使用すると、約48〜72時間です。この標準以下のTATの結果として、広域スペクトルの抗菌薬が経験的に使用され、抗菌薬耐性(AMR)の問題が急増しています。敗血症の微生物学的培養技術のためのTATを削減するこの切実な必要性を認識して、EUCASTとCLSIは、陽性フラグが立てられた血液培養ボトル(+aBC)4,5から直接ASTを実行する方向に進んでいます。

2018年、EUCASTは、Kirby-Bauerディスク拡散法によるASTを短いインキュベーション時間、つまり4時間、6時間、8時間で+aBC 6,7から直接測定するための迅速AST(RAST)法を初めて導入しました。この方法は、BSIの8つの最も一般的な原因の1つであるグラム陰性菌のうち、大腸菌、肺炎桿菌、緑膿菌、A.バウマニー複合体、およびグラム陽性菌8のうち黄色ブドウ球菌、Enterococcus faecalis、E. faecium、 およびStreptococcus pneumoniaeを含む+aBCのASTを決定するために現在検証されています.さまざまな時間間隔でのAST測定のブレークポイントは、上記の微生物種ごとに提供されています。したがって、AST結果をカテゴリー別に解釈する前に、微生物の同定が必要です。ただし、RAST規格では、この時間枠内で微生物の同定を可能にする方法は指定されていません。

EUCAST RAST法を評価した研究の大部分は、微生物を同定するために、めっき培地上での短いインキュベーション後に質量分析に基づく微生物同定を使用していました9、10、11、12、13、14、15、16、17.しかし、質量分析装置は、特に低中所得国(LMIC)では広く利用できないため、この分析法の潜在的な有用性は大きく制限されています。質量分析を使用せずに、この方法をセンターで実施したことを報告した研究はほとんどありません18,19,20。Tayşi et al.18 は、AST 結果を解釈する前に、グラム染色形態とオキシダーゼ試験に基づいて、Enterobacterales、Pseudomonas、および Acinetobacter spp. の間で GN を広く分類したことを報告しました。このセンターの他の研究では、Guptaら19およびSiddiquiら20による、種レベルの微生物同定は、陽性フラグが立てられた血液ブロス混合物から細菌ペレットを調製し、従来の生化学的試験でそれを接種することによって行われました。Tayşi et al.18 は、彼らのアプローチによる微生物同定の正確さについてコメントしていませんが、Gupta et al.19 は、165/176 (94%) のケースでのアプローチにより、RAST 報告可能なグラム陰性 (RR-GN)、つまり、大腸菌、K. pneumoniae、P. aeruginosa、および A. baumannii のいずれかであると報告しましたコンプレックス。しかし、後者のアプローチでは、RAST結果の読み取りは、従来の生化学的結果の完全なインキュベーション後、すなわち接種後18-24時間後にのみ、8時間のゾーン直径のブレークポイントを使用して遡及的に行われ、報告の平均時間は約2日でした。

臨床報告のTATをさらに削減するために、aMIASTを使用して+aBCに存在するGNの早期同定を可能にする代替方法論を提案します。質量分析ベースの微生物同定システムが導入される前は、これらの自動同定システムは微生物同定の標準治療と考えられており、カセットに保存された小型の生化学試験で接種し、その結果を分離データベースと照合すると、試験細菌によって誘発される比色および/または蛍光の変化によって同定が可能になりました。これらのシステムでの識別までの平均時間は約4時間から8時間ですが、メーカーがそれぞれのIDカードを接種する前に微生物を一晩で増殖させることを推奨しているという事実によって制限されています。この要件により、レポート作成までの時間を短縮する際の有用性が大幅に制限されます。

