Name: spot the correct tissue every time in multi-tissue blocks
Uploaded: 2015-05-31T14:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 53 s
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Gli autori desiderano ringraziare il Dr. Brent Harris per la fornitura di revisione critica del manoscritto. Questi studi sono stati condotti presso il Lombardi Comprehensive Cancer Center istopatologia e Tissue risorsa comune che è supportato in parte dal NIH / NCI sovvenzione P30-CA051008. Il contenuto è di esclusiva responsabilità degli autori e non rappresentano necessariamente il punto di vista ufficiale della National Cancer Institute e il National Institutes of Health.

1. Costruzione di The Spot <ol><li> Aggiungere 50 mg di albumina sierica bovina (BSA) per 1 ml di tessuto tintura marcatura in un tubo da 15 ml o 2 ml provetta per microcentrifuga e vortex per 1 minuto o fino a completa dissoluzione. Nota: per questo protocollo, utilizzare biochimico BSA Grade. Mentre gli altri gradi e purezza non sono stati testati, si prevede che grado e la purezza non avrebbe un impatto significativo sul successo della località. </li><li> Calore 9 ml idrossietil gel di agarosio trasformazione in un tubo da 15 ml in un forno a microonde a potenza 30% per 10 sec incrementi finché il gel è completamente sciolto. </li><li> Combina la soluzione colorante-BSA gel elaborazione fuso e in un unico tubo da 15 ml e mescolare accuratamente con una pipetta. Vortex la soluzione. </li><li> Posizionare il tubo conico in frigorifero per un paio di ore o fino a solido. </li><li> Utilizzare una lunga, sottile, spatola metallica o sonda per rilasciare delicatamente il tappo di gel colorato dal tubo conico. </li><li> Utilizzare una lama di bisturi o di rasoio per cut il gel spina trasversalmente in 5 millimetri sezioni spesse. Rimuovere le estremità arrotondate e smaltire come rifiuto (Figura 2A). </li><li> Posizionare le sezioni spina gel appartamento in cassette istologia e tenere in etanolo al 70% per 1 ora. Cambiare la soluzione di etanolo al 70% ogni 2-4 ore per almeno 3 cambiamenti nel corso di un periodo di 24 ore. </li><li> Elaborare manualmente sezioni gel attraverso una serie di etanolo (1 ora ciascuno: 70% etanolo, 80% di etanolo, etanolo al 95%, 100% di etanolo (cambiamenti 3x), poi chiaro in compensazione soluzione 3x per 1 ora ciascuno (ad esempio, idrocarburi alifatici ( xileni sostituto)) sono stati utilizzati in questo protocollo, xileni sono anche accettabili), e si infiltrano con paraffina fusa (3x per 1 ora ciascuno), manualmente o in un processer tessuti. Nota: Prima di completa disidratazione in etanolo al 100%, il colorante può fuoriuscire dal tappo di gel che potrebbero influenzare altri tessuti ed i reagenti liquidi in un processatore automatico. In quanto tale, la reidratazione manuale è altamente raccomandato, il trattamento comunque automatizzati è equalleato efficace. </li><li> Più sezioni gel trasformati Incorpora con paraffina standard di incorporare metodologia (Figura 2B). Lasciare raffreddare i blocchi e indurire e poi a temperatura ambiente. </li><li> Utilizzare un ago dermico pugno di dimensioni desiderate per rimuovere nuclei punto dalle sezioni gel incorporate fino a quando il blocco è esaurito (Figura 2C). Un blocco singolo può fornire fino a 20 x 2 mm 2 core. Conservare i nuclei in un luogo fresco. Utilizzare dermica pugno in questo protocollo vedono figure, da 1,5 mm (figure 1D e 2D) o 2 mm (figure 1B, 1C e 2C). </li></ol> 2. Utilizzando luoghi da blocchi Orient non schierati <ol><li> Creare un diagramma di orientamento tessuto per indicare le posizioni desiderate e le identità di tutti i singoli pezzi di tessuto devono essere integrate insieme, e la posizione del posto. NOTA: Il diagramma orientamento tessuto è una mappa illustrata che include la pposizioni hysical di tutti i pezzi di tessuto etichettati con identificatori e la posizione del posto. Può essere creato elettronica o può essere disegnato a mano. Lo schema dovrebbe essere creato utilizzando qualsiasi metodo si adatta meglio il tecnico e ricercatore di utilizzare il prodotto finale. Questa mappa servirà come guida per il ricercatore così i campioni possono essere facilmente identificati durante l&#39;analisi microscopica. La mappa utilizzata in questo protocollo è stato disegnato. Raffigura un blocco di tessuto