Agradecemos a Bruce Fischl, Hospital General de Massachusetts, Centro de Imágenes Biomédicas A.A. Martinos, Departamento de Radiología, por proporcionar las muestras de cerebro humano analizadas en este estudio. Este proyecto recibió financiación del Programa Marco de Investigación e Innovación Horizonte 2020 de la Unión Europea en virtud del acuerdo de subvención n.º 654148 (Laserlab-Europe), del Programa Marco de Investigación e Innovación Horizonte 2020 de la Unión Europea en virtud del Acuerdo de Subvención Específico n.º 785907 (Proyecto Cerebro Humano SGA2) y N.º 945539 (Proyecto Cerebro Humano SGA3), del Centro de la Corporación Hospitalaria General de los Institutos Nacionales de Salud (PGN) con el número de adjudicación U01 MH117023, y del Ministerio de Educación italiano en el marco del Nodo Italiano de Euro-Bioimagen (infraestructura de investigación ESFRI). Finalmente, esta investigación se llevó a cabo con la contribución de la "Fondazione CR Firenze". El contenido de este trabajo es responsabilidad exclusiva de los autores y no representa necesariamente los puntos de vista oficiales de los Institutos Nacionales de Salud. La figura 1 se creó con BioRender.com.

El Departamento de Neuropatología del Servicio de Autopsias del Hospital General de Massachusetts (MGH) (Boston, EE.UU.) proporcionó muestras de tejido humano fijadas en formol. Se obtuvo el consentimiento por escrito de los participantes sanos antes de la muerte, siguiendo los protocolos de recolección de tejidos aprobados por el IRB del Comité de Bioseguridad Institucional de Socios (PIBC, protocolo 2003P001937). Los documentos de autorización se conservan en los Servicios de Autopsia de MGH en Boston, MA, Estados Unidos, y están disponibles a pedido.
1. Inclusión de agarosa y corte de muestras
<ol><li>Prepare una solución de agarosa al 4% p/v en solución salina tamponada con fosfato 1x (PBS, pH 7,4) en un vaso de precipitados e incruste el bloque de tejido en su interior. Espere hasta que alcance la temperatura ambiente (RT) y luego guárdelo a 4 °C durante 24 h.</li>
	<li>Para obtener secciones de alta precisión, pegue la muestra al disco de muestra del vibrátomo y llene la bandeja con 1x PBS frío (pH 7,4). Ajustar los parámetros del vibrátomo, como la frecuencia, la amplitud y la velocidad, según el tipo de tejido a cortar (valores utilizados: frecuencia = 5 (50 Hz); amplitud = 0,4; velocidad = 3 (0,15 mm/s). NOTA: Se deben utilizar diferentes vibrátomos dependiendo del volumen de la muestra. Para muestras con un volumen máximo de 70 x 40 x 15 mm, se puede utilizar un vibrátomo (por ejemplo, Leica VT1000 S); para muestras más grandes, es posible utilizar un compresótomo (por ejemplo, VF-900-0Z Microtomo18) o un aparato hecho a medida21. Aquí, presentamos lonchas cortadas con un grosor de 400 μm o 500 μm.</li>
	<li>Después del corte, coloque todas las rodajas en una solución conservadora compuesta por 1x PBS (pH 7,4) con 0,01% p/v de azida sódica (NaN3) y almacene a 4 °C. NOTA: Antes de incrustar, espere hasta que la solución de agarosa alcance los 37 °C. Una temperatura más alta podría dañar la muestra. Se recomienda no dejar las muestras en PFA durante más de 48 h, ya que la fijación prolongada podría interferir con el procedimiento de marcaje al dañar los antígenos y aumentar la autofluorescencia tisular. Para el almacenamiento a largo plazo de tejidos humanos, se utiliza PBS con NaN3 para prevenir la contaminación microbiana. Debido a la toxicidad del NaN3, prepare la solución conservadora bajo una cubierta química.</li>
</ol>2. Fijación tisular
NOTA: Todas las soluciones utilizadas en el siguiente protocolo se preparan en grandes volúmenes, suficientes para procesar todos los cortes del mismo bloque tisular y minimizar la variabilidad técnica y reducir el tiempo de los pasos individuales.
<ol><li>Prepare la solución de desconexión con 50% v/v 1x PBS pH 3, 25% v/v 0,1 M de ácido clorhídrico (HCl), 25% v/v 0,1 M de ftalato de hidrógeno de potasio (KHP) y glutaraldehído fresco al 4% v/v. Colocar todas las muestras en platos con tapa de rosca (70 x 23 mm) e incubarlas con la solución Switch-off agitando suavemente a 4 °C durante 1 día, protegiéndolas de la luz con papel de aluminio.</li>