これらの自動化システムを使用して+aBCから微生物を直接同定する方法を評価した研究はほとんどありません21、22、23、24、25、26、27。単形GNを含む+aBCの場合、大多数の研究で、陽性の血液とブロスの混合物から作られた細菌ペレットからの直接接種と標準的なコロニーインキュベーションとの間に優れた一致が示されました。しかし、グラム陽性の場合、一致率は最適ではありませんでした。+aBCsの平均陽性時間は8時間から16時間の間であり、GNの同定は自動微生物同定システムで~4時間から8時間かかるため、我々は、自動微生物同定に直接接種プロトコルを採用することにより、サンプル受領から24時間以内にRR-GNを有するGNを有する+aBCsの臨床報告を完了できると仮定しています。

研究のための設定
本研究は、2023年1月から10月にかけて、インド中部にある950床の学術的な国家重要三次医療機関(INI)の臨床細菌学研究室で実施されました。研究所には、持続血液培養モニタリングシステム(CBCMS)とaMIASTが装備されています。細菌学研究所は24時間体制で機能しており、陽性フラグが立てられた血液培養ボトル(+aBC)を処理し、報告するための技術者や微生物学者が利用できます。

ここで使用されている微生物の方法
この試験のワークフローを 図 1 に示します。単型GNs(+naBC)を示す+aBCは、対応するIDカードを直接接種して処理し、EUCAST RASTプロトコルを用いた同定とASTを可能にした。これらの結果は、+aBCsの標準治療(SoC)法、すなわち、羊の血液寒天培地(SBA)、チョコレート寒天培地(CA)、およびMacConkey寒天培地(MA)を介して従来のプレーテッド培地で継代培養し、16時間から24時間好気的にインキュベートした後、分離されたコロニーが現れたときにaMIASTによって識別およびASTカードを与える方法と比較されました。グラム陽性球菌、グラム陽性菌、出芽酵母細胞、および最初のグラム染色またはプレーティング培地で≥2種類の微生物を示す血液培養物は、研究から除外されました。

プロトコル

この研究は、AIIMSボパールがアユシュ・グプタ博士に与えた学内研究助成金によって資金提供され、機関人間倫理委員会(IHEC)の書簡番号:IHEC-LOP/2022/IL072によって承認されました。

注:Quesadaら25 およびMunoz-Davilaら27によって行われた研究に基づいて、5mlのサンプル容量を使用しました。

1. aMIASTを用いた細菌同定のための標準接種プロトコール(SIP)

  1. 清潔な手袋を着用し、クラスIIaバイオセーフティキャビネット(BSC)内で、70%イソプロピルアルコールを含む綿棒で+naBCの中隔を消毒します。
  2. 21Gの針が付いた滅菌シリンジを使用して、約1 mLの血液とブロスの混合物を引き出します。.
  3. 1 大滴の血液ブロス混合物を針から 1 滴、つまり SBA、CA、MA のめっき媒体の表面に分注します。プレートに線を引いて、インキュベーター内で培養プレートをインキュベーター内で37°C±2°C、好気性条件下で18〜24時間インキュベートします。
  4. インキュベーション後、BSCで単離されたコロニーがプレートに出現するかどうかを調べ、さらにaMIASTによる同定とASTに進みます。
  5. 各分離物について、aMIASTポリスチレンチューブをaMIASTチューブスタンドに置き、生理食塩水ボトルに取り付けられたディスペンサーを使用して3mLの滅菌生理食塩水を加えます。
  6. 形態学的に類似した3〜5個のコロニーを滅菌ストレート接種ワイヤーで触れ、細菌の接種物を最初のチューブに移します。
  7. 密度計を使用して、接種チューブ内の滅菌生理食塩水を使用して0.47〜0.63マクファーランドの濁度を調整します。
  8. グラム陰性aMIAST識別カードの毛細血管アタッチメントを最初のチューブに入れます。.
  9. 選択したカードをカセットの適切な位置に置きます。カセット内の接種物は準備ができており、充填セクションでaMIASTに到着します。
    注意:カードに接種する前の30分を超えてはなりません。
  10. カセットをフィラーチャンバー内の所定の位置にロードし、サンプルバーコードを内側に向けています。
  11. ドアを閉め、ユーザーインターフェイス画面で [塗りつぶし ]を押します。充填は70秒サイクルです。サイクルが完了すると、システムの青いインジケータライトが点滅します。カードをaMIASTシステムに入れると、機械によってカードの小さなチャンバー内に接種物が分配されます。
  12. カセットを充填チャンバーから取り外し、ドアを閉めて、ローディングチャンバーに入れます。バーコードは自動的にスキャンされ、仮想カセットの電子ワークリストの維持と照合されます。ストローは自動的に密封され、カードは自動的にカルーセルにロードされます。aMIASTの青い矢印の点滅は、ロードが完了したことを示します。
  13. 終了したらカセットの廃棄物を取り除きます。製品資料の廃棄物処理手順を参照するか、他の標準的な慣行に従ってください。チューブ内の残りの懸濁液をCLED寒天培地で継代培養し、分離株の純度を確認します。
  14. 装置が分析を完了した後、結果を読み取ります。