e vetro microscopio con ogni pezzo di tessuto e del punto disegnato ed etichettati nella stessa posizione del blocco tessuto reale e scivolo. </li><li> Trattare i pezzi di tessuto normalmente, in modo che essi rimangano adeguatamente identificati durante le fasi di estrapolazione e di trasformazione. Per questo protocollo, elaborare i tessuti per 1 ora ciascuno in: 70% etanolo, 80% di etanolo, etanolo al 95%, 100% di etanolo (cambiamenti x3), idrocarburi alifatici (xileni sostitutivi) (cambiamenti x3), e fuso infiltrazione tissutale paraffina alla 60 ° C (modifiche x3). NOTA: All tessuti devono essere trattati secondo le procedure di laboratorio di istologia standard. Ciò può essere variabile a causa procedura di laboratorio individuale, dimensioni del tessuto e tipo, ma ciò non pregiudica la possibilità di utilizzare il posto come strumento di orientamento. </li><li> Disporre pezzi di tessuto sulla stazione embedding nelle posizioni assegnate corrette secondo lo schema orientamento tessuti. Utilizzare lo schema orientamento tessuti come riferimento per guidare il tecnico su come organizzare i pezzi Spot e del tessuto in ogni blocco. NOTA: In questo protocollo il tecnico inserisce l&#39;incorporamento a mano mappa di orientamento vicino alla stazione di incorporamento e disposti i pezzi di tessuto sulla stazione embedding esattamente la stessa disposizione come disegnato nel diagramma. Ciò garantisce che tutti i pezzi di tessuto rimangono correttamente identificabile nel prodotto finale. Questo è assolutamente fondamentale per il successo nell&#39;uso di blocchi multi-tessuto. </li><li> Assicurarsi che il nucleo punto è più alto di tutti i pezzi di tessuto per essere incorporati nel blocco. </li><li> Incorpora i pezzi di tessuto e poi il punto sulla fine (trasversale) nelle posizioni corrette in base allo schema orientamento tessuto utilizzando la metodologia incorporamento standard. Se necessario, tenere il punto (s) in posizione verticale con una pinza fino a quando la paraffina si è solidificata sufficiente che il punto (s) non sarà cadere (1-2 min). </li><li> Sezione e macchia paraffina sezioni con lo spot con metodologia standard. <ol><li> Lasciare le sezioni di galleggiare su un bagno di acqua a 40 ° C e di applicare un vetrino carica positiva (slides non caricate non sono stati testati). Essiccare i vetrini in forno a 60 ° C per almeno 20 min. </li><li> Porre i vetrini in un coloratore automatico e trattati attraverso i seguenti reagenti: xileni (xileni 1-5 min, xileni 2 e 3-2 minuti, ciascuno), il 100% di etanolo (2 min), il 95% di etanolo (1 min), 80 % di etanolo (30 sec), il 70% di etanolo (30 sec), acqua corrente del rubinetto (2 min), ematossilina (1,5 min), acqua corrente del rubinetto (3 min), alcol acida (1 minuto), acqua corrente del rubinetto (2 min ), blReattivo uing (1 minuto), acqua corrente (2 min), l&#39;80% di etanolo (30 sec), eosina (1 minuto), acqua corrente (10 sec), l&#39;80% di etanolo (1 min), il 100% di etanolo (3 cambi, 2 min ciascuno), xileni (3 cambi, 30 sec ciascuno). </li><li> Coprire i vetrini con vetrini, montati con mezzo di montaggio. NOTA: In questo protocollo, la histotechnician sezionato i blocchi di paraffina su un microtomo in 5 sezioni micron. Per questo protocollo abbiamo utilizzato un coloratore automatico, tuttavia uguali risultati possono essere ottenuti mediante colorazione manuale. </li></ol></li></ol> 3. posto nella TMA (Manuale Kit TMA) <ol><li> Creare un diagramma di orientamento dei tessuti, come previsto al punto 2.1 e assegnare la posizione desiderata (s) del posto. </li><li> Riempire lo stampo TMA con paraffina fusa in una stazione di incorporamento. Poiché lo stampo si raffredda, incorporare loco (s) sull&#39;estremità a margine dello stampo TMA nelle posizioni desiderate indicate dal diagramma orientamento tessuti. Se necessario, tenere il punto (s) in posizione verticale con una pinza fino al ettari di paraffinas solidificato sufficiente che il punto (s) non sarà cadere (1-2 min). </li><li> Montare i nuclei TMA secondo le istruzioni del produttore e per quanto riguarda la posizione dello spot (s) a margine di matrice (Figura 2D), e seguire i protocolli di sezionamento e di colorazione standard. NOTA: Si prega di vedere il punto 2.6 per vedere i sezionamento e colorazione metodi utilizzati in questo protocollo. </li></ol>