	<li>Prepare la solución de encendido con 1x PBS (pH 7,4) y glutaraldehído fresco al 1% v/v. Coloque todas las muestras en platos nuevos e incubelas con la solución Switch-on agitando suavemente a 4 °C durante 1 día, protegiéndolas de la luz con papel de aluminio. NOTA: Debido a la alta toxicidad y sensibilidad a la luz del glutaraldehído, tanto las soluciones de apagado como las de encendido deben prepararse siempre frescas y mantenerse bajo la cubierta química en hielo. Llene siempre el plato con 20 ml de cada solución y séllelo con parafilm.</li>
</ol>3. Inactivación y borrado
NOTA: El glutaraldehído reactivo en las muestras debe ser inactivado por incubación con una solución de inactivación que consista en 1x PBS pH 7.4, 4% p/v acetamida, 4% p/v glicina, pH 9.0. La solución puede almacenarse a 4 °C durante un máximo de 3 meses. Para eliminar los lípidos y hacer que el tejido sea transparente, utilizamos la solución de limpieza que consiste en 200 mM de dodecil sulfato de sodio (SDS), 20 mM de sulfito de sodio (Na2SO3) y 20 mM de ácido bórico (H3BO3), pH 9.0. La solución debe almacenarse a RT a medida que la FDS precipita a 4 °C. Todos los pasos siguientes se realizarán en tubos llenos de la solución.
<ol><li>Mover las muestras de los platos a los tubos y lavar durante 3 x 2 h con 1x PBS pH 7.4 a RT agitando suavemente. NOTA: Para el paso 3.1, es necesario trabajar bajo la cubierta química debido a la toxicidad del glutaraldehído. La acetamida, el SDS y el ácido bórico también son reactivos tóxicos y deben manipularse bajo una cubierta química. Llene siempre el tubo con 50 ml de cada solución.</li>
	<li>Incubar las muestras en solución de inactivación a 37 °C en un baño de agua durante la noche (o/n).</li>
	<li>Lavar durante 3 x 2 h en 1x PBS pH 7.4 a RT agitando suavemente.</li>
	<li>Incubar las muestras en solución aclarante a 55 °C en un baño de agua durante 3-7 días. Cambie la solución cada 2 días (Tabla 1).</li>
</ol>4. Inmunomarcaje
NOTA: Antes del paso de etiquetado, es necesario eliminar la SDS residual, reducir la autofluorescencia y desenmascarar los epítopos con una solución de recuperación de antígenos que consta de 10 mM de base de Tris, 1 mM de EDTA y 0,05% v/v Tween 20, pH 9. El pH de la solución de 9 está optimizado para un proceso de recuperación eficiente; La base de Tris actúa como agente amortiguador para mantener un entorno de pH estable; El EDTA, que es un agente quelante, mejora la accesibilidad del antígeno. El detergente no iónico Tween 20 ayuda a mejorar la permeabilidad del tejido. Esta solución puede almacenarse a 4 °C. Es importante tener en cuenta que el peróxido de hidrógeno combinado con la etapa de recuperación de antígenos tiene un efecto sinérgico en la reducción de la señal de autofluorescencia, al descomponer y/o modificar los fluoróforos endógenos responsables de la señal de fondo no específica (como la lipofuscina).
<ol><li>Preparar 1x PBS con Triton X-100 (PBST) al 0,1 % v/v, precalentarlo a 37 °C y lavar las muestras 3 x 3 h durante el día agitando suavemente a 37 °C en la incubadora. Dejar el último lavado o/n. NOTA: Almacene la solución madre de PBST a 4 °C. Es crucial eliminar el SDS del tejido, ya que puede formar precipitados insolubles a bajas temperaturas que pueden interferir con los procesos de adquisición posteriores.</li>
	<li>Al día siguiente, añadir 10 ml de peróxido de hidrógeno al 30% v/v (H2O2) a cada muestra y dejarla agitar suavemente a RT durante 45 min.</li>
	<li>Lavar 3 x 10 min con 1x PBS (pH 7.4) agitando suavemente a RT.</li>
	<li>Precalentar la solución de recuperación de antígenos a 95 °C en un baño de agua; transferir las muestras a la solución calentada y dejarlas a 95 °C durante 10 min.</li>
	<li>Deje que las muestras se enfríen a RT durante 40 minutos agitándolas suavemente.</li>
	<li>Lavar 3 x 5 min con agua desionizada agitando suavemente.</li>
	<li>Equilibrar las muestras en PBS a 4 °C durante 15 min.</li>
	<li>Prepare una solución de anticuerpos fresca hecha de PBST con NaN3 al 0,01% p/v (consulte la NOTA para el paso 1.3) y agregue anticuerpos primarios. Incubar las muestras con la solución en placas con tapas de rosca a 37 °C durante n días (1-7) en una incubadora con agitación suave y protección contra la luz (Tabla 2). NOTA: El tiempo de incubación depende del tamaño y el espesor (Tabla 1 y Tabla 2).</li>