2. aMIASTを使用した細菌同定のための直接接種プロトコール(DIP)

  1. 滅菌手袋を着用し、バイオセーフティキャビネット内で、70%イソプロピルアルコールを含む綿棒で+naBCの中隔を清掃します。
  2. 21 G針付きの滅菌シリンジを使用して、+ naBCの血液ブロス混合物から5 mLのアリコートを取り出し、ゴムセプタムを70%イソプロピルアルコールで消毒した後、血清セパレーターチューブ(SST)に移します(図2A)。
  3. このアリコートを160 x g で10分間遠心分離し、血液 - ブロス混合物中の血球を沈殿させます。最初の遠心分離後、血球が落ち着く上清を観察します。
  4. バイオセーフティキャビネット内のバイアルのキャップを開け、滅菌チップとピペットを使用して上清を慎重に取り除き、上部を取り外して新しいプレーン採血バイアル(赤い上)に移します。
  5. キャップをバイアルに置き、再度2000 x gで10分間遠心分離します。2回目の遠心分離後、底部に細菌ペレットが形成されます。
  6. 上清を吸引し、滅菌ピペットとチップを使用して廃棄します。細菌ペレットはチューブの底に残り、aMIAST IDカードの接種に使用されます。
    注:血清セパレーターチューブを160 x gでの最初の遠心分離で使用しました。これは、Quesadaら25およびMunoz-Davilaら27によって行われた研究に基づいており、最初の遠心分離ステップはそれぞれ約30 x gおよび60 x gで行われました。+aBCからの血液とブロスの混合物を最初にSSTで低速で遠心分離し、血液細胞をペレット化しました。
  7. aMIASTポリスチレンチューブをaMIASTチューブスタンドにセットし、生理食塩水ボトルに取り付けられたディスペンサーを使用して3mLの滅菌生理食塩水を加えます。
  8. 滅菌接種ループを使用して、バイアルの底から細菌ペレットを取り出し、aMIASTチューブに接種します
  9. 手順1.7〜1.14を繰り返します。

3. EUCAST RASTプロトコル4によるAST

  1. 接種されていない90mmの円形ミューラー・ヒントン寒天培地(MHA)プレートは、バイオセーフティキャビネットに保管してください。
  2. 滅菌手袋を着用し、バイオセーフティキャビネット内で、70%イソプロピルアルコールを含む綿棒で+naBCの中隔を清掃します。
  3. 滅菌シリンジを使用して、+naBCから125μL±25μLの希釈されていない血液ブロス混合物を吸引し、中央の各MHAプレートに加えます。
  4. 滅菌綿棒を使用してスープをプレート上に3方向に優しく広げ≤各プレートに6つの抗菌ディスクを塗布します。
  5. 好気性インキュベーターでプレートを35°C±1°Cで8時間インキュベートします。インキュベーションの完了後、分離物の純度を観察します。
  6. 8時間±5分で阻害ゾーンを読み取ります。aMIASTで細菌同定結果を確認した後、RASTブレークポイントテーブルを使用して短時間のインキュベーションで結果を解釈します。
  7. AST結果を報告できるのは、分離株がRR-GNの1つとして同定され、MHAプレートとCLEDプレートが単一のモルフォタイプを増殖させている場合のみです。