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Gli autori non hanno nulla da rivelare.

Preparazione di successo e l&#39;utilizzo dei luoghi richiede un&#39;attenta adesione ad alcuni passaggi tecnici. Fusione del agarosio idrossietil dovrebbe essere fatto lentamente ea fuoco basso. Melting rapidamente attraverso l&#39;alta temperatura può provocare un certo dettaglio della agarosio per risultati non ottimali. Quando si taglia le spine colorante carichi a pezzi per la lavorazione, assicurarsi che lo spessore di ciascun pezzo è superiore a 4,5 mm e non supera 7 mm. Le estremità arrotondate vengono rimoss...

La capacità di incorporare campioni di tessuto provenienti da più persone in un unico blocco di paraffina permette facile confronto side-by-side tra i trattamenti e gli individui, eliminando la variabilità tra le diapositive, e riduce i costi e il carico di lavoro di sezionamento e colorazione campioni. Questi blocchi multi-tessuti sono tipicamente prodotte sia come microarrays tissutali (TMA) o blocchi di paraffina contenenti tessuto da più individui in un layout non array. Manutenzione di identità del campione è fondamentale per il successo di qualsiasi analisi multi-tessuto. I ricercatori hanno utilizzato TMAs dal loro sviluppo per migliorare l&#39;efficienza di analisi, ridurre le variazioni tra le diapositive, conservare le risorse tessuti pregiati, e di ridurre i tempi ei costi di esperimenti 1. Il corretto orientamento della TMA può essere realizzato utilizzando una varietà di metodi, inclusi gli spazi, righe o colonne tra nuclei di tessuto 2-4, disposizione asimmetrica dei gruppi principali 3, 5 (per esempio, Control vs trattamento), &quot;beacon&quot; core 6, e core orientamento designati situati al di fuori della matrice TMA 3. Anche se questi metodi funzionano bene per TMA, più consumano spazio prezioso nucleo TMA e TMA con lacune e spazi come identificatori possono diventare fonte di confusione come nuclei di tessuto sono esauriti nel corso del tempo. Inoltre, questi metodi non sono appropriati per l&#39;uso in blocchi multi-tessuto senza un formato array perché si basano su anomalie del modello ben ordinato di core microarray uniformi come identificatori. La maggior parte dei blocchi non schierati multi-tessuto devono ospitare i tessuti non uniformi e, per definizione, non visualizzare la griglia matrice strutturata che rende queste aberrazioni spiccano come punti di riferimento. Anche se ci sono molti vantaggi di utilizzare un TMA, uno dei maggiori svantaggi è la piccola dimensione delle anime che non è sempre rappresentativa del tessuto ampiamente eterogenea 1. Blocchi multi-tessuto non schierati forniscono molte delle tegli beneficia di un TMA, ma contengono campioni di tessuto più grandi, o interi organi da studi su animali. Microarrays tessuto con singoli conduttori hanno diversi concordanza con intere sezioni