	<li>Después de n días, mover las muestras a tubos y lavar 3 x 2 h con PBST precalentado a 37 °C agitando suavemente en la incubadora.</li>
	<li>Añadir anticuerpos secundarios en PBST con NaN3 al 0,01% p/v e incubar las muestras en placas nuevas con tapas de rosca a 37 °C durante n días (1-6) en una incubadora con agitación suave y protegida de la luz (Tabla 1 y Tabla 2).</li>
	<li>Después de n días, transfiera las muestras a tubos y lave 3 x 3 h durante el día con PBST precalentado a 37 °C en una incubadora de agitación suave. Dejar el último lavado o/n. NOTA: Como Triton X-100 y Tween 20 son viscosos, pipetee lentamente para permitir que la punta se llene. Llene siempre el tubo con 50 ml de cada solución. Use 10 ml de soluciones de anticuerpos para cada muestra y selle la placa con parafilm para evitar la evaporación de la solución. Dado que las soluciones de anticuerpos contienen NaN3, pueden almacenarse a 4 °C y reutilizarse para etiquetar nuevas muestras en un plazo de 2 semanas.</li>
</ol>5. Coincidencia del índice de refracción
NOTA: Para lograr un alto nivel de transparencia, es necesario homogeneizar el índice de refracción tisular. Aquí utilizamos 2,2'-tiodietanol (TDE) diluido en 1x PBS. Las soluciones TDE deben almacenarse en RT.
<ol><li>Transfiera las muestras a platos nuevos, agregue un 30% v/v de TDE y déjelas durante 4 h agitando suavemente a RT.</li>
	<li>Retire la solución de TDE al 30% v/v, agregue TDE al 68% v/v a las muestras y déjelas agitar suavemente en RT. NOTA: Como el TDE es viscoso, pipetee lentamente para permitir que la punta se llene. La inhalación de vapor o neblina de TDE puede irritar el sistema respiratorio. Por lo tanto, es recomendable trabajar en un área bien ventilada o usar campanas extractoras para minimizar la exposición. Las soluciones de TDE deben almacenarse en RT. Utilice 10 ml de soluciones de TDE para cada muestra.</li>
</ol>6. Montaje de la muestra
NOTA: Para facilitar el montaje de la muestra y la adquisición de imágenes LSFM, utilizamos un portamuestras sellado hecho a medida (denominado "sándwich"), que consta de tres partes: un portaobjetos de microscopio, un espaciador y un cubreobjetos.
<ol><li>Coloque el espaciador de acero (56 x 56 x 0,5 mm3) sobre el portaobjetos del microscopio (60 x 60 x 1 mm3) y coloque la muestra sobre el portaobjetos de microscopía.</li>
	<li>Coloque con cuidado el cubreobjetos de cuarzo (60 x 60 x 0,5 mm3), sujete todo junto y prepare un pegamento de silicona de dos componentes en una proporción de 1:1. Utilice un cubreobjetos de cuarzo para que coincida con el índice de refracción y reduzca la aberración óptica durante el proceso de adquisición.</li>
	<li>Con una jeringa de 1 ml, rellene el espacio entre el espaciador y el cubreobjetos con un pegamento de silicona de dos componentes y déjelo secar durante 10 minutos.</li>
	<li>Retire los clips y use una aguja pequeña para llenar lentamente todo el sándwich con 68% v/v TDE.</li>
	<li>Haz pegamento fresco y sella el sándwich. NOTA: Si el TDE llega accidentalmente al espaciador en el paso 6.1, el pegamento no se curará. Asegúrese de que no se formen burbujas de aire durante el paso 6.2.</li>
</ol>7. Decapado
NOTA: La preservación estructural y la accesibilidad mejorada de los epítopos de SHORT permiten el marcaje multirredondo de cortes mediante la eliminación de los anticuerpos y la retinción de las muestras con otros marcadores.
<ol><li>Abra el sándwich con una cuchilla, coloque las muestras en platos nuevos con tapas de rosca llenas con 30% v/v TDE y déjelos durante 3 h.</li>
	<li>Transfiera las muestras a tubos, lave durante 3 x 2 h en 1x PBS (pH 7.4) a RT con una agitación suave y deje el último lavado o/n.</li>
	<li>Colocar las muestras en solución aclarante en un baño de agua a 80 °C durante 4 h.</li>
	<li>Lavar durante 3 x 2 h en 1x PBST (pH 7,4) a 37 °C agitando suavemente y dejar el último lavado o/n. Ahora la muestra está lista para ser etiquetada de nuevo a partir del paso 4.8. NOTA: Llene siempre el tubo con 50 ml de cada solución. Utilice 10 ml de solución de TDE para cada muestra.</li>
</ol>