4. 品質管理

  1. aMIASTのSIPプロトコルの内部品質管理は、推奨参照株を使用して製造元の指示に従って行います。
  2. 以下に説明するように、 大腸菌 の推奨参照株を使用して、RAST メソッドの内部品質管理を毎週実施します。
    1. 滅菌ガラス管4本をチューブスタンドに並べます。1 番目のチューブに 3 mL の滅菌生理食塩水を、2 番目、3 番目、4 番目のチューブのそれぞれに 990 μL の滅菌生理食塩水を分注します。
    2. めっき培地上の一晩培養の単離コロニーからのQC株の0.5マクファーランド懸濁液を作成します。
    3. 滅菌ピペットとチップを使用して、10 μLの懸濁液を最初のチューブから2番目のチューブに移します。
    4. 混合後、10μLの懸濁液を第2のチューブから第3のチューブに移し、続いて最後のチューブに移します。
    5. 最後のチューブから、針付きの滅菌シリンジを使用して接種材料1mLを取り出し、それを未接種aBCに加えます。
    6. 同時に、針付きの滅菌シリンジを使用してaBCに5 mLの滅菌羊の血液を加え、aBCの基部にある液体エマルジョンセンサーの色の変化により陽性を示すまでCBCMSでインキュベートします。
    7. 手順1〜3で説明した手順を繰り返して、それぞれSIP、DIP、およびRASTによる識別を行います。期待される結果は、QC株はaMIASTの同定プロトコルの両方によって正しく同定されるべきであり、RASTプレートのゾーン直径は指定された範囲内にあるべきである28である。

5. 統計分析

  1. SIPをゴールドスタンダードとして使用した微生物の同定を検討し、DIPで同じ同定が得られた場合は、一致していると考えてください。
  2. RR-GN、つまり、SIPを使用して識別された 大腸菌、 肺炎桿菌、 緑膿菌、 およびA.baumannii 複合体のいずれかがDIPで一致しない場合、これをメジャーエラー(ME)と見なし、その逆は誤った識別でレポートを発行する可能性があるため、非常にメジャーエラー(VME)と見なします。
  3. RR-GN の一致率は、SIP によって識別された RR-GN の合計数に対する一致した RR-GN の合計数に 100 を掛けた値として計算します。
  4. SIP で識別された RR-GN を持つ +naBC の総数に 100 を掛けた値に対する、非 RR-GN を持つと識別された +naBC の数の比率として ME レートを計算します。
  5. DIP に RR-GN があると誤って識別された +naBC の数と合計 no の比率として VME レートを計算します。DIPでテストされた+naBCの数に100を掛けた値。
  6. CBCMS による血液培養フラグの時点から、両方のプロトコルによる分離物の同定にかかった時間として、同定を分離するまでの時間 (TTI) を計算します。
  7. DIP と SIP の差を TTI の削減として計算します。これは、RR-GN を持つ一致する +naBC についてのみ計算します。CBCMS と aMIAST のクロックからそれぞれの時点に注意してください。
  8. スプレッドシートを使用してデータを管理し、分析します。連続変数にマンホイットニーU検定を使用し、≤0.05の両側 p値を統計的に有意であると見なします。

結果

一般的なアウトカム
研究期間中、240 +naBCがDIPとSIPの両方を使用してaMIASTによる同定を受けました。これらのうち、15%(36/240)+naBCは、めっき培地上で一晩インキュベートした後、多微生物であることがわかりました。204の+naBCのうち、SIPによって識別されたRR-GNの割合は51.5%(105/204)であった。そのうち、47.6%(50/105)が 大腸菌、19%(20/105) がK.pneumoniae、8.6%(9/105) が緑膿菌...