di tessuto a base di proteina di interesse e molti richiedono core multipli per una maggiore concordanza 7-11. Data la complessità e la natura eterogenea di alcuni fenotipi di biomarker, TMA utilizza anche un gran numero di core (&gt; 10) può ancora essere insufficiente e può richiedere metodi diversi da microarray per l&#39;analisi 8. Inoltre, TMA costruzione è in termini di tempo, tecnicamente impegnativo, e richiede il costo iniziale e gli investimenti in o l&#39;accesso a un Arrayer tessuti. Blocchi multi-tessuto non in array possono essere fatte in qualsiasi laboratorio di base con molto meno tempo e fatica ed è una valida alternativa per gli studi che richiedono più il tessuto di array consentono o come mezzo per ridurre i costi e semplificare l&#39;analisi. Blocchi non in array multi-tessuto simile richiedono un affidabile oientation marcatore per monitorare l&#39;identificazione dei campioni, tuttavia, lo sviluppo di questi marcatori è stato limitato. Gran parte della documentazione che presenta orientamento tessuto concentra sul corretto orientamento fisiologico per l&#39;incorporamento pezzi di tessuto individuale, come il tatuaggio del tessuto con inchiostro 12, pre-embedding tessuti agar-gelatina prima della trasformazione 13, e la marcatura certi tessuti con tacche di 14 o 15 punti di sutura . Anche se funzionale, questi metodi non sono ideali come marcatori in blocchi multi-tessuto a causa delle loro limitazioni. Una sutura verrà sezionato attraverso rapidamente e può non essere visibile in ogni sezione. Tecniche che utilizzano agar-gelatina può mantenere il tessuto nel giusto orientamento durante la lavorazione e incorporamento pre-embedding, ma non fornisce un segnale visivo per distinguere tra più campioni nel blocco di paraffina e diapositive. Tacche o tintura sul tessuto possono complicare l&#39;analisi o occludere importanti dettagli morfologici. In alternativa, l&#39;identità del tessutoin un blocchetto di non schierati multi-tessuto può essere mantenuta attraverso l&#39;incasso di pezzi di tessuto in una disposizione asimmetrica, ma questo richiede 3 o più pezzi di tessuto e non può consentire disposizione ottimale dei tessuti per l&#39;analisi. L&#39;orientamento Tag Specimen (spot) è stato sviluppato come un metodo facile ed economico per identificare chiaramente i tessuti in blocchi multi-tessuto e offre molti vantaggi rispetto ai metodi di orientamento esistenti. Lo spot è un piccolo, colorato, nucleo composto da Idrossietil agarosio gel lavorazione e tessuti tintura marcatura, e infiltrati con paraffina (Figura 2C). Il nucleo punto è incorporato su fine accanto a un singolo tessuto in un blocco di paraffina multi-tessuto e appare come un punto colorato nel blocco e in ogni sezione (Figura 1A - D), indicando chiaramente il corretto orientamento del blocco e sezioni per l&#39;identificazione dei tessuti facile.