Reconstrucción 3D de alta resolución del cerebro humano con SHORT y LSFM

<ol>
	<li>Costantini, I., Cicchi, R., Silvestri, L., Vanzi, F., Pavone, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-vivo+and+ex-vivo+optical+clearing+methods+for+biological+tissues:+review.">In-vivo and ex-vivo optical clearing methods for biological tissues: review.</a> Biomedical Optics Express. 10 (10), 5251 (2019).</li><li>Richardson, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+clearing.">Tissue clearing.</a> Nature Reviews Methods Primers. 1 (1), 84 (2021).</li><li>Ueda, H. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+clearing+and+its+applications+in+neuroscience.">Tissue clearing and its applications in neuroscience.</a> Nature Reviews Neuroscience. 21 (2), 61-79 (2020).</li><li>Weiss, K. R., Voigt, F. F., Shepherd, D. P., Huisken, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tutorial:+practical+considerations+for+tissue+clearing+and+imaging.">Tutorial: practical considerations for tissue clearing and imaging.</a> Nature Protocols. 16 (6), 2732-2748 (2021).</li><li>Tainaka, K., Kuno, A., Kubota, S. I., Murakami, T., Ueda, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+principles+in+tissue+clearing+and+staining+protocols+for+whole-body+cell+profiling.">Chemical principles in tissue clearing and staining protocols for whole-body cell profiling.</a> Annual Review of Cell and Developmental Biology. 32 (1), 713-741 (2016).</li><li>Renier, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=iDISCO:+A+simple,+rapid+method+to+immunolabel+large+tissue+samples+for+volume+imaging.">iDISCO: A simple, rapid method to immunolabel large tissue samples for volume imaging.</a> Cell. 159 (4), 896-910 (2014).</li><li>Pan, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shrinkage-mediated+imaging+of+entire+organs+and+organisms+using+uDISCO.">Shrinkage-mediated imaging of entire organs and organisms using uDISCO.</a> Nature Methods. 13 (10), 859-867 (2016).</li><li>Lee, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ACT-PRESTO:+Rapid+and+consistent+tissue+clearing+and+labeling+method+for+3-dimensional+(3D)+imaging.">ACT-PRESTO: Rapid and consistent tissue clearing and labeling method for 3-dimensional (3D) imaging.</a> Scientific Reports. 6 (1), 18631 (2016).</li><li>Susaki, E. A., Ueda, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-body+and+whole-organ+clearing+and+imaging+techniques+with+single-cell+resolution:+toward+organism-level+systems+biology+in+mammals.">Whole-body and whole-organ clearing and imaging techniques with single-cell resolution: toward organism-level systems biology in mammals.</a> Cell Chemical Biology. 23 (1), 137-157 (2016).</li><li>Lee, H., Park, J. -. H., Seo, I., Park, S. -. H., Kim, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+application+of+the+electrophoretic+tissue+clearing+technology,+CLARITY,+to+intact+solid+organs+including+brain,+pancreas,+liver,+kidney,+lung,+and+intestine.">Improved application of the electrophoretic tissue clearing technology, CLARITY, to intact solid organs including brain, pancreas, liver, kidney, lung, and intestine.</a> BMC Developmental Biology. 14 (1), 48 (2014).</li><li>Murray, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple,+Scalable+proteomic+imaging+for+high-dimensional+profiling+of+intact+systems.">Simple, Scalable proteomic imaging for high-dimensional profiling of intact systems.</a> Cell. 163 (6), 1500-1514 (2015).</li><li>Cai, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Panoptic+imaging+of+transparent+mice+reveals+whole-body+neuronal+projections+and+skull-meninges+connections.">Panoptic imaging of transparent mice reveals whole-body neuronal projections and skull-meninges connections.</a> Nature Neuroscience. 22 (2), 317-327 (2019).</li><li>Ueda, H. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-brain+profiling+of+cells+and+circuits+in+mammals+by+tissue+clearing+and+light-sheet+microscopy.">Whole-brain profiling of cells and circuits in mammals by tissue clearing and light-sheet microscopy.</a> Neuron. 106 (3), 369-387 (2020).</li><li>Costantini, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale,+cell-resolution+volumetric+mapping+allows+layer-specific+investigation+of+human+brain+cytoarchitecture.">Large-scale, cell-resolution volumetric mapping allows layer-specific investigation of human brain cytoarchitecture.</a> Biomedical Optics Express. 12 (6), 3684 (2021).</li><li>Lai, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next+generation+histology+methods+for+three-dimensional+imaging+of+fresh+and+archival+human+brain+tissues.">Next generation histology methods for three-dimensional imaging of fresh and archival human brain tissues.</a> Nature Communications. 9 (1), 1066 (2018).