ディスカッション

DIPを用いて、RR-GNをかなりの診断精度で同定することに成功しました。aBCの陽性フラグ付け後の平均TTIはわずか507分(~8.5時間)でした。したがって、AST測定のためのEUCAST RAST法と組み合わせて使用すると、8時間のAST読み取り時間で分離物の同定を行うことができます。このアプローチは、EUCAST RAST法を実装する可能性を秘めており、質量分析ベースの同定の必要性を排除します。これは、EUCAST RA...

開示事項

著者は何も開示していません。

謝辞

この研究は、AIIMSボパールからアユシュ・グプタ博士に与えられた学内研究助成金によって資金提供されました。私たちは、日常的および緊急時に熱心にテストを実施し、読み取った検査技師と研修医の貢献を認めます。

資料

NameCompanyCatalog NumberComments
ANTIMICROBIAL DISKS
Amikacin disk 30 µgHimedia, Mumbai, IndiaSD035-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Amoxyclav disk (20/10 µg)Himedia, Mumbai, IndiaSD063-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Cefotaxime disk 5 µgHimedia, Mumbai, IndiaSD295E-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Ceftazidime disk 10 µgHimedia, Mumbai, IndiaSD062A-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Ciprofloxacin disk (5 µg)Himedia, Mumbai, IndiaSD060-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Co-Trimoxazole disk (23.75/1.25 µg)Himedia, Mumbai, IndiaSD010-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Gentamicin disk 10 µgHimedia, Mumbai, IndiaSD016-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Imipenem disk 10 µgHimedia, Mumbai, IndiaSD073-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Levofloxacin disk 5 µgHimedia, Mumbai, IndiaSD216-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Meropenem disk 10 µg Himedia, Mumbai, IndiaSD727-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Piperacillin-tazobactam disk (30/6 µg)Himedia, Mumbai, IndiaSD292E-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
Tobramycin disk 10 µgHimedia, Mumbai, IndiaSD044-1VLAntimicrobial susceptibility testing 
ATCC Escherichia coli 25922Microbiologics, Minnesota USA0335ARecommended Gram negative bacterial strain for quality control in RAST
BacT-Alert 3D 480bioMerieux, Marcy d’ Etoille, France412CM8423Continuous automated blood culture system
Biosafety cabinet II Type A2Dyna Filters Pvt. Limited, Pune, IndiaDFP-2/21-22/149For protection against hazardous  and infectious agents and to maintain quality control
Blood agar base no. 2Himedia, Mumbai, IndiaM834-500GPreparation of blood agar and chocolate agar
Clinical Centrifuge Model SP-8BLLaby Instruments, Ambala, IndiaHLL/2021-22/021Centrifugation at low and high speed for separation of supernatant
Dispensette S Analog-adjustable bottle-top dispenser BrandTech, Essex CT, EnglandV1200Dispensing accurate amount of saline
MacConkey agar Himedia, Mumbai, IndiaM008-500GDifferential media for Lactose fermenters/ non-fermenters Gram negative bacilli
Micropipette (100-1000 µL)Axiflow Biotech Private Limited, Delhi, IndiaNJ478162Transferring supernatant after first centrifugation, discarding supernatant after second centrifugation
Micropipette tips (200-1000 µL)‎Tarsons Products Pvt. Ltd., Kolkata, India521020Transferring supernatant after first centrifugation, discarding supernatant after second centrifugation
Mueller-Hinton agar Himedia, Mumbai, IndiaM173-500GAntimicrobial susceptibility testing by Kirby-Bauer method of disk diffusion
Nichrome loop D-4Himedia, Mumbai, IndiaLA019For streaking onto culture media
Nichrome straight wireHimedia, Mumbai, IndiaLA022For stab inoculation
Nulife sterile GlovesMRK healthcare Pvt Limited, Mumbai, IndiaFor safety precautions
Plain vial (Vial with red top), Advance BD vacutainerBecton-Dickinson, Cockeysville, MD, USA367815Obtaining pellet after second centrifugation
Sheep bloodLabline Trading Co., Hyderabad, India70014Preparation of blood agar and chocolate agar
SST II tube, Advance BD vacutainerBecton-Dickinson, Cockeysville, MD, USA367954Supernatant separation in first centrifugation
Sterile cotton swab (w/Wooden stick)Himedia, Mumbai, IndiaPW005-1X500NOLawn culture of blood culture broth for antimicrobial susceptibility testing
Sterile single use hypodermic syringe 5ml/ccNihal Healthcare, Solan, India2213805NB2Preparing aliquots from +aBC
VITEK DensiCHEK McFarland reference kitbioMerieux, Marcy d’ Etoille, France422219Densitometer to check the turbidity of suspension
VITEK saline solution (0.45% NaCl)bioMerieux, Marcy d’ Etoille, FranceV1204Adjustment of McFarland Standard turbidity
VITEK tube stand bioMerieux, Marcy d’ Etoille, France533306-4 REVStand for proper placement of tubes before ID card inoculation
VITEK tubesbioMerieux, Marcy d’ Etoille, FranceTubes for inoculum preparation
VITEK-2 Compact 60bioMerieux, Marcy d’ Etoille, FranceVKC15144Automated identification and AST system
VITEK-2 GN cardbioMerieux, Marcy d’ Etoille, France21341Identification of Gram negative bacilli