<table><tbody><tr><td>Histogel Specimen Processing Gel</td><td>Thermo Scientific</td><td>HG-4000-012</td><td>&lt;a href=&quot;http://www.thermoscientific.com/en/product/richard-allan-scientific-histogel-specimen-processing-gel.html&quot; target=&quot;_blank&quot;&gt;http://www.thermoscientific.com/en/product/richard-allan-scientific-histogel-specimen-processing-gel.html&lt;/a&gt;</td></tr><tr><td>Tissue Marking Dye</td><td>Triangle Biomedical Sciences, Inc.</td><td>TMD-5</td><td>Any tissue marking dye would most likely be sufficient.</td></tr><tr><td>Arraymold Kit A 2 mm (60 core)</td><td>Arraymold</td><td>20015A</td><td>Any manual tissue arrayer would work similarly.</td></tr></tbody></table>

spot the correct tissue every time in multi-tissue blocks

Blocchetti di paraffina Multi-tessuti garantiscono elevata analisi produttività con una maggiore efficienza, l&#39;uniformità sperimentale, e riduzione dei tempi e dei costi. Microarrays tessuti costituiscono la maggior parte dei blocchi di paraffina multi-tessuto, ma sempre di più, i ricercatori stanno utilizzando blocchi non schierati contenenti grandi tessuti provenienti da più persone che possono fornire molti dei vantaggi di microarray di tessuti senza sostanziali investimenti nella progettazione e attrezzature. Un componente critico di qualsiasi analisi multi-tessuto è il metodo di orientamento utilizzato per identificare ciascun tessuto. Anche se i metodi esistono per mantenere il corretto orientamento e identificazione dei tessuti in blocchi più tessuti, la maggior parte non sono particolarmente adatti per i blocchi non schierati, può consumare spazio prezioso all&#39;interno di un array e / o sono difficili da produrre in laboratorio di istologia normale. L&#39;orientamento Tag Specimen (SPOT) è uno strumento semplice, a basso costo che l&#39;orientamento è chiaramente visibile in blocchi di paraffina e di tutte le sezioni di tessuto for identificazione del campione affidabile nei layout schierati e non schierati. Lo spot fornisce vantaggi rispetto ai metodi di orientamento esistenti per blocchi non disposte in quanto non richiede alcuna modifica diretta al tessuto e consente flessibilità nella disposizione dei pezzi di tessuto.

Lo spot appare come un giro, puntino dai colori vivaci nel blocco di paraffina (Figura 1A e 2D), in tutte le sezioni di paraffina, e rimane sul vetrino attraverso la procedura di H &amp; E o colorazione IHC (Figure 1B - 1D e 2D). Questo evidenti aiuti segnale visivo sia la histotechnician e ricercatore a identificare ogni pezzo di tessuto individuo e semplifica la comunicazione come il histotechnician possono utilizzare questo segnale v...

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SpOT the Correct Tissue Every Time in Multi-tissue Blocks

Lo scopo della Orientamento Tag Specimen (spot) è la funzione di strumento di orientamento per aiutare nella identificazione dei tessuti dell&#39;individuo in blocchi di paraffina multi-tessuto. Questi protocolli dimostrano come è costruito facilmente da, a basso costo materiali comuni istologia e funge da indicatore visivo affidabile in blocchi di paraffina e sezioni.

SPOT Tissue corretto ogni volta in blocchi multi-tessuto

Multi-tissue paraffin blocks provide high throughput analysis with increased efficiency, experimental uniformity, and reduced time and cost. Tissue ...

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Research

JoVE Journal

Biology

11.7K Views.  Frederick National Laboratory for Cancer Research.  Lo scopo della Orientamento Tag Specimen (spot) è la funzione di strumento di orientamento per aiutare nella identificazione dei tessuti dell'individuo in blocchi di paraffina multi-tessuto. Questi protocolli dimostrano come è costruito facilmente da, a basso costo materiali comuni istologia e funge da indicatore visivo affidabile in blocchi di paraffina e sezioni. 