</li><li>Zhao, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+and+molecular+probing+of+intact+human+organs.">Cellular and molecular probing of intact human organs.</a> Cell. 180 (4), 796-812.e19 (2020).</li><li>Costantini, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Autofluorescence+enhancement+for+label-free+imaging+of+myelinated+fibers+in+mammalian+brains.">Autofluorescence enhancement for label-free imaging of myelinated fibers in mammalian brains.</a> Scientific Reports. 11 (1), 8038 (2021).</li><li>Pesce, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+molecular+phenotyping+of+cleared+human+brain+tissues+with+light-sheet+fluorescence+microscopy.">3D molecular phenotyping of cleared human brain tissues with light-sheet fluorescence microscopy.</a> Communications Biology. 5 (1), 447 (2022).</li><li>Schueth, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+3D+light-sheet+imaging+of+very+large-scale+optically+cleared+human+brain+and+prostate+tissue+samples.">Efficient 3D light-sheet imaging of very large-scale optically cleared human brain and prostate tissue samples.</a> Communications Biology. 6 (1), 170 (2023).</li><li>Morawski, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developing+3D+microscopy+with+CLARITY+on+human+brain+tissue:+Towards+a+tool+for+informing+and+validating+MRI-based+histology.">Developing 3D microscopy with CLARITY on human brain tissue: Towards a tool for informing and validating MRI-based histology.</a> NeuroImage. 182, 417-428 (2018).</li><li>Park, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrated+platform+for+multi-scale+molecular+imaging+and+phenotyping+of+the+human+brain.">Integrated platform for multi-scale molecular imaging and phenotyping of the human brain.</a> bioRxiv. , (2022).</li><li>Chung, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+and+molecular+interrogation+of+intact+biological+systems.">Structural and molecular interrogation of intact biological systems.</a> Nature. 497 (7449), 332-337 (2013).</li><li>Costantini, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+cellular+resolution+atlas+of+Broca's+area.">A cellular resolution atlas of Broca's area.</a> Science Advances. (9), eadg3844 (2023).</li><li>Scardigli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+different+tissue+clearing+methods+for+three-dimensional+reconstruction+of+human+brain+cellular+anatomy+using+advanced+imaging+techniques.">Comparison of different tissue clearing methods for three-dimensional reconstruction of human brain cellular anatomy using advanced imaging techniques.</a> Frontiers in Neuroanatomy. 15, 752234 (2021).</li><li>Pesce, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+human+cerebral+cortex+using+confocal+microscopy.">Exploring the human cerebral cortex using confocal microscopy.</a> Progress in Biophysics and Molecular Biology. 168, 3-9 (2022).</li><li>Keller, P. J., Dodt, H. -. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Light+sheet+microscopy+of+living+or+cleared+specimens.">Light sheet microscopy of living or cleared specimens.</a> Current Opinion in Neurobiology. 22 (1), 138-143 (2012).</li><li>Power, R. M., Huisken, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+light-sheet+fluorescence+microscopy+for+multiscale+imaging.">A guide to light-sheet fluorescence microscopy for multiscale imaging.</a> Nature Methods. 14 (4), 360-373 (2017).</li><li>Belle, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tridimensional+visualization+and+analysis+of+early+human+development.">Tridimensional visualization and analysis of early human development.</a> Cell. 169 (1), 161-173.e12 (2017).</li><li>Sorelli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fiber+enhancement+and+3D+orientation+analysis+in+label-free+two-photon+fluorescence+microscopy.">Fiber enhancement and 3D orientation analysis in label-free two-photon fluorescence microscopy.</a> Scientific Reports. 13 (1), 4160 (2023).</li><li>Helmchen, F., Denk, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep+tissue+two-photon+microscopy.">Deep tissue two-photon microscopy.</a> Nature Methods. 2 (12), 932-940 (2005).</li><li>Vieites-Prado, A., Renier, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+clearing+and+3D+imaging+in+developmental+biology.">Tissue clearing and 3D imaging in developmental biology.</a> Development. 148 (18), dev199369 (2021).</li><li>Costantini, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Editorial:+The+human+brain+multiscale+imaging+challenge.">Editorial: The human brain multiscale imaging challenge.</a> Frontiers in Neuroanatomy. (16), 1060405 (2022).</li><li>Costantini, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+versatile+clearing+agent+for+multi-modal+brain+imaging.">A versatile clearing agent for multi-modal brain imaging.</a> Scientific Reports. 5 (1), 9808 (2015).</li></ol>