参考文献

  1. Rudd, K. E., et al. regional, and national sepsis incidence and mortality, 1990–2017: analysis for the Global Burden of Disease Study. Lancet. 395 (10219), 200-211 (2020).
  2. Ikuta, K. S., et al. Global mortality associated with 33 bacterial pathogens in 2019: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2019. Lancet. 400 (10369), 2221-2248 (2022).
  3. Liu, V. X., et al. The timing of early antibiotics and hospital mortality in sepsis. Am J Resp Crit Care Med. 196 (7), 856-863 (2017).
  4. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 4.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , (2023).
  5. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 33rd ed. CLSI. Clinical and Laboratory Standards Institute. , (2023).
  6. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , (2018).
  7. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , (2018).
  8. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 6.1. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , (2023).
  9. Soo, Y. T., Waled, S. N. M. B., Ng, S., Peh, Y. H., Chew, K. L. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (5), 993-998 (2020).
  10. Berinson, B., et al. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST): Analytical performance and impact on patient management. J Antimicrob Chemother. 76 (5), 1332-1338 (2021).
  11. Strubbe, G., Messiaen, A. S., Vandendriessche, S., Verhasselt, B., Boelens, J. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) compared to conventional susceptibility testing: implementation and potential added value in a tertiary hospital in Belgium. Acta Clinica Belgica: Int J Clin Lab Med. 78 (5), 385-391 (2023).
  12. Jasuja, J. K., Zimmermann, S., Burckhardt, I. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) for positive blood cultures in clinical practice using a total lab automation. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (7), 1305-1313 (2020).
  13. Martins, A., et al. Rapid antimicrobial susceptibility of Enterobacteriaceae by disk diffusion directly from blood culture bottles using the EUCAST RAST breakpoints. J Glob Antimicrob Resist. 22, 637-642 (2020).
  14. Ekwall-Larson, A., Fröding, I., Mert, B., Åkerlund, A., Özenci, V. Analytical performance and potential clinical utility of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing in blood cultures after four hours of incubation. Microbiol Spectr. 11 (2), e500122 (2023).
  15. Cerrudo, V., et al. Usefulness of EUCAST rapid antibiotic susceptibility breakpoints and screening cut-off values directly from blood cultures for the inference of β-lactam resistance mechanisms in Enterobacterales. JAC-Antimicrob Resist. 5 (1), 017 (2023).
  16. Shan, Y., et al. Evaluation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test for enterobacterales-containing blood cultures in China. J Clin Microbiol. 60 (4), e0255921 (2022).
  17. Jonasson, E., Matuschek, E., Kahlmeter, G. The EUCAST rapid disc diffusion method for antimicrobial susceptibility testing directly from positive blood culture bottles. J Antimicrob Chemother. 75 (4), 968-978 (2020).
  18. Tayşi, M. R., et al. Implementation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test (RAST) directly from positive blood culture bottles without the advanced identification systems. J Antimicrobial Chemotherapy. 77 (4), 1020-1026 (2022).
  19. Gupta, A., et al. A prospective study evaluating the effect of a ‘Diagnostic Stewardship Care-Bundle’ for automated blood culture diagnostics. J Glob Antimicrob Resist. 34, 119-126 (2023).