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Quantitative Multispectral Analysis Following Fluorescent Tissue Transplant for Visualization of Cell Origins, Types, and Interactions

With the desire to understand the contributions of multiple cellular elements to the development of a complex tissue; such as the numerous cell types that participate in regenerating tissue, tumor formation, or vasculogenesis, we devised a multi-colored cellular transplant model of tumor development in which cell populations originate from different fluorescently colored reporter gene mice and are transplanted, engrafted or injected in and around a developing tumor. These colored cells are then recruited and incorporated into the tumor stroma. In order to quantitatively assess bone marrow derived tumor stromal cells, we transplanted GFP expressing transgenic whole bone marrow into lethally irradiated RFP expressing mice as approved by IACUC. 0ovarian tumors that were orthotopically injected into the transplanted mice were excised 6-8 weeks post engraftment and analyzed for bone marrow marker of origin (GFP) as well as antibody markers to detect tumor associated stroma using multispectral imaging techniques. We then adapted a methodology we call MIMicc- Multispectral Interrogation of Multiplexed cellular compositions, using multispectral unmixing of fluoroprobes to quantitatively assess which labeled cell came from which starting populations (based on original reporter gene labels), and as our ability to unmix 4, 5, 6 or more spectra per slide increases, we&#39;ve added additional immunohistochemistry associated with cell lineages or differentiation to increase precision. Utilizing software to detect co-localized multiplexed-fluorescent signals, tumor stromal populations can be traced, enumerated and characterized based on marker staining.1

Complex tissue masses, from organs to tumors, are composed of various cellular elements. We elucidated the contribution of cellular phenotypes within a tissue utilizing multi-labeled fluorescent transgenic mice in combination with multiparameter immunofluorescent staining followed by spectral unmixing to decipher cell origin as well as cell characteristics based on protein expression.

Quantitative Analysis multispettrali Dopo tessuto fluorescente Trapianto per la visualizzazione delle origini cellulari, tipi e interazioni

With the desire to understand the contributions of multiple cellular elements to the development of a complex tissue; such as the numerous cell types that ...

Ricerca

Medicina

Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly with many downstream assays such as next generation sequencing. Automated tissue dissection is a new methodology that automates and improves tumor enrichment in these common, low tumor content tissues by decreasing the user-dependent imprecision of traditional macro-dissection and time, cost, and expertise limitations of laser capture microdissection by using digital image annotation overlay onto unstained slides. Here, digital hematoxylin and eosin (H&#38;E) annotations are used to target small tumor areas using a blade that is 250 &#181;m2 in diameter in unstained formalin fixed paraffin embedded (FFPE) or fresh frozen sections up to 20 &#181;m in thickness for automated tumor enrichment prior to nucleic acid extraction and whole exome sequencing (WES). Automated dissection can harvest annotated regions in low tumor content tissues from single or multiple sections for nucleic acid extraction. It also allows for capture of extensive pre- and post-harvest collection metrics while improving accuracy, reproducibility, and increasing throughput with utilization of fewer slides. The described protocol enables digital annotation with automated dissection on animal and/or human FFPE or fresh frozen tissues with low tumor content and could also be used for any region of interest enrichment to boost adequacy for downstream sequencing applications in clinical or research workflows.

Digital annotation with automated tissue dissection provides an innovative approach to enriching tumor in low tumor content cases and is adaptable to both paraffin and frozen tissue types. The described workflow improves accuracy, reproducibility and throughput and could be applied to both research and clinical settings.

Protocollo di dissezione automatizzato per l'arricchimento tumorale nei tessuti a basso contenuto tumorale

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly ...

Ricerca sul cancro

Manual Construction of a Tissue Microarray using the Tape Method and a Handheld Microarrayer

The tissue microarray (TMA) is an important research tool in which many formalin fixed paraffin embedded (FFPE) samples can be represented in a single paraffin block. This is achieved by using tissue cores extracted from the region of interest of different donor FFPE blocks and arranging them into a single TMA paraffin block. Once constructed, sections from the completed TMA can be used to perform immunohistochemistry, chromogenic, fluorescence in situ hybridization (FISH) and RNA ISH studies to assess protein expression as well as genomic and transcriptional alterations in many samples simultaneously, thus minimizing tissue usage and reducing reagent costs. There are several different TMA construction techniques. One of the most common construction methods is the recipient method, which works best with cores of the same length for which a minimum length of 4 mm is recommended. Unfortunately, tissue blocks can be heavily resected during the diagnostic process, frequently resulting in "non-ideal" donor block thicknesses of less than 4 mm. The current article and video focus on the double-sided adhesive tape method; an alternative manual, low cost, easy to use, and rapid method to construct low density (&lt;50 cores) TMAs that is highly compatible with these non-ideal donor blocks. This protocol provides a step-by-step guide on how to construct a TMA using this method, with a focus on the critical importance of pathological review and post construction validation.