Los autores declaran que la investigación se llevó a cabo en ausencia de relaciones comerciales o financieras que pudieran interpretarse como un posible conflicto de intereses.

Las imágenes de alta resolución y la reconstrucción en 3D de grandes áreas del cerebro humano requieren un corte mecánico de tejido seguido de un aclarado óptico y un inmunomarcaje de cortes individuales. El protocolo presentado aquí describe cómo se puede utilizar el método de transformación tisular SHORT para el procesamiento rápido y simultáneo de múltiples secciones gruesas del cerebro humano para la reconstrucción cerebral en 3D con una resolución subcelular con LSFM.
A dif...

El análisis de la organización molecular 3D y la citoarquitectura de grandes volúmenes del cerebro humano requiere transparencia óptica de las muestras, lograda a través de protocolos con un tiempo de procesamiento extenso. Se desarrollaron técnicas de aclaramiento óptico para minimizar la heterogeneidad en el índice de refracción (IR) dentro de los tejidos, reduciendo así la dispersión de la luz y aumentando la profundidad de penetración de la luz para obtener imágenes de alta resolución 1,2,3,4,5. Los avances actuales en los métodos de limpieza y marcaje profundo de tejidos permiten obtener imágenes volumétricas de órganos y embriones de roedores intactos mediante la explotación de técnicas de microscopía de vanguardia 6,7,8,9,10,11,12.
Sin embargo, la reconstrucción volumétrica en 3D de grandes áreas del cerebro humano postmortem sigue representando una tarea difícil en comparación con los organismos modelo. La compleja composición biológica y las variables condiciones de fijación y almacenamiento postmortem pueden comprometer la eficiencia de limpieza de tejidos, la profundidad de penetración de anticuerpos y el reconocimiento de epítopos 13,14,15,16,17,18,19. Además, el corte mecánico de los tejidos y el posterior aclarado y etiquetado de cada rebanada siguen siendo necesarios para lograr un desbroce eficiente y un etiquetado uniforme de grandes áreas del cerebro humano, lo que resulta en largos tiempos de procesamiento y en la necesidad de equipos personalizados sofisticados, en comparación con los organismos modelo 15,20,21,22.
La técnica de transformación tisular SWITCH - H2O2 - antígeno Retrieval -TDE (SHORT) ha sido desarrollada específicamente para analizar grandes volúmenes del cerebro humano18,23. Este método emplea la preservación estructural tisular del protocolo SWITCH11 y altas concentraciones de peróxido de hidrógeno para disminuir la autofluorescencia tisular, en combinación con la restauración de epítopos. SHORT permite la tinción uniforme de cortes de cerebro humano con marcadores para diferentes subtipos neuronales, células gliales, vasculatura y fibras mielinizadas18,24. Sus resultados son compatibles con el análisis de proteínas de baja y alta densidad. Los altos niveles de transparencia resultantes y el etiquetado uniforme permiten la reconstrucción volumétrica de cortes gruesos con microscopía de fluorescencia, en particular, para una adquisición rápida se pueden utilizar aparatos de láminas ligeras 18,24,25,26,27.
En este trabajo, describimos cómo se puede utilizar la técnica de transformación tisular SHORT para la limpieza simultánea y el etiquetado multirredondo de decenas de secciones cerebrales humanas fijadas en formol. Se pueden utilizar cuatro marcadores fluorescentes diferentes juntos, lo que lleva a la identificación de diferentes subpoblaciones celulares. Después del aclaramiento, se pueden realizar imágenes volumétricas de alta resolución con microscopía de fluorescencia. En este caso, utilizamos un LSFM invertido 18,24,25,26,27 hecho a medida, que permite un rápido corte óptico de la muestra y una rápida adquisición de múltiples canales en paralelo. Con este protocolo rutinario de alto rendimiento, es posible obtener una caracterización celular y estructural completa con una resolución subcelular de grandes áreas del cerebro humano, como ya se demostró en el mapeo de toda un área de Broca23.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2,2&#39;-thiodiethanol</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>166782</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetamide &#62;= 99.0% (GC)</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>160</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose High EEO</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>A9793</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric Acid</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>B7901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compressome VF-900-0Z Microtome</td>
			<td>Precisionary</td>
			<td>/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coverslips</td>
			<td>LaserOptex</td>
			<td>/</td>
			<td>customized</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dihydrate</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>E5134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutaraldehyde</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>G7651</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC_29096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrogen Peroxide 30%</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator ISS-4075</td>
			<td>Lab companion&#160;</td>
			<td>/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Light-sheet fluorescence microscopy (LSFM)</td>
			<td>/</td>
			<td>/</td>
			<td>custom-made</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Loctite Attak</td>
			<td>Henkel Italia srl</td>
			<td>/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope slides</td>
			<td>Laborchimica</td>
			<td>/</td>
			<td>customized</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phospate buffer saline tablet</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>P4417</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Picodent Twinsil</td>
			<td>Picodent</td>
			<td>13005002</td>
			<td>out of production</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Hydrogen Phtalate</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>P1088</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Azide</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>S2002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Dodecyl Sulfate</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>L3771</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Sulfite</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>S0505</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spacers</td>
			<td>Microlaser srl</td>
			<td></td>
			<td>customized</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sputum Containers (dishes with screw lids)</td>
			<td>Paul Boettger GmbH &#38; Co. KG</td>
			<td>07.061.2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>PanReac AppliChem (ITW reagents)</td>
			<td>A4577,0500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>T8787</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubes</td>
			<td>Sarstedt</td>
			<td>62 547254</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 20</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>P9416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vibratome VT1000S</td>
			<td>Leica Biosystem</td>
			<td>/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath&#160;</td>
			<td>Memmert</td>
			<td>WNB 7-45</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Antibodies and Dyes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 488 AffiniPure Alpaca Anti-Rabbit IgG (H+L)</td>
			<td>Jackson Immuno Reasearch</td>
			<td>611-545-215</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 488 AffiniPure Bovine Anti-Goat IgG (H+L)</td>
			<td>Jackson Immuno Reasearch</td>
			<td>805-545-180</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 647 AffiniPure Alpaca Anti-Rabbit IgG (H+L)</td>
			<td>Jackson Immuno Reasearch</td>
			<td>611-605-215</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-NeuN Antibody</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>ABN91</td>
			<td>Dilution used, 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Parvalbumin antibody (PV)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab32895</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Vimentin antibody [V9] - Cytoskeleton Marker (VIM)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab8069</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calretinin Polyclonal antibody</td>
			<td>ProteinTech</td>
			<td>12278_1_AP</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAPI</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>D3571</td>
			<td>Dilution used, 1:100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey Anti-Mouse IgG H&#38;L (Alexa Fluor 568)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab175700</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey Anti-Mouse IgG H&#38;L (Alexa Fluor 647)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab150107</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey Anti-Rabbit IgG H&#38;L (Alexa Fluor 568)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab175470</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey Anti-Rat IgG H&#38;L (Alexa Fluor 568) preadsorbed</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab175475</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat Anti-Chicken IgY H&#38;L (Alexa Fluor 488)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab150169</td>
			<td>Dilution used, 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat Anti-Chicken IgY H&#38;L (Alexa Fluor 568)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab175711</td>
			<td>Dilution used, 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat Anti-Chicken IgY H&#38;L (Alexa Fluor 647)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab150171</td>
			<td>Dilution used, 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Goat Anti-Rabbit IgG H&#38;L (Alexa Fluor 488)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab150077</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recombinant Alexa Fluor 488 Anti-GFAP antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab194324</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Somatostatin Antibody YC7</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>sc-47706</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vasoactive intestinal peptide (VIP)</td>
			<td>ProteinTech</td>
			<td>16233-1-AP</td>
			<td>Dilution used, 1:200</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optical clearing and labeling for light-sheet fluorescence microscopy in large-scale human brain imaging