  20. Siddiqui, F., Gupta, A., Purwar, S., Saigal, S., Sharma, J. P. A prospective study to reduce turnaround time of microbiologically positive blood cultures in patients with sepsis in intensive care unit. Indian J Med Microbiol. 40 (4), 541-546 (2022).
  21. Gherardi, G., et al. Comparative evaluation of the Vitek-2 Compact and Phoenix systems for rapid identification and antibiotic susceptibility testing directly from blood cultures of Gram-negative and Gram-positive isolates. Diagnostic Microbiol Infect Dis. 72 (1), 20-31 (2012).
  22. Lemos, T. C., Cogo, L. L., Maestri, A. C., Hadad, M., Nogueira, K. d. a. S. Is it possible to perform bacterial identification and antimicrobial susceptibility testing with a positive blood culture bottle for quick diagnosis of bloodstream infections. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical. 51 (2), 215-218 (2018).
  23. Funke, G., Funke-Kissling, P. Use of the BD PHOENIX automated microbiology system for direct identification and susceptibility testing of gram-negative rods from positive blood cultures in a three-phase trial. J Clin Microbiol. 42 (4), 1466-1470 (2004).
  24. Nimer, N. A., Al-Saa’da, R. J., Abuelaish, O. Accuracy of the VITEK 2 system for a rapid and direct identification and susceptibility testing of Gram negative rods and Gram-positive cocci in blood samples. East Mediterr Health J. 22 (3), 193-200 (2016).
  25. Quesada, M. D., et al. Performance of VITEK-2 Compact and overnight MicroScan panels for direct identification and susceptibility testing of Gram-negative bacilli from positive FAN BacT/ALERT blood culture bottles. Clin Microbiol Infect. 16 (2), 137-140 (2010).
  26. De Cueto, M., Ceballos, E., Martinez-Martinez, L., Perea, E. J., Pascual, A. Use of positive blood cultures for direct identification and susceptibility testing with the Vitek 2 system. J Clin Microbiol. 42 (8), 3734-3738 (2004).
  27. Munoz-Dávila, M. J., Yagüe, G., Albert, M., García-Lucas, T. Comparative evaluation of Vitek 2 identification and susceptibility testing of Gram-negative rods directly and isolated from BacT/ALERT-positive blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 31 (5), 663-669 (2012).
  28. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Quality control criteria for the implementation of the RAST method. Version 6.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , (2023).
  29. Chen, J. R., Lee, S. Y., Yang, B. H., Lu, J. J. Rapid identification and susceptibility testing using the VITEK 2 system using culture fluids from positive BacT/ALERT blood cultures. J Microbiol, Immunol Infect. 41 (3), 259-264 (2008).
  30. Bruins, M. J., Bloembergen, P., Ruijs, G. J. H. M., Wolfhagen, M. J. H. M. Identification and susceptibility testing of Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa by direct inoculation from positive BACTEC blood culture bottles into Vitek 2. J Clin Microbiol. 42 (1), 7-11 (2004).
  31. Lupetti, A., Barnini, S., Castagna, B., Nibbering, P. H., Campa, M. Rapid identification and antimicrobial susceptibility testing of Gram-positive cocci in blood cultures by direct inoculation into the BD Phoenix system. Clin Microbiol Infect. 16 (7), 986-991 (2010).
  32. Barreales, A., Lara, M., Hernández, I., Díez, O. Rapid identification and susceptibility testing of Gram-positive cocci in BacT/ALERT blood cultures by direct inoculation into the Vitek 2 system. Rev Esp Quimioter. 24 (3), 131-135 (2011).

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