This protocol outlines the tape method on how to manually construct a tissue microarray using FFPE donor blocks of differing depths.

Costruzione manuale di un microarray di tessuti utilizzando il metodo a nastro e un microarrayer portatile

The tissue microarray (TMA) is an important research tool in which many formalin fixed paraffin embedded (FFPE) samples can be represented in a single ...

Mappatura del panorama immunitario dei tumori: un protocollo approfondito di analisi IHC multiplex

Multiplex Immunohistochemical Analysis of the Spatial Immune Cell Landscape of the Tumor Microenvironment

The immune cell landscape of the tumor microenvironment potentially contains information for the discovery of prognostic and predictive biomarkers. Multiplex immunohistochemistry is a valuable tool to visualize and identify different types of immune cells in tumor tissues while retaining its spatial information. Here we provide detailed protocols to analyze lymphocyte, myeloid, and dendritic cell populations in tissue sections. Starting from cutting formalin-fixed paraffin-embedded sections, automatic multiplex staining procedures on an automated platform, scanning of the slides on a multispectral imaging microscope, to the analysis of images using an in-house-developed machine learning algorithm ImmuNet. These protocols can be applied to a variety of tumor specimens by simply switching tumor markers to analyze immune cells in different compartments of the sample (tumor versus invasive margin) and apply nearest-neighbor analysis. This analysis is not limited to tumor samples but can also be applied to other (non-)pathogenic tissues. Improvements to the equipment and workflow over the past few years have significantly shortened throughput times, which facilitates the future application of this procedure in the diagnostic setting.

Autore in primo piano: Sbloccare le intuizioni sul panorama delle cellule immunitarie dei tumori

This protocol describes in detail how immune cell characterization of the tumor microenvironment using multiplex immunohistochemistry is carried out.

Analisi immunoistochimica multiplex del panorama spaziale delle cellule immunitarie del microambiente tumorale

The immune cell landscape of the tumor microenvironment potentially contains information for the discovery of prognostic and predictive biomarkers. ...

Decifrazione del microambiente tumorale utilizzando mIHC nel carcinoma squamoso polmonare

Multiplex Immunohistochemistry Staining for Paraffin-embedded Lung Cancer Tissue

Lung cancer is the leading cause of malignant tumor-related morbidity and mortality all over the world, and the complex tumor microenvironment has been considered the leading cause of death in lung cancer patients. The complexity of the tumor microenvironment requires effective methods to understand cell-to-cell relationships in tumor tissues. The multiplex immunohistochemistry (mIHC) technique has become a key tool for inferring the relationship between the expression of proteins upstream and downstream of signaling pathways in tumor tissues and developing clinical diagnoses and treatment plans. mIHC is a multi-label immunofluorescence staining method based on Tyramine Signal Amplification (TSA) technology, which can simultaneously detect multiple target molecules on the same tissue section sample to achieve different protein co-expression and co-localization analysis. In this experimental protocol, paraffin-embedded tissue sections of lung squamous carcinoma of clinical origin were subjected to multiplex immunohistochemical staining. By optimizing the experimental protocol, multiplex immunohistochemical staining of labeled target cells and proteins was achieved, solving the problem of autofluorescence and channel crosstalk in lung tissues. In addition, multiplex immunohistochemical staining is widely used in the experimental validation of tumor-related, high-throughput sequencing, including single-cell sequencing, proteomics, and tissue space sequencing, providing intuitive and visual pathology validation results.