A pesar de las numerosas técnicas de aclaramiento que surgieron en la última década, el procesamiento de cerebros humanos post mortem sigue siendo una tarea desafiante debido a sus dimensiones y complejidad, que hacen que las imágenes con resolución micrométrica sean particularmente difíciles. En este trabajo se presenta un protocolo para realizar la reconstrucción de porciones volumétricas del cerebro humano mediante el procesamiento simultáneo de decenas de secciones con el protocolo de transformación tisular SHORT (SWITCH - H2O2 - Antigen Retrieval - 2,2'-tiodiethanol [TDE]), que permite la limpieza, el etiquetado y la obtención de imágenes secuenciales de las muestras con microscopía de fluorescencia de lámina de luz (LSFM). SHORT proporciona una rápida limpieza de tejidos y un etiquetado múltiple homogéneo de cortes gruesos con varios marcadores neuronales, lo que permite la identificación de diferentes subpoblaciones neuronales tanto en la sustancia blanca como en la gris. Después del borrado, las cortes se visualizan a través de LSFM con resolución micrométrica y en múltiples canales simultáneamente para una rápida reconstrucción en 3D. Al combinar SHORT con el análisis LSFM dentro de un protocolo rutinario de alto rendimiento, es posible obtener la reconstrucción de la citoarquitectura 3D de grandes áreas volumétricas a alta resolución en poco tiempo, lo que permite una caracterización estructural integral del cerebro humano.

Analyzing the 3D molecular organization and cytoarchitecture of large volumes of the human brain requires optical transparency of specimens, achieved through protocols with extensive processing time. Optical clearing techniques were developed to minimize heterogeneity in refractive index (RI) within the tissues, thereby reducing light scattering and increasing the light penetration depth for high-resolution imaging1,2,3,4,5. Current advances in clearing and deep tissue-labeling methods allow volumetric imaging of intact rodent organs and embryos by exploiting cutting-edge microscopy techniques6,7,8,9,10,11,12.
However, volumetric 3D reconstruction of large areas of the postmortem human brain still represents a challenging task compared with model organisms. The complex biological composition and the variable postmortem fixation and storage conditions can compromise the tissue clearing efficiency, the antibody penetration depth, and the epitope recognition13,14,15,16,17,18,19. Moreover, mechanical tissue sectioning and subsequent clearing and labeling of each slice is still required to achieve an efficient clearing and uniform labeling of large human brain areas, resulting in long processing times and the need for sophisticated custom equipment,&#160;compared with model organisms15,20,21,22.
The SWITCH - H2O2 - antigen Retrieval -TDE (SHORT) tissue transformation technique has been developed specifically to analyze large volumes of the human brain18,23. This method employs the tissue structural preservation of the SWITCH protocol11 and high concentrations of peroxide hydrogen to decrease tissue autofluorescence, in combination with epitope restoration. SHORT allows uniform staining of human brain slices with markers for different neuronal subtypes, glial cells, vasculature, and myelinated fibers18,24. Its results are compatible with the analysis of both low- and high-density proteins. The resulting high transparency levels and uniform labeling enable volumetric reconstruction of thick slices with fluorescence microscopy, in particular, for fast acquisition light-sheet apparatus can be used18,24,25,26,27.
In this work, we describe how the SHORT tissue transformation technique can be used for simultaneous clearing and multi-round labeling of tens of formalin-fixed human brain sections. Four different fluorescent markers can be used together, leading to the identification of different cellular sub-populations. After clearing, high-resolution volumetric imaging can be performed with fluorescence microscopy. Here, we used a custom-made inverted LSFM18,24,25,26,27, which enables fast optical sectioning of the sample and rapid acquisition of multiple channels in parallel. With this routinely high-throughput protocol, it is possible to obtain a comprehensive cellular and structural characterization with a sub-cellular resolution of large areas of the human brain as already demonstrated in the mapping of an entire Broca&#39;s area23.