Autore in primo piano: Miglioramento della localizzazione della fluorescenza multicolore in un campione di carcinoma polmonare

This experimental protocol describes and optimizes a multiplex immunohistochemistry (IHC) staining method, mainly by optimizing single-channel antibody incubation conditions and adjusting the settings of antibodies and channels to solve the problems of autofluorescence and channel crosstalk in lung cancer tissues of clinical origin.

Colorazione immunoistochimica multiplex per tessuto di carcinoma polmonare incluso in paraffina

Lung cancer is the leading cause of malignant tumor-related morbidity and mortality all over the world, and the complex tumor microenvironment has been ...

Production of Tissue Microarrays, Immunohistochemistry Staining and Digitalization Within the Human Protein Atlas

The tissue microarray (TMA) technology provides the means for high-throughput analysis of multiple tissues and cells. The technique is used within the Human Protein Atlas project for global analysis of protein expression patterns in normal human tissues, cancer and cell lines. Here we present the assembly of 1 mm cores, retrieved from microscopically selected representative tissues, into a single recipient TMA block. The number and size of cores in a TMA block can be varied from approximately forty 2 mm cores to hundreds of 0.6 mm cores. The advantage of using TMA technology is that large amount of data can rapidly be obtained using a single immunostaining protocol to avoid experimental variability. Importantly, only limited amount of scarce tissue is needed, which allows for the analysis of large patient cohorts 1 2. Approximately 250 consecutive sections (4 &mu;m thick) can be cut from a TMA block and used for immunohistochemical staining to determine specific protein expression patterns for 250 different antibodies. In the Human Protein Atlas project, antibodies are generated towards all human proteins and used to acquire corresponding protein profiles in both normal human tissues from 144 individuals and cancer tissues from 216 different patients, representing the 20 most common forms of human cancer. Immunohistochemically stained TMA sections on glass slides are scanned to create high-resolution images from which pathologists can interpret and annotate the outcome of immunohistochemistry. Images together with corresponding pathology-based annotation data are made publically available for the research community through the Human Protein Atlas portal (<a href="http://www.proteinatlas.org" target="_blank">www.proteinatlas.org</a>) (Figure 1) 3 4. The Human Protein Atlas provides a map showing the distribution and relative abundance of proteins in the human body. The current version contains over 11 million images with protein expression data for 12.238 unique proteins, corresponding to more than 61% of all proteins encoded by the human genome.

Tissue microarrays allows for an efficient method to gain concurrent information from a multitude of tissues. Representative parts of tissues are assembled into a single paraffin block. Sections from the block are used for immunohistochemistry and analysis of protein expression patterns. Digital scanning generates corresponding images for distribution of data.

Produzione di Microarrays tessuto, colorazione immunoistochimica e digitalizzazione All&#39;interno della Atlas proteina umana

The  tissue microarray (TMA) technology provides the means for high-throughput  analysis of multiple tissues and cells. The technique is used within the ...

SPOT Tissue corretto ogni volta in blocchi multi-tessuto

Riepilogo

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Protocollo di dissezione automatizzato per l'arricchimento tumorale nei tessuti a basso contenuto tumorale

Costruzione manuale di un microarray di tessuti utilizzando il metodo a nastro e un microarrayer portatile

Analisi immunoistochimica multiplex del panorama spaziale delle cellule immunitarie del microambiente tumorale

Analisi immunoistochimica multiplex del panorama spaziale delle cellule immunitarie del microambiente tumorale

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Colorazione immunoistochimica multiplex per tessuto di carcinoma polmonare incluso in paraffina

Colorazione immunoistochimica multiplex per tessuto di carcinoma polmonare incluso in paraffina

Colorazione immunoistochimica multiplex per tessuto di carcinoma polmonare incluso in paraffina

Produzione di Microarrays tessuto, colorazione immunoistochimica e digitalizzazione All'interno della Atlas proteina umana