Autor destacado: Avance del análisis de citoarquitectura 3D: reconstrucción volumétrica rápida del cerebro humano 

Aclarado óptico y etiquetado para microscopía de fluorescencia de lámina de luz en imágenes cerebrales humanas a gran escala

El protocolo aquí descrito permite el tratamiento simultáneo de múltiples cortes, con espesores de 100 μm a 500 μm, utilizando el método SHORT. Este enfoque reduce significativamente el tiempo total de procesamiento de todo el procedimiento. En este trabajo, proporcionamos una descripción completa de toda la tubería (Figura 1) para procesar múltiples secciones gruesas de cerebro humano postmortem simultáneamente y demostramos el protocolo en 24 cortes a la vez (<strong class="xfig"...

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El presente protocolo proporciona un procedimiento paso a paso para la limpieza óptica rápida y simultánea, el marcaje multirredondo y la reconstrucción volumétrica en 3D de decenas de secciones cerebrales humanas postmortem mediante la combinación de la técnica de transformación tisular corta (S WITCH - H2O2 - Antigen Retrieval - 2,2'-tiodiethanol [TDE]) con imágenes de microscopía de fluorescencia de lámina de luz en un protocolo rutinario de alto rendimiento.

Despite the numerous clearing techniques that emerged in the last decade, processing postmortem human brains remains a challenging task due to its ...

El cerebro humano es un órgano complejo que abarca diferentes habilidades. Para comprender su funcionalidad, es esencial construir sensores celulares detallados en todo el cerebro. Nuestro protocolo rutinario de alto rendimiento permite el análisis de la citoarquitectura 3D de áreas volumétricas del cerebro humano con resolución micrométrica, lo que permite su caracterización estructural.La reconstrucción volumétrica de grandes áreas del cerebro humano presenta varios desafíos experimentales relacionados con las dimensiones masivas de las muestras cerebrales, la compleja composición biológica, las condiciones variables de fijación y almacenamiento postmortem, y las señales autofluorescentes de los pigmentos de tipo lipofuscina. Todo esto puede comprometer la eficiencia de limpieza óptica y la calidad demostrada. En comparación con otras técnicas de limpieza, el método de transformación tisular corta combinado con imágenes de microscopía de lámina de luz se puede utilizar para el procesamiento rápido y simultáneo de múltiples secciones del cerebro humano.Esto da como resultado una reconstrucción cerebral en 3D con una resolución subcelular.

optical-clearing-labeling-for-light-sheet-fluorescence-microscopy

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Optical Clearing and Labeling for Light-sheet Fluorescence Microscopy in Large-scale Human Brain Imaging

1.4K vistas.  University of Florence. El cerebro humano es un órgano complejo que abarca diferentes habilidades. Para comprender su funcionalidad, es esencial construir sensores celulares detallados en todo el cerebro. Nuestro protocolo rutinario de alto rendimiento permite el análisis de la citoarquitectura 3D de áreas volumétricas del cerebro humano con resolución micrométrica, lo que permite su caracterización estructural.La reconstrucción volumétrica de grandes áreas del cerebro humano presenta varios desafí...

Video: Autor destacado: Avance del análisis de citoarquitectura 3D: reconstrucción volumétrica rápida del cerebro humano 

Despite the numerous clearing techniques that emerged in the last decade, processing postmortem human brains remains a challenging task due to its dimensions and complexity, which make imaging with micrometer resolution particularly difficult. This paper presents a protocol to perform the reconstruction of volumetric portions of the human brain by simultaneously processing tens of sections with the SHORT (SWITCH - H2O2 - Antigen Retrieval - 2,2'-thiodiethanol [TDE]) tissue transformation protocol, which enables clearing, labeling, and sequential imaging of the samples with light-sheet fluorescence microscopy (LSFM). SHORT provides rapid tissue clearing and homogeneous multi-labeling of thick slices with several neuronal markers, enabling the identification of different neuronal subpopulations in both white and grey matter. After clearing, the slices are imaged via LSFM with micrometer resolution and in multiple channels simultaneously for a rapid 3D reconstruction. By combining SHORT with LSFM analysis within a routinely high-throughput protocol, it is possible to obtain the 3D cytoarchitecture reconstruction of large volumetric areas at high resolution in a short time, thus enabling comprehensive structural characterization of the human brain.

The present protocol provides a step-by-step procedure for rapid and simultaneous optical clearing, muti-round labeling, and 3D volumetric reconstruction of tens of postmortem human brain sections by combining the (SWITCH - H2O2 - Antigen Retrieval - 2,2'-thiodiethanol [TDE]) SHORT tissue transformation technique with light-sheet fluorescence microscopy imaging in a routinely high-throughput protocol.